MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 plasmid pRetMIM1a

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021906	TGATC	2	10	630	639	20 %	40 %	20 %	20 %	528830927
2	NC_021906	GAAAA	2	10	3834	3843	80 %	0 %	20 %	0 %	528830930
3	NC_021906	ATCCA	2	10	3961	3970	40 %	20 %	0 %	40 %	528830930
4	NC_021906	TCGTC	2	10	6303	6312	0 %	40 %	20 %	40 %	528830933
5	NC_021906	CTGGT	2	10	6407	6416	0 %	40 %	40 %	20 %	528830933
6	NC_021906	CGTCC	2	10	7879	7888	0 %	20 %	20 %	60 %	528830934
7	NC_021906	AACAA	2	10	8786	8795	80 %	0 %	0 %	20 %	528830935
8	NC_021906	ATTTC	2	10	12042	12051	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021906	GATTG	2	10	12371	12380	20 %	40 %	40 %	0 %	528830938
10	NC_021906	GCCGG	2	10	12815	12824	0 %	0 %	60 %	40 %	528830939
11	NC_021906	CGATG	2	10	14930	14939	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021906	GTTCT	2	10	15117	15126	0 %	60 %	20 %	20 %	528830942
13	NC_021906	GTTTT	2	10	15229	15238	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021906	ACGCG	2	10	15410	15419	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021906	CGCCT	2	10	16263	16272	0 %	20 %	20 %	60 %	528830944
16	NC_021906	TGCGA	2	10	19523	19532	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021906	GCCGC	2	10	20606	20615	0 %	0 %	40 %	60 %	528830948
18	NC_021906	TCGCC	2	10	21395	21404	0 %	20 %	20 %	60 %	528830949
19	NC_021906	CGGCC	2	10	26265	26274	0 %	0 %	40 %	60 %	528830954
20	NC_021906	CTGGA	2	10	26299	26308	20 %	20 %	40 %	20 %	528830954
21	NC_021906	GCGAG	2	10	31296	31305	20 %	0 %	60 %	20 %	528830958
22	NC_021906	CCTGG	2	10	32113	32122	0 %	20 %	40 %	40 %	528830959
23	NC_021906	CGATG	2	10	32537	32546	20 %	20 %	40 %	20 %	528830960
24	NC_021906	CGATC	2	10	35303	35312	20 %	20 %	20 %	40 %	528830962
25	NC_021906	CGATC	2	10	36632	36641	20 %	20 %	20 %	40 %	528830963
26	NC_021906	GATCG	2	10	37397	37406	20 %	20 %	40 %	20 %	528830963
27	NC_021906	GGCGA	2	10	39798	39807	20 %	0 %	60 %	20 %	528830966
28	NC_021906	CACCG	2	10	42005	42014	20 %	0 %	20 %	60 %	528830968
29	NC_021906	ATCGT	2	10	42601	42610	20 %	40 %	20 %	20 %	528830969
30	NC_021906	CCGTT	2	10	43569	43578	0 %	40 %	20 %	40 %	528830971
31	NC_021906	CGGCC	2	10	44183	44192	0 %	0 %	40 %	60 %	528830971
32	NC_021906	GAACC	2	10	44334	44343	40 %	0 %	20 %	40 %	528830971
33	NC_021906	CATGA	2	10	45366	45375	40 %	20 %	20 %	20 %	528830971
34	NC_021906	CAGGG	2	10	47789	47798	20 %	0 %	60 %	20 %	528830972
35	NC_021906	GCGCA	2	10	48847	48856	20 %	0 %	40 %	40 %	528830975
36	NC_021906	GATCC	2	10	50452	50461	20 %	20 %	20 %	40 %	528830976
37	NC_021906	CGAGC	2	10	51408	51417	20 %	0 %	40 %	40 %	528830978
38	NC_021906	GACCA	2	10	52154	52163	40 %	0 %	20 %	40 %	528830979
39	NC_021906	GGACA	2	10	52686	52695	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021906	CGTTA	2	10	53783	53792	20 %	40 %	20 %	20 %	528830983
41	NC_021906	GTCCG	2	10	55222	55231	0 %	20 %	40 %	40 %	528830984
42	NC_021906	GTTCG	2	10	55524	55533	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021906	CGGCT	2	10	55980	55989	0 %	20 %	40 %	40 %	528830985
44	NC_021906	CGGTT	2	10	56720	56729	0 %	40 %	40 %	20 %	528830986
45	NC_021906	GGCGC	2	10	57415	57424	0 %	0 %	60 %	40 %	528830986
46	NC_021906	GCAGG	2	10	57990	57999	20 %	0 %	60 %	20 %	528830986
47	NC_021906	GTCGG	2	10	58889	58898	0 %	20 %	60 %	20 %	528830987
48	NC_021906	GTCTC	2	10	60981	60990	0 %	40 %	20 %	40 %	528830989
