MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/966

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021898	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021898	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021898	GAAAAG	2	12	56366	56377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021898	AGTTGT	2	12	57562	57573	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021898	CTTGTT	2	12	58619	58630	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021898	AAAAAT	2	12	60925	60936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021898	ATCTAG	2	12	76636	76647	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021898	TTTTAG	2	12	115917	115928	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021898	TAAAAA	2	12	120589	120600	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021898	AGAAAA	2	12	182796	182807	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021898	ATTTGC	2	12	188708	188719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021898	TATGAA	3	18	191730	191747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021898	TTTTAC	2	12	217052	217063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021898	TTTTTA	2	12	251584	251595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021898	AGGAGA	2	12	266684	266695	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021898	ATATTA	2	12	275580	275591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021898	AAAAAG	2	12	319751	319762	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021898	AGAATA	2	12	357231	357242	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021898	TTTTAA	2	12	405394	405405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021898	ACATCA	2	12	422698	422709	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021898	TAACTA	2	12	498930	498941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021898	AAGAAA	2	12	498943	498954	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021898	AGAATA	2	12	504918	504929	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021898	AACTAA	2	12	510650	510661	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021898	TCCCTC	2	12	544674	544685	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_021898	AAAAAT	2	12	562644	562655	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021898	TAGGGG	2	12	601812	601823	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021898	TCTTTT	2	12	613807	613818	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021898	TTATTT	2	12	645013	645024	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021898	TATTTT	2	12	750937	750948	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021898	GAGAAA	2	12	798402	798413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021898	TTTTCT	2	12	800860	800871	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021898	ATTTTT	2	12	804639	804650	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021898	TTTTTA	2	12	831118	831129	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021898	TAAGGA	2	12	852114	852125	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021898	CCGGAG	2	12	853032	853043	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021898	CCTCTA	2	12	866177	866188	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021898	TAAGGA	2	12	874158	874169	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021898	CCGGAG	2	12	875076	875087	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021898	GACGGC	2	12	917495	917506	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021898	AAACAA	2	12	919183	919194	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021898	AATTTT	2	12	1038187	1038198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021898	TAAAAT	2	12	1038199	1038210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.