MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/943

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021896	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325524
2	NC_021896	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325530
3	NC_021896	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325530
4	NC_021896	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325531
5	NC_021896	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527325534
6	NC_021896	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527325537
7	NC_021896	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325539
8	NC_021896	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527325540
9	NC_021896	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325552
10	NC_021896	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527325553
11	NC_021896	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527325553
12	NC_021896	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527325560
13	NC_021896	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527325568
14	NC_021896	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325568
15	NC_021896	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527325570
16	NC_021896	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325572
17	NC_021896	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325573
18	NC_021896	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527325576
19	NC_021896	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527325583
20	NC_021896	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527325584
21	NC_021896	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527325585
22	NC_021896	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325585
23	NC_021896	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325586
24	NC_021896	GGTTTA	2	12	80110	80121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325590
25	NC_021896	GTCTGT	2	12	83154	83165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527325593
26	NC_021896	TTCTGA	2	12	88768	88779	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527325597
27	NC_021896	AAAAGA	2	12	93832	93843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527325603
28	NC_021896	AGCTGT	2	12	95925	95936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527325604
29	NC_021896	TCTTTT	2	12	96590	96601	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325606
30	NC_021896	GGGGCT	2	12	97538	97549	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527325606
31	NC_021896	TTTGAG	2	12	99737	99748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325608
32	NC_021896	TCAGAA	2	12	106378	106389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325613
33	NC_021896	CATAAC	2	12	109422	109433	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527325616
34	NC_021896	TGTTCT	2	12	112189	112200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527325618
35	NC_021896	ACTTCG	2	12	115482	115493	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527325620
36	NC_021896	TTGCCA	2	12	119023	119034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527325625
37	NC_021896	TTGGTA	2	12	120637	120648	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325627
38	NC_021896	AGGATC	2	12	121016	121027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527325627
39	NC_021896	AAGGGT	2	12	122823	122834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527325628
40	NC_021896	GGGTTT	2	12	123786	123797	0 %	50 %	50 %	0 %	527325629
41	NC_021896	TTGCAT	2	12	124068	124079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527325629
42	NC_021896	AAGAGA	2	12	124437	124448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325629
43	NC_021896	TTAAAA	2	12	133372	133383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325636
44	NC_021896	AGGTTG	2	12	134614	134625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527325637
45	NC_021896	GAGTTA	2	12	139663	139674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325646
46	NC_021896	TGGAAA	2	12	142216	142227	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527325650
47	NC_021896	TGGAAT	2	12	143091	143102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325651
48	NC_021896	ATGGTT	2	12	143335	143346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325651
49	NC_021896	TGCTCT	2	12	145527	145538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527325654
50	NC_021896	GAAAGG	2	12	149265	149276	50 %	0 %	50 %	0 %	527325656
51	NC_021896	GCTTTG	2	12	149508	149519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527325656
52	NC_021896	TGTGCG	2	12	153631	153642	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527325660
53	NC_021896	CCTCAT	2	12	154929	154940	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527325661
54	NC_021896	TGGAGA	2	12	156387	156398	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527325663
55	NC_021896	CTCCAT	2	12	157756	157767	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527325664
56	NC_021896	TCCTTG	2	12	158352	158363	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527325665
57	NC_021896	AACAGC	2	12	160989	161000	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527325668
58	NC_021896	TAAAAA	2	12	173418	173429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527325674
59	NC_021896	AAAAAG	2	12	173585	173596	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527325675
60	NC_021896	AAACAT	2	12	189801	189812	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527325689
61	NC_021896	AGCAAC	2	12	190136	190147	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527325689
62	NC_021896	TCTGGA	2	12	195408	195419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527325696
63	NC_021896	CTGGAT	2	12	210999	211010	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527325709
64	NC_021896	GAAATA	2	12	211322	211333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527325709
65	NC_021896	GATGCA	2	12	218215	218226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527325716
66	NC_021896	ACTCCA	2	12	219105	219116	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527325717
67	NC_021896	CTGCTT	2	12	219337	219348	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527325717
68	NC_021896	ATTGCT	2	12	222646	222657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527325720
69	NC_021896	TCCTAG	2	12	222936	222947	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527325720
70	NC_021896	GCAACG	2	12	223424	223435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325721
71	NC_021896	CTTAGC	2	12	226056	226067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527325723
72	NC_021896	TTCCTT	2	12	232888	232899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325728
73	NC_021896	TCTCCT	2	12	235769	235780	0 %	50 %	0 %	50 %	527325729
74	NC_021896	CCTGCA	2	12	251744	251755	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527325749
75	NC_021896	ACCTTT	2	12	256939	256950	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527325754
76	NC_021896	TCATAA	2	12	264785	264796	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527325761
77	NC_021896	AAGTGT	2	12	265511	265522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325761
78	NC_021896	ATCTAA	2	12	268787	268798	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527325764
79	NC_021896	TGGAAT	2	12	270985	270996	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325766
80	NC_021896	GGAACA	2	12	274872	274883	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527325768
81	NC_021896	CACGCG	2	12	277245	277256	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527325770
82	NC_021896	TTTCTT	2	12	277424	277435	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325770
83	NC_021896	CTCCTA	2	12	281586	281597	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527325773
