MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/966

Total Repeats: 276

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021898	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327371
2	NC_021898	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327378
3	NC_021898	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327378
4	NC_021898	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527327379
5	NC_021898	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527327382
6	NC_021898	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527327385
7	NC_021898	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527327388
8	NC_021898	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527327389
9	NC_021898	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327401
10	NC_021898	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527327402
11	NC_021898	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527327402
12	NC_021898	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527327409
13	NC_021898	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327417
14	NC_021898	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327417
15	NC_021898	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527327419
16	NC_021898	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327421
17	NC_021898	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527327422
18	NC_021898	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527327425
19	NC_021898	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527327432
20	NC_021898	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527327433
21	NC_021898	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527327434
22	NC_021898	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327434
23	NC_021898	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327435
24	NC_021898	GGTTTA	2	12	80110	80121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327439
25	NC_021898	GTCTGT	2	12	83154	83165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527327442
26	NC_021898	TTCTGA	2	12	88768	88779	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527327446
27	NC_021898	AAAAGA	2	12	93832	93843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527327452
28	NC_021898	AGCTGT	2	12	95925	95936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527327453
29	NC_021898	TCTTTT	2	12	96590	96601	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527327455
30	NC_021898	GGGGCT	2	12	97538	97549	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527327455
31	NC_021898	TTTGAG	2	12	99737	99748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327457
32	NC_021898	TCAGAA	2	12	106378	106389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327462
33	NC_021898	CATAAC	2	12	109422	109433	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527327465
34	NC_021898	TGTTCT	2	12	112189	112200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527327467
35	NC_021898	ACTTCG	2	12	115482	115493	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527327469
36	NC_021898	TTGCCA	2	12	119023	119034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527327474
37	NC_021898	TTGGTA	2	12	120637	120648	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327476
38	NC_021898	AGGATC	2	12	121016	121027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327476
39	NC_021898	AAGGGT	2	12	122823	122834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527327477
40	NC_021898	GGGTTT	2	12	123786	123797	0 %	50 %	50 %	0 %	527327478
41	NC_021898	TTGCAT	2	12	124068	124079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527327478
42	NC_021898	AAGAGA	2	12	124437	124448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527327478
43	NC_021898	TTAAAA	2	12	133372	133383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527327486
44	NC_021898	AGGTTG	2	12	134614	134625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527327487
45	NC_021898	GAGTTA	2	12	139663	139674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527327496
46	NC_021898	TGGAAA	2	12	142216	142227	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527327500
47	NC_021898	TGGAAT	2	12	143091	143102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527327501
48	NC_021898	ATGGTT	2	12	143335	143346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327501
49	NC_021898	TGCTCT	2	12	145527	145538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527327504
50	NC_021898	GAAAGG	2	12	149265	149276	50 %	0 %	50 %	0 %	527327506
51	NC_021898	GCTTTG	2	12	149508	149519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527327506
52	NC_021898	TGTGCG	2	12	153631	153642	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527327510
53	NC_021898	CCTCAT	2	12	154929	154940	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527327511
54	NC_021898	TGGAGA	2	12	156387	156398	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527327513
55	NC_021898	CTCCAT	2	12	157756	157767	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527327514
56	NC_021898	TCCTTG	2	12	158352	158363	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527327515
57	NC_021898	AACAGC	2	12	160989	161000	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527327518
58	NC_021898	TAAAAA	2	12	173418	173429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527327524
59	NC_021898	AAAAAG	2	12	173585	173596	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527327525
60	NC_021898	AAACAT	2	12	189801	189812	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527327539
61	NC_021898	AGCAAC	2	12	190136	190147	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527327539
62	NC_021898	TCTGGA	2	12	195408	195419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527327546
63	NC_021898	CTGGAT	2	12	210999	211010	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527327559
64	NC_021898	GAAATA	2	12	211322	211333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527327559
