MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/966

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021898	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021898	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021898	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021898	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021898	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021898	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021898	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021898	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021898	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021898	TTTGT	2	10	85122	85131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021898	AATAA	2	10	88121	88130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021898	CTTTT	2	10	94193	94202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021898	ACAAA	2	10	97738	97747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021898	GCTCT	2	10	114018	114027	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021898	TTGCA	2	10	137071	137080	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021898	AAGAG	2	10	138323	138332	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021898	CAAAA	2	10	161798	161807	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021898	GGAAT	2	10	179474	179483	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021898	AGAAA	2	10	182733	182742	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021898	CGATA	2	10	187976	187985	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021898	TATGC	2	10	188927	188936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021898	AAGAA	2	10	189092	189101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021898	CTAAG	2	10	198669	198678	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021898	ATTTC	2	10	217197	217206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021898	CAATA	2	10	220320	220329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021898	TACAA	2	10	244031	244040	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021898	TTTCA	2	10	260160	260169	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021898	AAAGC	2	10	294986	294995	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021898	TGTTT	2	10	297865	297874	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021898	GCAAC	2	10	329893	329902	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021898	CTTGT	2	10	329953	329962	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021898	CCTTT	2	10	330409	330418	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021898	AAGGC	2	10	358164	358173	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021898	GCTTC	2	10	360274	360283	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021898	AGTAG	2	10	360351	360360	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021898	TCTCT	2	10	363929	363938	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021898	AACAA	2	10	364312	364321	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021898	AAAAC	2	10	364634	364643	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021898	AAGCG	2	10	400149	400158	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021898	GTATA	2	10	412396	412405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021898	AGCAA	2	10	412432	412441	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021898	AAAAT	2	10	414281	414290	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021898	CTCTT	2	10	424350	424359	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021898	TAAAA	2	10	426892	426901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021898	AGAAA	2	10	432566	432575	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021898	CTCTT	2	10	432605	432614	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021898	GAAGA	2	10	432615	432624	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021898	AAATT	2	10	432894	432903	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021898	AATTT	2	10	432915	432924	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021898	ATAGA	2	10	446190	446199	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021898	TAAAA	2	10	461127	461136	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021898	CAAAA	2	10	481533	481542	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021898	AATCT	2	10	498875	498884	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021898	TTTCT	2	10	504475	504484	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021898	CCTTT	2	10	505484	505493	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021898	TAAAA	2	10	510499	510508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021898	AGGAA	2	10	512483	512492	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021898	ATGAA	2	10	512506	512515	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021898	TCCTC	2	10	513605	513614	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_021898	TTGGA	2	10	519946	519955	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021898	CAAAA	2	10	520712	520721	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021898	TTTTC	2	10	532738	532747	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021898	AAAAG	2	10	554005	554014	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021898	GAAAA	2	10	561187	561196	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021898	ATTTT	2	10	562624	562633	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021898	ATACT	2	10	568697	568706	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021898	AAAGG	2	10	577653	577662	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021898	TTTCC	2	10	625271	625280	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021898	TCGTC	2	10	646117	646126	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021898	AGAAA	2	10	678683	678692	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021898	TTTAT	2	10	693679	693688	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021898	TCATG	2	10	693874	693883	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021898	AAAAC	2	10	697992	698001	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021898	GAAAA	2	10	703341	703350	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021898	TTATT	2	10	710400	710409	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021898	GAAGA	2	10	733293	733302	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021898	AGGGG	2	10	756331	756340	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021898	ATTTT	2	10	775075	775084	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021898	AAAAG	2	10	776908	776917	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021898	AGGTA	2	10	780307	780316	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021898	TCCTT	2	10	781490	781499	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021898	AAAAC	2	10	792685	792694	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021898	TTTCT	2	10	800906	800915	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021898	AGAAA	2	10	809438	809447	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021898	AAGAG	2	10	821277	821286	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021898	CTTTT	2	10	855602	855611	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021898	AGAAA	2	10	859953	859962	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021898	GAAGA	2	10	872127	872136	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021898	CTTTT	2	10	877646	877655	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021898	TAGAA	2	10	886115	886124	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021898	CTTTT	2	10	902149	902158	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021898	AGAGC	2	10	905182	905191	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021898	AAGAG	2	10	924852	924861	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021898	GCTAG	2	10	924878	924887	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021898	TCGTT	2	10	933264	933273	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021898	TTCTT	2	10	936221	936230	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021898	GCCTG	2	10	952580	952589	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021898	CTTCA	2	10	958061	958070	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021898	CTAGT	2	10	964919	964928	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021898	TAAAA	2	10	980914	980923	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021898	ATAAA	2	10	980945	980954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021898	TTGTT	2	10	1002066	1002075	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021898	TATTT	2	10	1004512	1004521	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021898	TAGAA	2	10	1015935	1015944	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021898	TTAGA	2	10	1020575	1020584	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021898	TTTTC	2	10	1034234	1034243	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021898	TTTTA	2	10	1038215	1038224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.