MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis RC-L2(s)/3

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021897	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021897	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326451
3	NC_021897	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021897	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326457
5	NC_021897	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326457
6	NC_021897	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326458
7	NC_021897	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326461
8	NC_021897	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326464
9	NC_021897	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326467
10	NC_021897	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527326468
11	NC_021897	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326480
12	NC_021897	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527326481
13	NC_021897	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326481
14	NC_021897	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527326488
15	NC_021897	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326496
16	NC_021897	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326496
17	NC_021897	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326498
18	NC_021897	GAAAAG	2	12	56366	56377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021897	AGTTGT	2	12	57562	57573	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021897	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326500
21	NC_021897	CTTGTT	2	12	58619	58630	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021897	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527326501
23	NC_021897	AAAAAT	2	12	60925	60936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021897	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527326504
25	NC_021897	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527326511
26	NC_021897	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326512
27	NC_021897	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527326513
28	NC_021897	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326513
29	NC_021897	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326514
30	NC_021897	ATCTAG	2	12	76636	76647	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021897	GGTTTA	2	12	80108	80119	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326518
32	NC_021897	TTTAGT	2	12	81881	81892	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527326520
33	NC_021897	GTCTGT	2	12	83152	83163	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527326521
34	NC_021897	TTCTGA	2	12	88766	88777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326525
35	NC_021897	AAAAGA	2	12	93830	93841	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527326531
36	NC_021897	AGCTGT	2	12	95923	95934	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326532
37	NC_021897	TCTTTT	2	12	96588	96599	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326534
38	NC_021897	GGGGCT	2	12	97536	97547	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527326534
39	NC_021897	TTTGAG	2	12	99741	99752	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326536
40	NC_021897	TCAGAA	2	12	106382	106393	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326541
41	NC_021897	CATAAC	2	12	109426	109437	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527326544
42	NC_021897	TGTTCT	2	12	112193	112204	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527326546
43	NC_021897	ACTTCG	2	12	115486	115497	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326548
44	NC_021897	TTTTAG	2	12	115921	115932	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021897	TTGCCA	2	12	119025	119036	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326552
46	NC_021897	TAAAAA	2	12	120517	120528	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021897	TTGGTA	2	12	120565	120576	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021897	AGGATC	2	12	120944	120955	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021897	AAGGGT	2	12	122710	122721	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527326554
50	NC_021897	GGGTTT	2	12	123673	123684	0 %	50 %	50 %	0 %	527326555
51	NC_021897	TTGCAT	2	12	123955	123966	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326555
52	NC_021897	AAGAGA	2	12	124324	124335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527326555
53	NC_021897	TTAAAA	2	12	133261	133272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527326562
54	NC_021897	AGGTTG	2	12	134503	134514	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527326563
55	NC_021897	GAGTTA	2	12	139553	139564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326572
56	NC_021897	TGGAAT	2	12	142981	142992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326577
57	NC_021897	ATGGTT	2	12	143225	143236	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326577
58	NC_021897	TGCTCT	2	12	145416	145427	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326580
59	NC_021897	GAAAGG	2	12	149154	149165	50 %	0 %	50 %	0 %	527326582
60	NC_021897	GCTTTG	2	12	149397	149408	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527326582
61	NC_021897	TGTGCG	2	12	153518	153529	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527326585
62	NC_021897	CCTCAT	2	12	154816	154827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326586
63	NC_021897	TGGAGA	2	12	156274	156285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527326588
64	NC_021897	CTCCAT	2	12	157643	157654	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326589
65	NC_021897	TCCTTG	2	12	158239	158250	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326590
66	NC_021897	AACAGC	2	12	160876	160887	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326593
67	NC_021897	AAAAAG	2	12	173474	173485	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527326600
68	NC_021897	AGAAAA	2	12	182544	182555	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021897	ACTTCT	2	12	187663	187674	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326608
70	NC_021897	GGATAT	2	12	192006	192017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021897	GAATGC	2	12	193534	193545	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021897	ATTTGC	2	12	195024	195035	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326609
73	NC_021897	AAACAT	2	12	196118	196129	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527326612
74	NC_021897	AGCAAC	2	12	196453	196464	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326612
75	NC_021897	TATGAA	2	12	198047	198058	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021897	TCTGGA	2	12	202723	202734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326618
77	NC_021897	CTGGAT	2	12	218316	218327	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326631
78	NC_021897	GAAATA	2	12	218639	218650	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527326631
