MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/943

Total Repeats: 14074

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021896	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_021896	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021896	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021896	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021896	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021896	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021896	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021896	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021896	CAA	2	6	442	447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021896	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021896	CTC	2	6	614	619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_021896	GAT	2	6	676	681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021896	GAT	2	6	730	735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021896	ATG	2	6	793	798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021896	CTT	2	6	1013	1018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_021896	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_021896	AAG	2	6	1220	1225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021896	TGG	2	6	1236	1241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021896	CTT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021896	ATG	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325521
21	NC_021896	GTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527325521
22	NC_021896	TCC	2	6	1351	1356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	527325521
23	NC_021896	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325521
24	NC_021896	AGC	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325521
25	NC_021896	AAG	2	6	1403	1408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325521
26	NC_021896	TAC	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325521
27	NC_021896	GCT	2	6	1451	1456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325521
28	NC_021896	AAC	2	6	1549	1554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527325521
29	NC_021896	AGA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325521
30	NC_021896	TAA	2	6	1651	1656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021896	AGA	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325522
32	NC_021896	ATC	2	6	1824	1829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325522
33	NC_021896	TGC	2	6	1844	1849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325522
34	NC_021896	CAT	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325522
35	NC_021896	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325522
36	NC_021896	AAG	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325522
37	NC_021896	GGA	2	6	2061	2066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325522
38	NC_021896	ATC	2	6	2190	2195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325523
39	NC_021896	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325523
40	NC_021896	AAC	2	6	2365	2370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527325523
41	NC_021896	GGT	2	6	2419	2424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527325523
42	NC_021896	AAT	2	6	2525	2530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325523
43	NC_021896	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325523
44	NC_021896	GCA	2	6	2579	2584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325523
45	NC_021896	GGA	2	6	2627	2632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325523
46	NC_021896	CAG	2	6	2646	2651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325523
47	NC_021896	GTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325523
48	NC_021896	GGT	2	6	2755	2760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527325523
49	NC_021896	AAG	2	6	2913	2918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325523
50	NC_021896	ATT	2	6	2975	2980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527325523
51	NC_021896	TTG	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325523
52	NC_021896	AAG	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325523
53	NC_021896	AAG	2	6	3153	3158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325523
54	NC_021896	CAG	2	6	3195	3200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325523
55	NC_021896	GCT	2	6	3266	3271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325523
56	NC_021896	AAG	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325523
57	NC_021896	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325523
58	NC_021896	GGA	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325523
59	NC_021896	AAT	2	6	3579	3584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325523
60	NC_021896	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527325524
61	NC_021896	TGA	2	6	3689	3694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325524
62	NC_021896	GTA	2	6	3921	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325524
63	NC_021896	AGA	2	6	3968	3973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325524
64	NC_021896	GAA	2	6	4152	4157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325524
65	NC_021896	CGT	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325524
66	NC_021896	GTT	2	6	4335	4340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325524
67	NC_021896	TGA	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325524
68	NC_021896	TTG	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325524
69	NC_021896	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325524
70	NC_021896	TCT	2	6	4800	4805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325524
71	NC_021896	AGA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325524
72	NC_021896	GTT	2	6	4847	4852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325524
73	NC_021896	GGT	2	6	4895	4900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527325524
74	NC_021896	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	527325524
75	NC_021896	AGC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325524
76	NC_021896	GCA	2	6	5055	5060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021896	AGA	2	6	5082	5087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021896	ATT	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527325525
79	NC_021896	TCT	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325525
80	NC_021896	GCT	2	6	5213	5218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325525