49	NC_021906	CGAGG	2	10	61549	61558	20 %	0 %	60 %	20 %	528830989
50	NC_021906	GCGTC	2	10	61583	61592	0 %	20 %	40 %	40 %	528830989
51	NC_021906	TGCTC	2	10	63237	63246	0 %	40 %	20 %	40 %	528830991
52	NC_021906	ATGCC	2	10	66724	66733	20 %	20 %	20 %	40 %	528830995
53	NC_021906	GCGCA	2	10	68222	68231	20 %	0 %	40 %	40 %	528830997
54	NC_021906	CCATG	2	10	70542	70551	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021906	ATCGC	2	10	71856	71865	20 %	20 %	20 %	40 %	528830999
56	NC_021906	GCCTT	2	10	71980	71989	0 %	40 %	20 %	40 %	528830999
57	NC_021906	AGGCG	2	10	72749	72758	20 %	0 %	60 %	20 %	528830999
58	NC_021906	TGCCG	2	10	73094	73103	0 %	20 %	40 %	40 %	528830999
59	NC_021906	CATCG	2	10	73350	73359	20 %	20 %	20 %	40 %	528830999
60	NC_021906	GCGCG	2	10	73449	73458	0 %	0 %	60 %	40 %	528830999
61	NC_021906	GCGAC	2	10	75662	75671	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021906	CCCGG	2	10	75954	75963	0 %	0 %	40 %	60 %	528831003
63	NC_021906	GAGCA	2	10	83815	83824	40 %	0 %	40 %	20 %	528831009
64	NC_021906	TGCCC	2	10	83996	84005	0 %	20 %	20 %	60 %	528831009
65	NC_021906	CTCCC	2	10	86058	86067	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
66	NC_021906	GCGCC	2	10	86440	86449	0 %	0 %	40 %	60 %	528831011
67	NC_021906	CGCGG	2	10	86552	86561	0 %	0 %	60 %	40 %	528831011
68	NC_021906	CATTT	2	10	87544	87553	20 %	60 %	0 %	20 %	528831012
69	NC_021906	CGGCG	2	10	87597	87606	0 %	0 %	60 %	40 %	528831012
70	NC_021906	CGGCG	2	10	87662	87671	0 %	0 %	60 %	40 %	528831012
71	NC_021906	ACGGC	2	10	87997	88006	20 %	0 %	40 %	40 %	528831013
72	NC_021906	ACGGC	2	10	91343	91352	20 %	0 %	40 %	40 %	528831016
73	NC_021906	CGATG	2	10	92527	92536	20 %	20 %	40 %	20 %	528831017
74	NC_021906	CGGCA	2	10	92854	92863	20 %	0 %	40 %	40 %	528831017
75	NC_021906	GCGAA	2	10	94876	94885	40 %	0 %	40 %	20 %	528831018
76	NC_021906	TGCGT	2	10	97269	97278	0 %	40 %	40 %	20 %	528831019
77	NC_021906	CAGCC	2	10	97902	97911	20 %	0 %	20 %	60 %	528831021
78	NC_021906	TGCCA	2	10	98517	98526	20 %	20 %	20 %	40 %	528831022
79	NC_021906	AGCGC	2	10	100157	100166	20 %	0 %	40 %	40 %	528831024
80	NC_021906	CCCTA	2	10	100661	100670	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_021906	CTCGG	2	10	107277	107286	0 %	20 %	40 %	40 %	528831030
82	NC_021906	CCCAA	2	10	108687	108696	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_021906	CGCGG	2	10	110944	110953	0 %	0 %	60 %	40 %	528831035
84	NC_021906	GCGAC	2	10	113335	113344	20 %	0 %	40 %	40 %	528831038
85	NC_021906	CCCCT	2	10	114050	114059	0 %	20 %	0 %	80 %	528831038
86	NC_021906	TCGCC	2	10	115815	115824	0 %	20 %	20 %	60 %	528831039
87	NC_021906	CATGC	2	10	116811	116820	20 %	20 %	20 %	40 %	528831040
88	NC_021906	CGGCC	2	10	117733	117742	0 %	0 %	40 %	60 %	528831041
89	NC_021906	ACGGC	2	10	118837	118846	20 %	0 %	40 %	40 %	528831042
90	NC_021906	CGCTG	2	10	119675	119684	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_021906	TGACC	2	10	121872	121881	20 %	20 %	20 %	40 %	528831045
92	NC_021906	CTGCC	2	10	122701	122710	0 %	20 %	20 %	60 %	528831046
93	NC_021906	CGCAG	2	10	123076	123085	20 %	0 %	40 %	40 %	528831046
94	NC_021906	GAGCA	2	10	124387	124396	40 %	0 %	40 %	20 %	528831047
95	NC_021906	GTTGT	2	10	124647	124656	0 %	60 %	40 %	0 %	528831048
96	NC_021906	AGAGC	2	10	125994	126003	40 %	0 %	40 %	20 %	528831049
97	NC_021906	GCCCC	2	10	126837	126846	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
