MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/943

Total Repeats: 42

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021896	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021896	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021896	GAAAAG	2	12	56366	56377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021896	AGTTGT	2	12	57562	57573	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021896	CTTGTT	2	12	58619	58630	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021896	AAAAAT	2	12	60925	60936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021896	ATCTAG	2	12	76636	76647	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021896	TTTTAG	2	12	115917	115928	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021896	TAAAAA	2	12	120589	120600	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021896	AGAAAA	2	12	182796	182807	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021896	ATTTGC	2	12	188708	188719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021896	TATGAA	3	18	191730	191747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021896	TTTTAC	2	12	217052	217063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021896	TTTTTA	2	12	251584	251595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021896	AGGAGA	2	12	266684	266695	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021896	ATATTA	2	12	275580	275591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021896	AAAAAG	2	12	319751	319762	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021896	AGAATA	2	12	357232	357243	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021896	TTTTAA	2	12	405397	405408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021896	ACATCA	2	12	422701	422712	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021896	TAACTA	2	12	498929	498940	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021896	AAGAAA	2	12	498942	498953	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021896	AGAATA	2	12	504917	504928	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021896	AACTAA	2	12	510650	510661	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021896	TCCCTC	2	12	544685	544696	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_021896	AAAAAT	2	12	562655	562666	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021896	TAGGGG	2	12	601823	601834	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021896	TCTTTT	2	12	613818	613829	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021896	TATTTT	2	12	750936	750947	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021896	GAGAAA	2	12	798401	798412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021896	TTTTCT	2	12	800859	800870	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021896	ATTTTT	2	12	804638	804649	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021896	TTTTTA	2	12	831076	831087	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021896	TAAGGA	2	12	852072	852083	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021896	CCGGAG	2	12	852990	853001	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021896	CCTCTA	2	12	866135	866146	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_021896	TAAGGA	2	12	874116	874127	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021896	CCGGAG	2	12	875034	875045	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021896	GACGGC	2	12	917453	917464	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021896	AAACAA	2	12	919141	919152	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021896	AATTTT	2	12	1038145	1038156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021896	TAAAAT	2	12	1038157	1038168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.