MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/971

Total Repeats: 276

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021899	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328298
2	NC_021899	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328305
3	NC_021899	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328305
4	NC_021899	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328306
5	NC_021899	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328309
6	NC_021899	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328312
7	NC_021899	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328315
8	NC_021899	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527328316
9	NC_021899	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328328
10	NC_021899	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527328329
11	NC_021899	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328329
12	NC_021899	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527328336
13	NC_021899	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328344
14	NC_021899	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328344
15	NC_021899	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328346
16	NC_021899	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328348
17	NC_021899	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527328349
18	NC_021899	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527328352
19	NC_021899	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527328359
20	NC_021899	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527328360
21	NC_021899	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527328361
22	NC_021899	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328361
23	NC_021899	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328362
24	NC_021899	GGTTTA	2	12	80110	80121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328366
25	NC_021899	GTCTGT	2	12	83154	83165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527328369
26	NC_021899	TTCTGA	2	12	88768	88779	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328373
27	NC_021899	AAAAGA	2	12	93832	93843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527328379
28	NC_021899	AGCTGT	2	12	95925	95936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328380
29	NC_021899	TCTTTT	2	12	96590	96601	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328382
30	NC_021899	GGGGCT	2	12	97538	97549	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527328382
31	NC_021899	TTTGAG	2	12	99737	99748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328384
32	NC_021899	TCAGAA	2	12	106378	106389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328389
33	NC_021899	CATAAC	2	12	109422	109433	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527328392
34	NC_021899	TGTTCT	2	12	112189	112200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527328394
35	NC_021899	ACTTCG	2	12	115482	115493	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328396
36	NC_021899	TTGCCA	2	12	119023	119034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328401
37	NC_021899	TTGGTA	2	12	120637	120648	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328403
38	NC_021899	AGGATC	2	12	121016	121027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328403
39	NC_021899	AAGGGT	2	12	122823	122834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527328404
40	NC_021899	GGGTTT	2	12	123786	123797	0 %	50 %	50 %	0 %	527328405
41	NC_021899	TTGCAT	2	12	124068	124079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328405
42	NC_021899	AAGAGA	2	12	124437	124448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527328405
43	NC_021899	TTAAAA	2	12	133372	133383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527328412
44	NC_021899	AGGTTG	2	12	134614	134625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527328413
45	NC_021899	GAGTTA	2	12	139663	139674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328422
46	NC_021899	TGGAAA	2	12	142216	142227	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527328426
47	NC_021899	TGGAAT	2	12	143091	143102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328427
48	NC_021899	ATGGTT	2	12	143335	143346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328427
49	NC_021899	TGCTCT	2	12	145527	145538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328430
50	NC_021899	GAAAGG	2	12	149265	149276	50 %	0 %	50 %	0 %	527328432
51	NC_021899	GCTTTG	2	12	149508	149519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527328432
52	NC_021899	TGTGCG	2	12	153631	153642	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527328436
53	NC_021899	CCTCAT	2	12	154929	154940	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328437
54	NC_021899	TGGAGA	2	12	156387	156398	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527328439
55	NC_021899	CTCCAT	2	12	157756	157767	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328440
56	NC_021899	TCCTTG	2	12	158352	158363	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328441
57	NC_021899	AACAGC	2	12	160989	161000	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328444
58	NC_021899	TAAAAA	2	12	173418	173429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527328450
59	NC_021899	AAAAAG	2	12	173585	173596	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527328451
60	NC_021899	AAACAT	2	12	189801	189812	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527328465
61	NC_021899	AGCAAC	2	12	190136	190147	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328465
62	NC_021899	TCTGGA	2	12	195408	195419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328471
63	NC_021899	CTGGAT	2	12	210999	211010	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328484
64	NC_021899	GAAATA	2	12	211322	211333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527328484
65	NC_021899	GATGCA	2	12	218215	218226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328491
66	NC_021899	ACTCCA	2	12	219105	219116	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527328492
67	NC_021899	CTGCTT	2	12	219337	219348	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328492
68	NC_021899	ATTGCT	2	12	222646	222657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328495
69	NC_021899	TCCTAG	2	12	222936	222947	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328495
70	NC_021899	GCAACG	2	12	223424	223435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527328496
71	NC_021899	CTTAGC	2	12	226056	226067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328498
72	NC_021899	TTCCTT	2	12	232888	232899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527328503
73	NC_021899	TCTCCT	2	12	235769	235780	0 %	50 %	0 %	50 %	527328504
74	NC_021899	CCTGCA	2	12	251735	251746	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328524
75	NC_021899	ACCTTT	2	12	256930	256941	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527328529
76	NC_021899	TCATAA	2	12	264777	264788	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328536
77	NC_021899	AAGTGT	2	12	265503	265514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328536
78	NC_021899	ATCTAA	2	12	268781	268792	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328539
79	NC_021899	TGGAAT	2	12	270979	270990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328541
80	NC_021899	GGAACA	2	12	274866	274877	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527328543
81	NC_021899	CACGCG	2	12	277239	277250	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527328545
82	NC_021899	TTTCTT	2	12	277418	277429	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328545
83	NC_021899	CTCCTA	2	12	281580	281591	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328548
84	NC_021899	GCAATG	2	12	287698	287709	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328554