84	NC_021896	GCAATG	2	12	287705	287716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527325779
85	NC_021896	CGACAT	2	12	288378	288389	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527325781
86	NC_021896	CCCTTA	2	12	289832	289843	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527325783
87	NC_021896	AAAATA	2	12	291930	291941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527325785
88	NC_021896	ACCACT	2	12	294285	294296	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527325787
89	NC_021896	CATTGC	2	12	297531	297542	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527325790
90	NC_021896	CCAAAA	2	12	298710	298721	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527325791
91	NC_021896	TCTTTT	2	12	300595	300606	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325793
92	NC_021896	CAAGAC	2	12	301686	301697	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527325794
93	NC_021896	AGCTTA	2	12	302966	302977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325796
94	NC_021896	CAAAGA	2	12	308351	308362	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527325801
95	NC_021896	ATGGCT	2	12	308967	308978	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527325802
96	NC_021896	TACAAA	2	12	313157	313168	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527325805
97	NC_021896	TTAATT	2	12	314836	314847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527325807
98	NC_021896	AAAACA	2	12	318322	318333	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527325809
99	NC_021896	ATTCAA	2	12	345275	345286	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527325834
100	NC_021896	AGACCG	2	12	345349	345360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325834
101	NC_021896	TTCTTA	2	12	357252	357263	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527325842
102	NC_021896	CAGCCT	2	12	369336	369347	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527325856
103	NC_021896	ATGCTA	2	12	373253	373264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325858
104	NC_021896	CAATAG	2	12	379859	379870	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325861
105	NC_021896	ACTGAA	2	12	380000	380011	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325861
106	NC_021896	CTGCAC	2	12	380193	380204	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527325861
107	NC_021896	TCCATA	2	12	390552	390563	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325870
108	NC_021896	TTAGGT	2	12	391903	391914	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325873
109	NC_021896	AGGGAA	2	12	393229	393240	50 %	0 %	50 %	0 %	527325874
110	NC_021896	CTGAAG	2	12	394064	394075	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527325875
111	NC_021896	TAATCT	2	12	399484	399495	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527325878
112	NC_021896	GAACAA	2	12	399986	399997	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527325879
113	NC_021896	CTAAAG	2	12	400369	400380	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325880
114	NC_021896	CCTTTC	2	12	401533	401544	0 %	50 %	0 %	50 %	527325881
115	NC_021896	ACATGC	2	12	411074	411085	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527325892
116	NC_021896	GGCTCT	2	12	411809	411820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325893
117	NC_021896	ATCTTG	2	12	413403	413414	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527325894
118	NC_021896	CCCCCA	2	12	414737	414748	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527325895
119	NC_021896	TTCCTC	2	12	418802	418813	0 %	50 %	0 %	50 %	527325899
120	NC_021896	CTCTAC	2	12	422056	422067	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527325901
121	NC_021896	CGGAAT	2	12	422963	422974	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527325903
122	NC_021896	TGATAA	2	12	424868	424879	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527325904
123	NC_021896	AGCTAA	2	12	427241	427252	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325907
124	NC_021896	TTCTCC	2	12	439277	439288	0 %	50 %	0 %	50 %	527325917
125	NC_021896	ATGAAG	2	12	448328	448339	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527325925
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127	NC_021896	ATCCGC	2	12	449770	449781	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527325925
128	NC_021896	CTAAAG	2	12	452188	452199	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325926
129	NC_021896	CCAATA	2	12	457173	457184	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527325930
130	NC_021896	ATCGGC	2	12	463020	463031	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527325938
131	NC_021896	TATTGG	2	12	463613	463624	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527325938
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133	NC_021896	TCTTCA	2	12	476393	476404	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527325943
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135	NC_021896	CCAATC	2	12	484624	484635	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527325947
136	NC_021896	TTCTTT	2	12	488446	488457	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325954
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138	NC_021896	TGAGTA	2	12	491959	491970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325956
139	NC_021896	AAACTG	2	12	495406	495417	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325960
140	NC_021896	GGTAAT	2	12	503744	503755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325969
141	NC_021896	AGTTTT	2	12	504752	504763	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527325971
142	NC_021896	GGTTGT	2	12	506880	506891	0 %	50 %	50 %	0 %	527325973
143	NC_021896	GCTGTT	2	12	509239	509250	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527325975
144	NC_021896	CTCTAT	2	12	512733	512744	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527325979
145	NC_021896	TGAACT	2	12	513240	513251	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325979
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152	NC_021896	ACTGTA	2	12	527477	527488	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325991
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158	NC_021896	CTTCCT	2	12	538258	538269	0 %	50 %	0 %	50 %	527326002
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219	NC_021896	AAGCTC	2	12	792076	792087	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527326244
220	NC_021896	TTTCTT	2	12	794941	794952	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527326246
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222	NC_021896	GAAATT	2	12	799744	799755	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527326251
223	NC_021896	GCTGAG	2	12	800426	800437	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527326251
224	NC_021896	TAGCCT	2	12	803373	803384	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326252
225	NC_021896	CACCTA	2	12	817934	817945	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527326263
226	NC_021896	AGCTAC	2	12	821902	821913	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527326265
227	NC_021896	AAGAGG	2	12	823773	823784	50 %	0 %	50 %	0 %	527326267
228	NC_021896	GAAAGG	2	12	828650	828661	50 %	0 %	50 %	0 %	527326273
229	NC_021896	AGCTTC	2	12	830104	830115	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527326274
230	NC_021896	ATCACA	2	12	834208	834219	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527326280
231	NC_021896	GATCCG	2	12	838817	838828	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527326284
232	NC_021896	TTATGC	2	12	845755	845766	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527326290
233	NC_021896	ATGGGG	2	12	848789	848800	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527326293
234	NC_021896	AAAGAA	2	12	849268	849279	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527326293
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.