98	NC_021906	CGACA	2	10	128568	128577	40 %	0 %	20 %	40 %	528831051
99	NC_021906	CGGCA	2	10	129593	129602	20 %	0 %	40 %	40 %	528831052
100	NC_021906	AGCGA	2	10	130480	130489	40 %	0 %	40 %	20 %	528831053
101	NC_021906	CAGAT	2	10	131727	131736	40 %	20 %	20 %	20 %	528831054
102	NC_021906	ATTGG	2	10	134196	134205	20 %	40 %	40 %	0 %	528831055
103	NC_021906	TCGCA	2	10	136166	136175	20 %	20 %	20 %	40 %	528831057
104	NC_021906	CGCGG	2	10	136300	136309	0 %	0 %	60 %	40 %	528831057
105	NC_021906	CCTCG	2	10	136750	136759	0 %	20 %	20 %	60 %	528831057
106	NC_021906	CTCGC	2	10	137818	137827	0 %	20 %	20 %	60 %	528831058
107	NC_021906	ATCCG	2	10	138716	138725	20 %	20 %	20 %	40 %	528831059
108	NC_021906	GCGCA	2	10	139000	139009	20 %	0 %	40 %	40 %	528831059
109	NC_021906	TGCCC	2	10	140151	140160	0 %	20 %	20 %	60 %	528831060
110	NC_021906	GATCG	2	10	141712	141721	20 %	20 %	40 %	20 %	528831061
111	NC_021906	GCTCG	2	10	142305	142314	0 %	20 %	40 %	40 %	528831062
112	NC_021906	CTTTC	2	10	142921	142930	0 %	60 %	0 %	40 %	528831062
113	NC_021906	GCGAC	2	10	143874	143883	20 %	0 %	40 %	40 %	528831063
114	NC_021906	TCGGT	2	10	144216	144225	0 %	40 %	40 %	20 %	528831064
115	NC_021906	GCCGC	2	10	144614	144623	0 %	0 %	40 %	60 %	528831064
116	NC_021906	CGACC	2	10	146379	146388	20 %	0 %	20 %	60 %	528831066
117	NC_021906	GATCA	2	10	146659	146668	40 %	20 %	20 %	20 %	528831066
118	NC_021906	GATCG	2	10	147252	147261	20 %	20 %	40 %	20 %	528831067
119	NC_021906	CTCTC	2	10	147310	147319	0 %	40 %	0 %	60 %	528831067
120	NC_021906	CCTGC	2	10	147761	147770	0 %	20 %	20 %	60 %	528831068
121	NC_021906	CGTTC	2	10	149324	149333	0 %	40 %	20 %	40 %	528831070
122	NC_021906	GTCGC	2	10	152181	152190	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_021906	GCGCC	2	10	154810	154819	0 %	0 %	40 %	60 %	528831074
124	NC_021906	CCCTC	2	10	156380	156389	0 %	20 %	0 %	80 %	528831075
125	NC_021906	AGATC	2	10	156750	156759	40 %	20 %	20 %	20 %	528831075
126	NC_021906	GATCG	2	10	158271	158280	20 %	20 %	40 %	20 %	528831077
127	NC_021906	ACGAA	2	10	162744	162753	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021906	TGACC	2	10	163107	163116	20 %	20 %	20 %	40 %	528831081
129	NC_021906	GGCAT	2	10	163685	163694	20 %	20 %	40 %	20 %	528831081
130	NC_021906	CCGGC	2	10	164219	164228	0 %	0 %	40 %	60 %	528831082
131	NC_021906	CACGG	2	10	166855	166864	20 %	0 %	40 %	40 %	528831085
132	NC_021906	GGCAA	2	10	169461	169470	40 %	0 %	40 %	20 %	528831087
133	NC_021906	CGACC	2	10	169628	169637	20 %	0 %	20 %	60 %	528831087
134	NC_021906	CGCGA	2	10	173248	173257	20 %	0 %	40 %	40 %	528831090
135	NC_021906	CCGAG	2	10	175567	175576	20 %	0 %	40 %	40 %	528831092
136	NC_021906	GCGAG	2	10	176254	176263	20 %	0 %	60 %	20 %	528831092
137	NC_021906	CTATA	2	10	176622	176631	40 %	40 %	0 %	20 %	528831093
138	NC_021906	TTGCC	2	10	177483	177492	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021906	ATGTC	2	10	178421	178430	20 %	40 %	20 %	20 %	528831095
140	NC_021906	AAAAG	2	10	179874	179883	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021906	AGGCC	2	10	180157	180166	20 %	0 %	40 %	40 %	528831097
142	NC_021906	CACTA	2	10	180804	180813	40 %	20 %	0 %	40 %	528831097
143	NC_021906	GCCGA	2	10	180879	180888	20 %	0 %	40 %	40 %	528831097
144	NC_021906	AGGGC	2	10	181176	181185	20 %	0 %	60 %	20 %	528831097
145	NC_021906	TGACC	2	10	181214	181223	20 %	20 %	20 %	40 %	528831097

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.