MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. USMARC-S3124.1

Total Repeats: 147

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021902	TCATGT	2	12	116095	116106	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021902	TAATGC	2	12	127847	127858	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021902	GCCACC	2	12	133118	133129	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_021902	CGATCG	2	12	230454	230465	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021902	ATTAAG	2	12	297281	297292	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021902	GAATGA	2	12	360734	360745	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021902	GTGCTC	2	12	360899	360910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021902	TTTTGA	2	12	503989	504000	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021902	TAACCA	2	12	545580	545591	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021902	GTCTTT	2	12	607981	607992	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021902	TGTAAG	2	12	608084	608095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021902	TGAACT	2	12	616619	616630	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021902	CGCGTT	2	12	616755	616766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_021902	AGCATC	2	12	640482	640493	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021902	ATATTA	2	12	651415	651426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021902	GAGGGG	2	12	664559	664570	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021902	TTATGA	2	12	677518	677529	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021902	TAATTT	2	12	696484	696495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021902	CCTGAA	2	12	698141	698152	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021902	CATTAA	2	12	700994	701005	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021902	TTTATC	2	12	722233	722244	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021902	TTGATT	2	12	743275	743286	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021902	ATTCTG	2	12	753535	753546	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021902	TTTTTA	2	12	754284	754295	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021902	GAGATA	2	12	771525	771536	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021902	TTTTCC	2	12	836524	836535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_021902	TTTCTG	2	12	875518	875529	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021902	CCCTTT	2	12	876547	876558	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_021902	TGATAT	2	12	890666	890677	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021902	GTGATT	2	12	907315	907326	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021902	AATGAT	2	12	938135	938146	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021902	AGCGCC	2	12	963415	963426	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021902	AAGCGC	2	12	966313	966324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021902	GTAAAA	2	12	981252	981263	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021902	TCTTAA	2	12	1009813	1009824	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021902	TGTGGT	2	12	1061464	1061475	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021902	AAAGAA	2	12	1061778	1061789	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021902	CAATTG	2	12	1109684	1109695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021902	AATGCT	2	12	1109792	1109803	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021902	GGATAA	2	12	1122622	1122633	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021902	CCTGCT	2	12	1306298	1306309	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021902	ATAGAT	2	12	1328549	1328560	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021902	AGATGA	2	12	1341980	1341991	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021902	TTCTCA	2	12	1349968	1349979	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021902	CTCATT	2	12	1369241	1369252	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021902	GTCGCC	2	12	1375575	1375586	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_021902	AAGGCG	2	12	1409926	1409937	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021902	TAATAT	2	12	1416790	1416801	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021902	GTGATA	2	12	1468759	1468770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021902	CAGGCG	2	12	1531137	1531148	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021902	AGCGCC	2	12	1536865	1536876	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_021902	TAACGT	2	12	1615089	1615100	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021902	TGCAAA	2	12	1634917	1634928	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021902	TTTTTA	2	12	1740667	1740678	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021902	GGGGCG	2	12	1760838	1760849	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021902	CAAAAA	2	12	1800308	1800319	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_021902	GTTTAT	2	12	1858016	1858027	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021902	TGAAAA	2	12	1928145	1928156	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021902	ATTTTT	2	12	1934767	1934778	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021902	CTTAAA	2	12	1958516	1958527	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021902	TCATCG	2	12	1975628	1975639	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021902	GATGAC	2	12	1997248	1997259	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021902	AAAATC	2	12	2089847	2089858	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021902	ACCCAA	2	12	2090022	2090033	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_021902	AAAGCA	2	12	2092920	2092931	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021902	GTTTTT	2	12	2096668	2096679	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021902	CTTTTT	2	12	2096998	2097009	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021902	TAAATG	2	12	2127717	2127728	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021902	ATCTCG	2	12	2128183	2128194	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021902	AAAAAT	2	12	2147232	2147243	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021902	AAGAGA	2	12	2153275	2153286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021902	TTTTTG	2	12	2201374	2201385	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021902	TGAGTA	2	12	2203542	2203553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021902	TAATTA	2	