MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/943

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021896	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021896	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021896	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021896	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021896	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021896	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021896	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021896	TATT	2	8	9311	9318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021896	AGAA	2	8	11205	11212	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021896	AAGG	2	8	13441	13448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021896	CAAA	2	8	16075	16082	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021896	TGCG	2	8	18529	18536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021896	GCCA	2	8	21023	21030	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_021896	CGCT	2	8	21271	21278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021896	TTAA	2	8	21292	21299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021896	GTTA	2	8	21329	21336	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021896	GATC	2	8	21384	21391	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021896	ATTG	2	8	27940	27947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021896	TGTT	2	8	43747	43754	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021896	AATA	2	8	43985	43992	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021896	AAGT	2	8	47906	47913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021896	TATT	2	8	52172	52179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021896	GTTT	2	8	54032	54039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021896	TGTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021896	TAAT	2	8	54084	54091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021896	AGCT	2	8	56482	56489	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_021896	GGTT	2	8	57176	57183	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021896	TAGA	2	8	58817	58824	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021896	TGAA	2	8	58922	58929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021896	ACAA	2	8	67392	67399	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021896	AAGG	2	8	67490	67497	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021896	GATA	2	8	71959	71966	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021896	TCTA	2	8	76618	76625	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021896	GTTT	2	8	79392	79399	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021896	GGTT	2	8	79747	79754	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021896	GTTT	2	8	88054	88061	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021896	TTTA	2	8	88077	88084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021896	GTTT	2	8	88089	88096	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021896	GTTT	2	8	88140	88147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021896	AACA	2	8	88153	88160	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021896	GAAT	2	8	90407	90414	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021896	AAGT	2	8	90439	90446	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021896	AAAT	2	8	93685	93692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021896	CATT	2	8	94332	94339	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021896	TATT	2	8	97715	97722	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021896	GATA	2	8	99604	99611	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021896	AAGA	2	8	106697	106704	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021896	CTGG	2	8	120411	120418	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021896	TTCC	2	8	122608	122615	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021896	GTTT	2	8	134985	134992	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021896	ATCT	2	8	151705	151712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_021896	GCTG	2	8	151744	151751	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021896	TGTT	2	8	157319	157326	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021896	AAAG	2	8	158161	158168	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021896	TTTA	2	8	158170	158177	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021896	TAAT	2	8	158287	158294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021896	TAAT	2	8	159123	159130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021896	GCTT	2	8	161768	161775	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021896	CTTC	2	8	165839	165846	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021896	TTAG	2	8	170247	170254	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021896	AAAC	2	8	171994	172001	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021896	GTAT	2	8	173176	173183	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021896	GGAA	2	8	178362	178369	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021896	GCTG	2	8	178529	178536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021896	TTTC	2	8	178816	178823	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_021896	TTGA	2	8	179548	179555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021896	TTCC	2	8	181195	181202	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_021896	TCTA	2	8	181263	181270	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_021896	AATT	2	8	181397	181404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021896	AAGA	2	8	182754	182761	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021896	TCGC	2	8	183616	183623	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_021896	AAAC	2	8	188058	188065	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_021896	GGAC	2	8	188417	188424	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021896	ACGA	2	8	198503	198510	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021896	GAAA	2	8	198789	198796	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021896	TAAA	2	8	199589	199596	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021896	CCTT	2	8	211923	211930	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_021896	CTAT	2	8	215649	215656	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_021896	GCAA	2	8	215893	215900	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021896	AATT	2	8	217230	217237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021896	CTTG	2	8	217579	217586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_021896	AAAC	2	8	221309	221316	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021896	TCCT	2	8	223933	223940	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021896	AAAT	2	8	239548	239555	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021896	AAGA	2	8	239567	239574	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021896	TTTC	2	8	242168	242175	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021896	TAAA	2	8	243002	243009	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021896	AATA	2	8	246661	246668	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021896	GCAG	2	8	248323	248330	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_021896	CCAA	2	8	250254	250261	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_021896	AAAC	2	8	250862	250869	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021896	TAAA	2	8	260270	260277	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021896	CAAA	2	8	263205	263212	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_021896	ATTT	2	8	269715	269722	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021896	GTTT	2	8	275557	275564	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021896	AAAG	2	8	275592	275599	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021896	TGCC	2	8	276080	276087	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021896	GGGA	2	8	279928	279935	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021896	TAAA	2	8	281070	281077	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021896	GATA	2	8	282731	282738	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021896	AATC	2	8	287856	287863	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_021896	ACAA	2	8	293623	293630	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_021896	GCTT	2	8	294953	294960	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_021896	CCCT	2	8	295520	295527	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_021896	ACTA	2	8	297769	297776	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_021896	TAAA	2	8	297992	297999	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021896	TCCA	2	8	301151	301158	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021896	TCCC	2	8	301353	301360	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
109	NC_021896	ATTG	2	8	302537	302544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021896	AATA	2	8	313926	313933	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021896	TAAA	2	8	313947	313954	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021896	CAGA	2	8	313955	313962	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021896	AATA	2	8	314022	314029	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021896	AATT	2	8	317938	317945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021896	GCTA	2	8	324326	324333	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_021896	TTAA	2	8	329669	329676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021896	CAGT	2	8	330014	330021	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_021896	CGAT	2	8	344412	344419	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_021896	TTTA	2	8	359709	359716	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021896	CAAA	2	8	360003	360010	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021896	TAGT	2	8	360313	360320	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021896	GCTT	2	8	364372	364379	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_021896	TAAA	2	8	364652	364659	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021896	AAAT	2	8	365571	365578	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021896	ATCT	2	8	365626	365633	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_021896	TAAA	2	8	377405	377412	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021896	TTTA	2	8	387373	387380	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021896	GATT	2	8	388132	388139	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021896	AATT	2	8	388181	388188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021896	ATAA	2	8	388241	388248	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021896	GCAA	2	8	391620	391627	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_021896	TCAT	2	8	400917	400924	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021896	CAAA	2	8	403053	403060	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_021896	ATTT	2	8	412470	412477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021896	AGAA	2	8	412480	412487	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021896	ATTA	2	8	414269	414276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021896	ACTG	2	8	420768	420775	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_021896	CTTT	2	8	420787	420794	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_021896	GTAA	2	8	422664	422671	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021896	GAAA	2	8	422713	422720	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021896	TTCT	2	8	424332	424339	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021896	AACT	2	8	426564	426571	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_021896	CAAA	2	8	426911	426918	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_021896	ACTC	2	8	431602	431609	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_021896	AAAC	2	8	436634	436641	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_021896	AAAT	2	8	436776	436783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021896	TAAC	2	8	439342	439349	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_021896	AATT	2	8	444206	444213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021896	AAAC	2	8	444219	444226	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_021896	CTTC	2	8	444361	444368	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_021896	TCTT	2	8	450026	450033	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_021896	TAAT	2	8	450039	450046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021896	GCAA	2	8	453693	453700	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.