65	NC_021898	GATGCA	2	12	218215	218226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327566
66	NC_021898	ACTCCA	2	12	219105	219116	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527327567
67	NC_021898	CTGCTT	2	12	219337	219348	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527327567
68	NC_021898	ATTGCT	2	12	222646	222657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527327570
69	NC_021898	TCCTAG	2	12	222936	222947	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527327570
70	NC_021898	GCAACG	2	12	223424	223435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527327571
71	NC_021898	CTTAGC	2	12	226056	226067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527327573
72	NC_021898	TTCCTT	2	12	232888	232899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527327578
73	NC_021898	TCTCCT	2	12	235769	235780	0 %	50 %	0 %	50 %	527327579
74	NC_021898	CCTGCA	2	12	251744	251755	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527327599
75	NC_021898	ACCTTT	2	12	256939	256950	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527327604
76	NC_021898	TCATAA	2	12	264785	264796	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527327611
77	NC_021898	AAGTGT	2	12	265511	265522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527327611
78	NC_021898	ATCTAA	2	12	268787	268798	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527327614
79	NC_021898	TGGAAT	2	12	270985	270996	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527327616
80	NC_021898	GGAACA	2	12	274872	274883	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527327618
81	NC_021898	CACGCG	2	12	277245	277256	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527327620
82	NC_021898	TTTCTT	2	12	277424	277435	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527327620
83	NC_021898	CTCCTA	2	12	281586	281597	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527327623
84	NC_021898	GCAATG	2	12	287705	287716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327629
85	NC_021898	CGACAT	2	12	288378	288389	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527327631
86	NC_021898	CCCTTA	2	12	289832	289843	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527327633
87	NC_021898	AAAATA	2	12	291930	291941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527327635
88	NC_021898	ACCACT	2	12	294285	294296	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527327637
89	NC_021898	CATTGC	2	12	297531	297542	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527327640
90	NC_021898	CCAAAA	2	12	298710	298721	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527327641
91	NC_021898	TCTTTT	2	12	300595	300606	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527327643
92	NC_021898	CAAGAC	2	12	301686	301697	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527327644
93	NC_021898	AGCTTA	2	12	302966	302977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327646
94	NC_021898	CAAAGA	2	12	308351	308362	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527327651
95	NC_021898	ATGGCT	2	12	308967	308978	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527327652
96	NC_021898	TACAAA	2	12	313157	313168	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527327655
97	NC_021898	TTAATT	2	12	314836	314847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527327657
98	NC_021898	AAAACA	2	12	318322	318333	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527327659
99	NC_021898	CAGAAC	2	12	340297	340308	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527327677
100	NC_021898	ATTCAA	2	12	345274	345285	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527327682
101	NC_021898	TTCTTA	2	12	357251	357262	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527327690
102	NC_021898	CAGCCT	2	12	369333	369344	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527327704
103	NC_021898	AGCTGA	2	12	369383	369394	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327704
104	NC_021898	ATGCTA	2	12	373250	373261	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327706
105	NC_021898	CAATAG	2	12	379856	379867	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327709
106	NC_021898	ACTGAA	2	12	379997	380008	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327709
107	NC_021898	CTGCAC	2	12	380190	380201	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527327709
108	NC_021898	TCCATA	2	12	390549	390560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527327718
109	NC_021898	TTAGGT	2	12	391900	391911	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327721
110	NC_021898	AGGGAA	2	12	393226	393237	50 %	0 %	50 %	0 %	527327722
111	NC_021898	CTGAAG	2	12	394061	394072	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327723
112	NC_021898	TAATCT	2	12	399481	399492	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527327726
113	NC_021898	GAACAA	2	12	399983	399994	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527327727
114	NC_021898	CTAAAG	2	12	400366	400377	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327728
115	NC_021898	CCTTTC	2	12	401530	401541	0 %	50 %	0 %	50 %	527327729
116	NC_021898	ACATGC	2	12	411071	411082	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527327740
117	NC_021898	GGCTCT	2	12	411806	411817	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527327741
118	NC_021898	ATCTTG	2	12	413400	413411	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527327742
119	NC_021898	CCCCCA	2	12	414734	414745	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527327743
120	NC_021898	TTCCTC	2	12	418799	418810	0 %	50 %	0 %	50 %	527327747
121	NC_021898	CTCTAC	2	12	422053	422064	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527327749
122	NC_021898	CGGAAT	2	12	422960	422971	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327751
123	NC_021898	TGATAA	2	12	424865	424876	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527327752
124	NC_021898	AGCTAA	2	12	427238	427249	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327755