12	2268071	2268082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021902	AAAAAC	2	12	2351197	2351208	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_021902	TACAGA	2	12	2352970	2352981	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021902	GGTTTA	2	12	2365396	2365407	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021902	AAGCGC	2	12	2388604	2388615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_021902	GGACAT	2	12	2395331	2395342	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021902	CGCTCG	2	12	2470687	2470698	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_021902	ATAACA	2	12	2483542	2483553	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_021902	AGTCTT	2	12	2485589	2485600	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021902	CATTAA	2	12	2690396	2690407	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021902	TTCCCC	2	12	2693310	2693321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_021902	AGTATA	2	12	2714457	2714468	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021902	TTTATG	2	12	2740323	2740334	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021902	TATTTA	2	12	2744453	2744464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021902	TTATTT	2	12	2747971	2747982	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021902	ACTGCC	2	12	2749646	2749657	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021902	TTCAGA	2	12	2767348	2767359	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021902	TATAGT	2	12	2821058	2821069	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021902	TCTGCG	2	12	2833657	2833668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021902	CAACGG	2	12	2873943	2873954	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_021902	TATGGG	2	12	2885181	2885192	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021902	TTGGCT	2	12	2918234	2918245	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021902	TGTTAA	2	12	2922957	2922968	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021902	TCAACG	2	12	2959064	2959075	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_021902	TAAAAA	2	12	2982793	2982804	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021902	CAGGTA	2	12	3034281	3034292	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_021902	TAAAGC	2	12	3052589	3052600	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021902	GATTCG	2	12	3167518	3167529	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021902	AATCAG	2	12	3177557	3177568	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021902	GTTATT	2	12	3224684	3224695	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021902	ATAACA	2	12	3261512	3261523	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_021902	ACATAA	2	12	3261730	3261741	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021902	TGTTTA	2	12	3270483	3270494	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021902	TTTATC	2	12	3300305	3300316	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021902	CCTTCA	2	12	3394629	3394640	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021902	TAACGC	2	12	3400886	3400897	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_021902	CATTAA	2	12	3464262	3464273	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021902	AGAAAA	2	12	3500999	3501010	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021902	GTAAGT	2	12	3540365	3540376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021902	TTTTCA	2	12	3549674	3549685	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021902	CAAGTG	2	12	3566783	3566794	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_021902	GCTACA	2	12	3684055	3684066	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_021902	GCAAGG	12	72	3756515	3756586	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021902	TTGGGT	2	12	3795151	3795162	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021902	TTTGTT	2	12	3808064	3808075	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021902	CAAAAC	2	12	3875401	3875412	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_021902	GTGAAA	2	12	3875493	3875504	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021902	CTTTGC	2	12	3918420	3918431	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_021902	AAATAG	2	12	3928908	3928919	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021902	CAATAA	2	12	3945238	3945249	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_021902	ATTAAA	2	12	4048213	4048224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021902	GATTAT	2	12	4098738	4098749	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021902	TCGCCA	2	12	4135595	4135606	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021902	GCGATC	2	12	4150873	4150884	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021902	TAAACG	2	12	4174082	4174093	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_021902	CCACCG	2	12	4195100	4195111	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_021902	TTCTGC	2	12	4204812	4204823	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021902	GTTATA	2	12	4251183	4251194	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021902	TAAAAA	2	12	4251311	4251322	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021902	AGTTGT	2	12	4389245	4389256	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021902	AATGAT	2	12	4394913	4394924	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021902	TAACCA	2	12	4432995	4433006	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_021902	AACCCT	2	12	4459138	4459149	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021902	TAAGCG	2	12	4477861	4477872	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_021902	TGTTAT	2	12	4522341	4522352	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021902	ACAAAA	2	12	4616527	4616538	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_021902	TAACGC	2	12	4639676	4639687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_021902	AGTAAA	2	12	4666093	4666104	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021902	CTTATA	2	12	4741926	4741937	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_021902	ATTGAT	2	12	4753998	4754009	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021902	CGCTAA	2	12	4778249	4778260	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_021902	TGGTTA	2	12	4778787	4778798	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021902	AATCTG	2	12	4799847	4799858	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_021902	AAAAGA	2	12	4893831	4893842	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.