MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/971

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021899	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021899	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021899	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021899	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021899	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021899	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021899	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021899	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021899	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021899	TTTGT	2	10	85122	85131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021899	AATAA	2	10	88121	88130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021899	CTTTT	2	10	94193	94202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021899	ACAAA	2	10	97738	97747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021899	GCTCT	2	10	114018	114027	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021899	TTGCA	2	10	137071	137080	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021899	AAGAG	2	10	138323	138332	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021899	CAAAA	2	10	161798	161807	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021899	GGAAT	2	10	179474	179483	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021899	AGAAA	2	10	182733	182742	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021899	CGATA	2	10	187976	187985	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021899	TATGC	2	10	188927	188936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021899	AAGAA	2	10	189092	189101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021899	CTAAG	2	10	198669	198678	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021899	ATTTC	2	10	217197	217206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021899	CAATA	2	10	220320	220329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021899	TACAA	2	10	244031	244040	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021899	TTTCA	2	10	260151	260160	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021899	AAAGC	2	10	294976	294985	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021899	TGTTT	2	10	297855	297864	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021899	GCAAC	2	10	329870	329879	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021899	CTTGT	2	10	329930	329939	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021899	CCTTT	2	10	330386	330395	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021899	AAGGC	2	10	358141	358150	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021899	GCTTC	2	10	360251	360260	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021899	AGTAG	2	10	360328	360337	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021899	TCTCT	2	10	363906	363915	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021899	AACAA	2	10	364289	364298	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021899	AAAAC	2	10	364611	364620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021899	AAGCG	2	10	400126	400135	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021899	GTATA	2	10	412373	412382	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021899	AGCAA	2	10	412409	412418	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021899	AAAAT	2	10	414258	414267	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021899	CTCTT	2	10	424327	424336	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021899	TAAAA	2	10	426869	426878	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021899	AGAAA	2	10	432543	432552	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021899	CTCTT	2	10	432582	432591	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021899	GAAGA	2	10	432592	432601	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021899	AAATT	2	10	432871	432880	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021899	AATTT	2	10	432892	432901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021899	TAAAA	2	10	461104	461113	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021899	CAAAA	2	10	481506	481515	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021899	AATCT	2	10	498848	498857	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021899	TTTCT	2	10	504448	504457	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021899	CCTTT	2	10	505457	505466	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021899	TAAAA	2	10	510473	510482	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021899	AGGAA	2	10	512457	512466	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021899	ATGAA	2	10	512481	512490	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021899	TTGGA	2	10	519922	519931	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021899	CAAAA	2	10	520688	520697	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021899	TTTTC	2	10	532355	532364	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021899	AAAAG	2	10	553609	553618	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021899	GAAAA	2	10	560792	560801	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021899	ATTTT	2	10	562230	562239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021899	ATACT	2	10	568302	568311	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021899	AAAGG	2	10	577257	577266	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021899	CTTCT	2	10	618694	618703	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_021899	TTTCC	2	10	624875	624884	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021899	ATTAA	2	10	632827	632836	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021899	TTATT	2	10	644608	644617	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021899	TCGTC	2	10	645711	645720	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021899	AGAAA	2	10	678277	678286	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021899	TTTAT	2	10	693273	693282	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021899	TCATG	2	10	693468	693477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021899	AAAAC	2	10	697586	697595	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021899	GAAAA	2	10	702935	702944	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021899	TTATT	2	10	709994	710003	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021899	GAAGA	2	10	732887	732896	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021899	AGAAT	2	10	755695	755704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021899	AGGGG	2	10	755926	755935	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021899	AAAAG	2	10	776501	776510	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021899	AGGTA	2	10	779900	779909	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021899	TCCTT	2	10	781083	781092	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_021899	TTTCT	2	10	800508	800517	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021899	AGAAA	2	10	809040	809049	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021899	AAGAG	2	10	820880	820889	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021899	CTTTT	2	10	855205	855214	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021899	AGAAA	2	10	859556	859565	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021899	GAAGA	2	10	871730	871739	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021899	CTTTT	2	10	877249	877258	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021899	TAGAA	2	10	885718	885727	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021899	CTTTT	2	10	901752	901761	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021899	AGAGC	2	10	904785	904794	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021899	AAGAG	2	10	924455	924464	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021899	GCTAG	2	10	924481	924490	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021899	TCGTT	2	10	932867	932876	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021899	TTCTT	2	10	935824	935833	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021899	GCCTG	2	10	952183	952192	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021899	CTTCA	2	10	957664	957673	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021899	CTAGT	2	10	964522	964531	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021899	TAAAA	2	10	980517	980526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021899	ATAAA	2	10	980548	980557	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021899	TTGTT	2	10	1001669	1001678	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021899	TATTT	2	10	1004115	1004124	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021899	TAGAA	2	10	1015538	1015547	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021899	TTAGA	2	10	1020178	1020187	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021899	TTTTC	2	10	1033837	1033846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021899	TTTTA	2	10	1037818	1037827	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.