81	NC_021896	GAT	2	6	5248	5253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325525
82	NC_021896	ACG	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325525
83	NC_021896	GAA	2	6	5310	5315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325525
84	NC_021896	AGA	3	9	5387	5395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325525
85	NC_021896	GCT	2	6	5396	5401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325525
86	NC_021896	AGA	2	6	5405	5410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325525
87	NC_021896	TGG	2	6	5441	5446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527325525
88	NC_021896	AGA	3	9	5459	5467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325525
89	NC_021896	GGA	2	6	5468	5473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325525
90	NC_021896	TCA	2	6	5653	5658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325525
91	NC_021896	GGA	2	6	5690	5695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325525
92	NC_021896	CTT	2	6	5750	5755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325525
93	NC_021896	CTG	2	6	5756	5761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325525
94	NC_021896	CAG	2	6	5911	5916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325525
95	NC_021896	CTT	2	6	6362	6367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021896	AGG	2	6	6440	6445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325526
97	NC_021896	GAA	2	6	6484	6489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325526
98	NC_021896	GCA	2	6	6748	6753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325526
99	NC_021896	AAG	2	6	6789	6794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325526
100	NC_021896	TGC	2	6	6822	6827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325526
101	NC_021896	GAA	2	6	7077	7082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021896	TTA	2	6	7154	7159	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021896	GAA	2	6	7203	7208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021896	ATG	2	6	7239	7244	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021896	TCG	2	6	7316	7321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325527
106	NC_021896	TCC	2	6	7359	7364	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	527325527
107	NC_021896	GTT	2	6	7467	7472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325527
108	NC_021896	TTA	2	6	7837	7842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527325527
109	NC_021896	TTC	2	6	8160	8165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325527
110	NC_021896	GAA	2	6	8304	8309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325528
111	NC_021896	ACC	2	6	8432	8437	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	527325528
112	NC_021896	CTT	2	6	8485	8490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325528
113	NC_021896	GAG	2	6	8565	8570	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325528
114	NC_021896	ATA	2	6	8582	8587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325528
115	NC_021896	AGG	2	6	8606	8611	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325528
116	NC_021896	GAA	2	6	8786	8791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325528
117	NC_021896	CAG	2	6	8802	8807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325528
118	NC_021896	TGT	2	6	8873	8878	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325528
119	NC_021896	GAG	2	6	8888	8893	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325528
120	NC_021896	TAC	2	6	8956	8961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325528
121	NC_021896	GTT	2	6	9060	9065	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527325528
122	NC_021896	AAG	2	6	9084	9089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325528
123	NC_021896	GAG	2	6	9110	9115	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	527325528
124	NC_021896	TTC	3	9	9177	9185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021896	ATC	2	6	9193	9198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_021896	GAA	2	6	9231	9236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021896	CCT	2	6	9332	9337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_021896	TTA	2	6	9400	9405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527325529
129	NC_021896	AGA	2	6	9435	9440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325529
130	NC_021896	TGC	2	6	9665	9670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325529
131	NC_021896	GAA	2	6	9692	9697	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325529
132	NC_021896	TCG	2	6	9752	9757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325529
133	NC_021896	TGG	2	6	9775	9780	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	527325529
134	NC_021896	GTA	2	6	9826	9831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325530
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272	NC_021896	AGA	3	9	20654	20662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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386	NC_021896	ATG	2	6	31194	31199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325545
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478	NC_021896	AGA	2	6	39534	39539	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325554
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481	NC_021896	ATA	2	6	39738	39743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325554
482	NC_021896	TAA	2	6	39752	39757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325554
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487	NC_021896	AAG	2	6	40220	40225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
488	NC_021896	GCT	2	6	40435	40440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325555
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493	NC_021896	GCT	2	6	40723	40728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325555
494	NC_021896	TAA	2	6	40896	40901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527325555
495	NC_021896	TCT	2	6	40902	40907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325555
496	NC_021896	AAG	2	6	41006	41011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325555
497	NC_021896	GCA	2	6	41041	41046	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527325555
498	NC_021896	TTC	2	6	41049	41054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527325555
499	NC_021896	GTC	2	6	41104	41109	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527325555
500	NC_021896	TAG	2	6	41191	41196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325556

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