85	NC_021899	CGACAT	2	12	288368	288379	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527328555
86	NC_021899	CCCTTA	2	12	289822	289833	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328557
87	NC_021899	AAAATA	2	12	291920	291931	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527328559
88	NC_021899	ACCACT	2	12	294275	294286	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527328561
89	NC_021899	CATTGC	2	12	297521	297532	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328564
90	NC_021899	CCAAAA	2	12	298700	298711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527328565
91	NC_021899	TCTTTT	2	12	300585	300596	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328567
92	NC_021899	CAAGAC	2	12	301676	301687	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328568
93	NC_021899	AGCTTA	2	12	302957	302968	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328570
94	NC_021899	CAAAGA	2	12	308329	308340	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527328575
95	NC_021899	ATGGCT	2	12	308945	308956	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527328576
96	NC_021899	TACAAA	2	12	313135	313146	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527328579
97	NC_021899	TTAATT	2	12	314814	314825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527328581
98	NC_021899	AAAACA	2	12	318301	318312	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527328584
99	NC_021899	CAGAAC	2	12	340274	340285	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527328602
100	NC_021899	ATTCAA	2	12	345251	345262	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527328607
101	NC_021899	TTCTTA	2	12	357228	357239	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527328615
102	NC_021899	CAGCCT	2	12	369310	369321	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328629
103	NC_021899	AGCTGA	2	12	369360	369371	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328629
104	NC_021899	ATGCTA	2	12	373227	373238	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328631
105	NC_021899	CAATAG	2	12	379833	379844	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328634
106	NC_021899	ACTGAA	2	12	379974	379985	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328634
107	NC_021899	CTGCAC	2	12	380167	380178	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328634
108	NC_021899	TCCATA	2	12	390526	390537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527328643
109	NC_021899	TTAGGT	2	12	391877	391888	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328646
110	NC_021899	AGGGAA	2	12	393203	393214	50 %	0 %	50 %	0 %	527328647
111	NC_021899	CTGAAG	2	12	394038	394049	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328648
112	NC_021899	TAATCT	2	12	399458	399469	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527328651
113	NC_021899	GAACAA	2	12	399960	399971	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527328652
114	NC_021899	CTAAAG	2	12	400343	400354	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328653
115	NC_021899	CCTTTC	2	12	401507	401518	0 %	50 %	0 %	50 %	527328654
116	NC_021899	ACATGC	2	12	411048	411059	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527328665
117	NC_021899	GGCTCT	2	12	411783	411794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527328666
118	NC_021899	ATCTTG	2	12	413377	413388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328667
119	NC_021899	CCCCCA	2	12	414711	414722	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527328668
120	NC_021899	TTCCTC	2	12	418776	418787	0 %	50 %	0 %	50 %	527328672
121	NC_021899	CTCTAC	2	12	422030	422041	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527328674
122	NC_021899	CGGAAT	2	12	422937	422948	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328676
123	NC_021899	TGATAA	2	12	424842	424853	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527328677
124	NC_021899	AGCTAA	2	12	427215	427226	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328680
125	NC_021899	TTCTCC	2	12	439251	439262	0 %	50 %	0 %	50 %	527328690
126	NC_021899	ATGAAG	2	12	448302	448313	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527328698
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128	NC_021899	ATCCGC	2	12	449744	449755	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328698
129	NC_021899	CTAAAG	2	12	452162	452173	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328699
130	NC_021899	CCAATA	2	12	457147	457158	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527328704
131	NC_021899	ATCGGC	2	12	462994	463005	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527328712
132	NC_021899	TATTGG	2	12	463587	463598	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328712
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134	NC_021899	TCTTCA	2	12	476367	476378	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527328717
135	NC_021899	CTACAA	2	12	480130	480141	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527328717
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138	NC_021899	CTGAAG	2	12	491479	491490	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527328730
139	NC_021899	TGAGTA	2	12	491933	491944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328730
140	NC_021899	AAACTG	2	12	495380	495391	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527328734
141	NC_021899	GGTAAT	2	12	503718	503729	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527328743
142	NC_021899	AGTTTT	2	12	504726	504737	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527328745
143	NC_021899	GGTTGT	2	12	506854	506865	0 %	50 %	50 %	0 %	527328747
144	NC_021899	GCTGTT	2	12	509213	509224	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527328749
145	NC_021899	CTCTAT	2	12	512707	512718	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527328753
146	NC_021899	TGAACT	2	12	513214	513225	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328753
147	NC_021899	TAATTC	2	12	514537	514548	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527328754
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151	NC_021899	CTTTAG	2	12	520964	520975	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328758
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153	NC_021899	ACTGTA	2	12	527451	527462	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527328765
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158	NC_021899	CTTCCT	2	12	537864	537875	0 %	50 %	0 %	50 %	527328776
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190	NC_021899	GCTTCT	2	12	645957	645968	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527328894
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219	NC_021899	TTTCTT	2	12	794543	794554	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527329019
220	NC_021899	AGAAAT	2	12	797733	797744	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527329022
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222	NC_021899	TAGCCT	2	12	802976	802987	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527329025
223	NC_021899	CACCTA	2	12	817538	817549	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527329036
224	NC_021899	AAGAGG	2	12	823418	823429	50 %	0 %	50 %	0 %	527329040
225	NC_021899	GAAAGG	2	12	828295	828306	50 %	0 %	50 %	0 %	527329046
226	NC_021899	AGCTTC	2	12	829749	829760	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527329047
227	NC_021899	ATCACA	2	12	833853	833864	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527329053
228	NC_021899	GATCCG	2	12	838462	838473	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527329057
229	NC_021899	TTATGC	2	12	845400	845411	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527329063
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231	NC_021899	AAAGAA	2	12	848913	848924	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527329066
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.