MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-L2(s)/3

Total Repeats: 274

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021897	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326451
2	NC_021897	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326457
3	NC_021897	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326457
4	NC_021897	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326458
5	NC_021897	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326461
6	NC_021897	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326464
7	NC_021897	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326467
8	NC_021897	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527326468
9	NC_021897	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326480
10	NC_021897	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527326481
11	NC_021897	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326481
12	NC_021897	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527326488
13	NC_021897	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326496
14	NC_021897	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326496
15	NC_021897	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326498
16	NC_021897	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326500
17	NC_021897	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527326501
18	NC_021897	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527326504
19	NC_021897	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527326511
20	NC_021897	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326512
21	NC_021897	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527326513
22	NC_021897	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326513
23	NC_021897	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326514
24	NC_021897	GGTTTA	2	12	80108	80119	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326518
25	NC_021897	TTTAGT	2	12	81881	81892	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527326520
26	NC_021897	GTCTGT	2	12	83152	83163	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527326521
27	NC_021897	TTCTGA	2	12	88766	88777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326525
28	NC_021897	AAAAGA	2	12	93830	93841	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527326531
29	NC_021897	AGCTGT	2	12	95923	95934	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326532
30	NC_021897	TCTTTT	2	12	96588	96599	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326534
31	NC_021897	GGGGCT	2	12	97536	97547	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527326534
32	NC_021897	TTTGAG	2	12	99741	99752	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326536
33	NC_021897	TCAGAA	2	12	106382	106393	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326541
34	NC_021897	CATAAC	2	12	109426	109437	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527326544
35	NC_021897	TGTTCT	2	12	112193	112204	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527326546
36	NC_021897	ACTTCG	2	12	115486	115497	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326548
37	NC_021897	TTGCCA	2	12	119025	119036	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326552
38	NC_021897	AAGGGT	2	12	122710	122721	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527326554
39	NC_021897	GGGTTT	2	12	123673	123684	0 %	50 %	50 %	0 %	527326555
40	NC_021897	TTGCAT	2	12	123955	123966	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326555
41	NC_021897	AAGAGA	2	12	124324	124335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527326555
42	NC_021897	TTAAAA	2	12	133261	133272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527326562
43	NC_021897	AGGTTG	2	12	134503	134514	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527326563
44	NC_021897	GAGTTA	2	12	139553	139564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326572
45	NC_021897	TGGAAT	2	12	142981	142992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326577
46	NC_021897	ATGGTT	2	12	143225	143236	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326577
47	NC_021897	TGCTCT	2	12	145416	145427	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326580
48	NC_021897	GAAAGG	2	12	149154	149165	50 %	0 %	50 %	0 %	527326582
49	NC_021897	GCTTTG	2	12	149397	149408	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527326582
50	NC_021897	TGTGCG	2	12	153518	153529	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527326585
51	NC_021897	CCTCAT	2	12	154816	154827	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326586
52	NC_021897	TGGAGA	2	12	156274	156285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527326588
53	NC_021897	CTCCAT	2	12	157643	157654	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326589
54	NC_021897	TCCTTG	2	12	158239	158250	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326590
55	NC_021897	AACAGC	2	12	160876	160887	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326593
56	NC_021897	AAAAAG	2	12	173474	173485	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527326600
57	NC_021897	ACTTCT	2	12	187663	187674	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326608
58	NC_021897	ATTTGC	2	12	195024	195035	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326609
59	NC_021897	AAACAT	2	12	196118	196129	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527326612
60	NC_021897	AGCAAC	2	12	196453	196464	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326612
61	NC_021897	TCTGGA	2	12	202723	202734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326618
62	NC_021897	CTGGAT	2	12	218316	218327	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326631
63	NC_021897	GAAATA	2	12	218639	218650	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527326631
64	NC_021897	GATGCA	2	12	225532	225543	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326638
65	NC_021897	ACTCCA	2	12	226422	226433	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527326639
66	NC_021897	CTGCTT	2	12	226654	226665	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527326639
67	NC_021897	ATTGCT	2	12	229963	229974	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326642
68	NC_021897	TCCTAG	2	12	230253	230264	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326642
69	NC_021897	GCAACG	2	12	230741	230752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527326643
70	NC_021897	CTTAGC	2	12	233373	233384	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326645
71	NC_021897	TTCCTT	2	12	240205	240216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527326650
72	NC_021897	TCTCCT	2	12	243086	243097	0 %	50 %	0 %	50 %	527326651
73	NC_021897	CCTGCA	2	12	259061	259072	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527326671
74	NC_021897	ACCTTT	2	12	264256	264267	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326676
75	NC_021897	TCATAA	2	12	272102	272113	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326683
76	NC_021897	AAGTGT	2	12	272828	272839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326683
77	NC_021897	ATCTAA	2	12	276104	276115	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326686
78	NC_021897	TGGAAT	2	12	278302	278313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326688
79	NC_021897	GGAACA	2	12	282189	282200	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527326690
80	NC_021897	CACGCG	2	12	284562	284573	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527326692
81	NC_021897	TTTCTT	2	12	284741	284752	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326692