79	NC_021897	TTTTAC	2	12	224369	224380	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021897	GATGCA	2	12	225532	225543	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326638
81	NC_021897	ACTCCA	2	12	226422	226433	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527326639
82	NC_021897	CTGCTT	2	12	226654	226665	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326639
83	NC_021897	ATTGCT	2	12	229963	229974	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326642
84	NC_021897	TCCTAG	2	12	230253	230264	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326642
85	NC_021897	GCAACG	2	12	230741	230752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527326643
86	NC_021897	CTTAGC	2	12	233373	233384	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326645
87	NC_021897	TTCCTT	2	12	240205	240216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527326650
88	NC_021897	TCTCCT	2	12	243086	243097	0 %	50 %	0 %	50 %	527326651
89	NC_021897	TTTTTA	2	12	258901	258912	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021897	CCTGCA	2	12	259061	259072	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527326671
91	NC_021897	ACCTTT	2	12	264256	264267	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326676
92	NC_021897	TCATAA	2	12	272102	272113	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326683
93	NC_021897	AAGTGT	2	12	272828	272839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326683
94	NC_021897	AGGAGA	2	12	274001	274012	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021897	ATCTAA	2	12	276104	276115	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326686
96	NC_021897	TGGAAT	2	12	278302	278313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326688
97	NC_021897	GGAACA	2	12	282189	282200	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527326690
98	NC_021897	ATATTA	2	12	282897	282908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021897	CACGCG	2	12	284562	284573	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527326692
100	NC_021897	TTTCTT	2	12	284741	284752	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326692
101	NC_021897	CTCCTA	2	12	288903	288914	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326695
102	NC_021897	GCAATG	2	12	295022	295033	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326701
103	NC_021897	CGACAT	2	12	295695	295706	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527326703
104	NC_021897	CCCTTA	2	12	297149	297160	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326705
105	NC_021897	AAAATA	2	12	299247	299258	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527326707
106	NC_021897	ACCACT	2	12	301602	301613	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527326709
107	NC_021897	CATTGC	2	12	304848	304859	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326712
108	NC_021897	CCAAAA	2	12	306027	306038	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527326713
109	NC_021897	TCTTTT	2	12	307912	307923	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326715
110	NC_021897	CAAGAC	2	12	309003	309014	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326716
111	NC_021897	AGCTTA	2	12	310283	310294	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326718
112	NC_021897	CAAAGA	2	12	315668	315679	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527326723
113	NC_021897	ATGGCT	2	12	316284	316295	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326724
114	NC_021897	TACAAA	2	12	320474	320485	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527326727
115	NC_021897	TTAATT	2	12	322153	322164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527326729
116	NC_021897	AAAACA	2	12	325639	325650	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527326731
117	NC_021897	AAAAAG	2	12	327068	327079	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021897	CAGAAC	2	12	347606	347617	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326750
119	NC_021897	ATTCAA	2	12	352583	352594	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326755
120	NC_021897	AGAATA	2	12	364540	364551	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021897	TTCTTA	2	12	364560	364571	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527326763
122	NC_021897	CAGCCT	2	12	376617	376628	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527326777
123	NC_021897	AGCTGA	2	12	376667	376678	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326777
124	NC_021897	ATGCTA	2	12	380534	380545	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326779
125	NC_021897	CAATAG	2	12	387140	387151	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326782
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128	NC_021897	TCCATA	2	12	397833	397844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527326791
129	NC_021897	TTAGGT	2	12	399184	399195	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326794
130	NC_021897	AGGGAA	2	12	400510	400521	50 %	0 %	50 %	0 %	527326795
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136	NC_021897	TTTTAA	2	12	412678	412689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021897	ACATGC	2	12	418355	418366	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527326813
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140	NC_021897	CCCCCA	2	12	422018	422029	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527326816
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142	NC_021897	CTCTAC	2	12	429337	429348	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326822
143	NC_021897	ACATCA	2	12	429982	429993	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_021897	CGGAAT	2	12	430244	430255	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326824
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147	NC_021897	TTCTCC	2	12	446558	446569	0 %	50 %	0 %	50 %	527326838
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224	NC_021897	CATATT	2	12	684601	684612	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527327065
225	NC_021897	AGCTGG	3	18	690774	690791	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527327074
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228	NC_021897	CCGCAA	2	12	701822	701833	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	527327084
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235	NC_021897	TCTGCA	2	12	748742	748753	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
236	NC_021897	TGTGAT	2	12	749384	749395	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527327119
237	NC_021897	TATTTT	2	12	758219	758230	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
238	NC_021897	GGGAAG	2	12	762341	762352	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527327133
239	NC_021897	GGAAGA	2	12	765999	766010	50 %	0 %	50 %	0 %	527327136
240	NC_021897	ATGCAA	2	12	768311	768322	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527327140
241	NC_021897	GAGAAA	2	12	768540	768551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527327140
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274	NC_021897	TAAGGA	2	12	881447	881458	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.