125	NC_021898	TTCTCC	2	12	439274	439285	0 %	50 %	0 %	50 %	527327765
126	NC_021898	ATGAAG	2	12	448325	448336	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527327773
127	NC_021898	TAACTC	2	12	448842	448853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527327773
128	NC_021898	ATCCGC	2	12	449767	449778	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527327773
129	NC_021898	CTAAAG	2	12	452185	452196	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327774
130	NC_021898	CCAATA	2	12	457170	457181	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527327779
131	NC_021898	ATCGGC	2	12	463017	463028	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527327787
132	NC_021898	TATTGG	2	12	463610	463621	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327787
133	NC_021898	AAATAC	2	12	473945	473956	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527327791
134	NC_021898	TCTTCA	2	12	476382	476393	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527327792
135	NC_021898	CTACAA	2	12	480157	480168	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527327792
136	NC_021898	CCAATC	2	12	484625	484636	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527327796
137	NC_021898	TTCTTT	2	12	488447	488458	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527327803
138	NC_021898	CTGAAG	2	12	491506	491517	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527327805
139	NC_021898	TGAGTA	2	12	491960	491971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527327805
140	NC_021898	AAACTG	2	12	495407	495418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327809
141	NC_021898	GGTAAT	2	12	503745	503756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527327818
142	NC_021898	AGTTTT	2	12	504753	504764	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527327820
143	NC_021898	GGTTGT	2	12	506881	506892	0 %	50 %	50 %	0 %	527327822
144	NC_021898	GCTGTT	2	12	509239	509250	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527327824
145	NC_021898	CTCTAT	2	12	512732	512743	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527327828
146	NC_021898	TGAACT	2	12	513239	513250	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327828
147	NC_021898	TAATTC	2	12	514561	514572	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527327829
148	NC_021898	ACTCCT	2	12	514830	514841	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527327829
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151	NC_021898	CAGGAA	2	12	522689	522700	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527327836
152	NC_021898	ACTGTA	2	12	527474	527485	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327840
153	NC_021898	AGCCAC	2	12	527509	527520	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	527327840
154	NC_021898	ATGTCA	2	12	529200	529211	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327840
155	NC_021898	CAAATC	2	12	531300	531311	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527327842
156	NC_021898	AGGGAA	2	12	535741	535752	50 %	0 %	50 %	0 %	527327847
157	NC_021898	CTTCCT	2	12	538247	538258	0 %	50 %	0 %	50 %	527327851
158	NC_021898	ACAAGA	2	12	539750	539761	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527327852
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173	NC_021898	CTGATA	2	12	596885	596896	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327921
174	NC_021898	CTGCTC	2	12	596933	596944	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	527327921
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179	NC_021898	ACTGTA	2	12	615499	615510	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527327937
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188	NC_021898	ATCTTG	2	12	639203	639214	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527327961
189	NC_021898	TTAAAT	2	12	641974	641985	50 %	50 %	0 %	0 %	527327963
190	NC_021898	GCTTCT	2	12	646363	646374	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527327967
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204	NC_021898	TCTGCA	2	12	741459	741470	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328044
205	NC_021898	TGTGAT	2	12	742102	742113	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527328045
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215	NC_021898	CCCTGA	2	12	788916	788927	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527328088
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217	NC_021898	AAGCTC	2	12	792077	792088	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527328091
218	NC_021898	TTTCTT	2	12	794942	794953	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527328093
219	NC_021898	AGAAAT	2	12	798132	798143	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527328096
220	NC_021898	GAAATT	2	12	799745	799756	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527328098
221	NC_021898	GCTGAG	2	12	800427	800438	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527328098
222	NC_021898	TAGCCT	2	12	803374	803385	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328099
223	NC_021898	CACCTA	2	12	817935	817946	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527328110
224	NC_021898	AAGAGG	2	12	823815	823826	50 %	0 %	50 %	0 %	527328114
225	NC_021898	GAAAGG	2	12	828692	828703	50 %	0 %	50 %	0 %	527328120
226	NC_021898	AGCTTC	2	12	830146	830157	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527328121
227	NC_021898	ATCACA	2	12	834250	834261	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527328127
228	NC_021898	GATCCG	2	12	838859	838870	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527328131
229	NC_021898	TTATGC	2	12	845797	845808	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527328137
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231	NC_021898	AAAGAA	2	12	849310	849321	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527328140
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.