82	NC_021897	CTCCTA	2	12	288903	288914	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326695
83	NC_021897	GCAATG	2	12	295022	295033	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326701
84	NC_021897	CGACAT	2	12	295695	295706	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527326703
85	NC_021897	CCCTTA	2	12	297149	297160	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326705
86	NC_021897	AAAATA	2	12	299247	299258	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527326707
87	NC_021897	ACCACT	2	12	301602	301613	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527326709
88	NC_021897	CATTGC	2	12	304848	304859	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326712
89	NC_021897	CCAAAA	2	12	306027	306038	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527326713
90	NC_021897	TCTTTT	2	12	307912	307923	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326715
91	NC_021897	CAAGAC	2	12	309003	309014	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326716
92	NC_021897	AGCTTA	2	12	310283	310294	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326718
93	NC_021897	CAAAGA	2	12	315668	315679	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527326723
94	NC_021897	ATGGCT	2	12	316284	316295	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527326724
95	NC_021897	TACAAA	2	12	320474	320485	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527326727
96	NC_021897	TTAATT	2	12	322153	322164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527326729
97	NC_021897	AAAACA	2	12	325639	325650	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527326731
98	NC_021897	CAGAAC	2	12	347606	347617	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527326750
99	NC_021897	ATTCAA	2	12	352583	352594	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527326755
100	NC_021897	TTCTTA	2	12	364560	364571	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527326763
101	NC_021897	CAGCCT	2	12	376617	376628	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527326777
102	NC_021897	AGCTGA	2	12	376667	376678	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326777
103	NC_021897	ATGCTA	2	12	380534	380545	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326779
104	NC_021897	CAATAG	2	12	387140	387151	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326782
105	NC_021897	ACTGAA	2	12	387281	387292	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326782
106	NC_021897	CTGCAC	2	12	387474	387485	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527326782
107	NC_021897	TCCATA	2	12	397833	397844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527326791
108	NC_021897	TTAGGT	2	12	399184	399195	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326794
109	NC_021897	AGGGAA	2	12	400510	400521	50 %	0 %	50 %	0 %	527326795
110	NC_021897	CTGAAG	2	12	401345	401356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326796
111	NC_021897	TAATCT	2	12	406765	406776	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527326799
112	NC_021897	GAACAA	2	12	407267	407278	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527326800
113	NC_021897	CTAAAG	2	12	407650	407661	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326801
114	NC_021897	CCTTTC	2	12	408814	408825	0 %	50 %	0 %	50 %	527326802
115	NC_021897	ACATGC	2	12	418355	418366	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527326813
116	NC_021897	GGCTCT	2	12	419090	419101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527326814
117	NC_021897	ATCTTG	2	12	420684	420695	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326815
118	NC_021897	CCCCCA	2	12	422018	422029	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527326816
119	NC_021897	TTCCTC	2	12	426083	426094	0 %	50 %	0 %	50 %	527326820
120	NC_021897	CTCTAC	2	12	429337	429348	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527326822
121	NC_021897	CGGAAT	2	12	430244	430255	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527326824
122	NC_021897	TGATAA	2	12	432149	432160	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527326825
123	NC_021897	AGCTAA	2	12	434522	434533	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326828
124	NC_021897	TTCTCC	2	12	446558	446569	0 %	50 %	0 %	50 %	527326838
125	NC_021897	ATGAAG	2	12	455609	455620	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527326846
126	NC_021897	TAACTC	2	12	456126	456137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527326846
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128	NC_021897	CTAAAG	2	12	459469	459480	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326847
129	NC_021897	CCAATA	2	12	464454	464465	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527326852
130	NC_021897	ATCGGC	2	12	470301	470312	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527326860
131	NC_021897	TATTGG	2	12	470894	470905	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527326860
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133	NC_021897	TCTTCA	2	12	483666	483677	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326865
134	NC_021897	CTACAA	2	12	487441	487452	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527326865
135	NC_021897	CCAATC	2	12	491909	491920	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527326869
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139	NC_021897	AAACTG	2	12	502691	502702	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527326882
140	NC_021897	GGTAAT	2	12	511029	511040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527326891
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142	NC_021897	GGTTGT	2	12	514165	514176	0 %	50 %	50 %	0 %	527326895
143	NC_021897	GCTGTT	2	12	516523	516534	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527326897
144	NC_021897	CTCTAT	2	12	520016	520027	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527326901
145	NC_021897	TGAACT	2	12	520523	520534	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527326901
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156	NC_021897	CTTCCT	2	12	545531	545542	0 %	50 %	0 %	50 %	527326924
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219	NC_021897	TAGCCT	2	12	810664	810675	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527327174
220	NC_021897	CACCTA	2	12	825226	825237	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527327185
221	NC_021897	AAGAGG	2	12	831106	831117	50 %	0 %	50 %	0 %	527327189
222	NC_021897	GAAAGG	2	12	835983	835994	50 %	0 %	50 %	0 %	527327195
223	NC_021897	AGCTTC	2	12	837437	837448	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527327196
224	NC_021897	ATCACA	2	12	841541	841552	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527327202
225	NC_021897	GATCCG	2	12	846150	846161	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527327206
226	NC_021897	TTATGC	2	12	853088	853099	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527327212
227	NC_021897	ATGGGG	2	12	856122	856133	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527327215
228	NC_021897	AAAGAA	2	12	856601	856612	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527327215
229	NC_021897	GGCTAG	2	12	856984	856995	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527327215
230	NC_021897	GAGAAA	2	12	857031	857042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527327215
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232	NC_021897	CTTTTT	2	12	864931	864942	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527327218
233	NC_021897	GACCTG	2	12	869891	869902	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527327221
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.