MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F/69

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021895	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324599
2	NC_021895	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324605
3	NC_021895	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324605
4	NC_021895	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527324606
5	NC_021895	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324609
6	NC_021895	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527324612
7	NC_021895	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527324615
8	NC_021895	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527324616
9	NC_021895	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324628
10	NC_021895	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324629
11	NC_021895	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527324629
12	NC_021895	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527324636
13	NC_021895	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527324644
14	NC_021895	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324644
15	NC_021895	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527324646
16	NC_021895	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324648
17	NC_021895	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527324649
18	NC_021895	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527324652
19	NC_021895	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527324659
20	NC_021895	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527324660
21	NC_021895	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527324661
22	NC_021895	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527324661
23	NC_021895	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527324662
24	NC_021895	GGTTTA	2	12	80110	80121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324666
25	NC_021895	GTCTGT	2	12	83154	83165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527324669
26	NC_021895	TTCTGA	2	12	88768	88779	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527324673
27	NC_021895	AAAAGA	2	12	93832	93843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527324679
28	NC_021895	AGCTGT	2	12	95925	95936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527324680
29	NC_021895	TCTTTT	2	12	96590	96601	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527324682
30	NC_021895	GGGGCT	2	12	97538	97549	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527324682
31	NC_021895	TTTGAG	2	12	99737	99748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324684
32	NC_021895	TCAGAA	2	12	106378	106389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324689
33	NC_021895	CATAAC	2	12	109422	109433	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527324692
34	NC_021895	TGTTCT	2	12	112189	112200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527324694
35	NC_021895	ACTTCG	2	12	115482	115493	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527324696
36	NC_021895	TTGCCA	2	12	119023	119034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527324701
37	NC_021895	TTGGTA	2	12	120637	120648	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324703
38	NC_021895	AGGATC	2	12	121016	121027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527324703
39	NC_021895	AAGGGT	2	12	122823	122834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527324704
40	NC_021895	GGGTTT	2	12	123786	123797	0 %	50 %	50 %	0 %	527324705
41	NC_021895	TTGCAT	2	12	124068	124079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527324705
42	NC_021895	AAGAGA	2	12	124437	124448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527324705
43	NC_021895	TTAAAA	2	12	133372	133383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324713
44	NC_021895	AGGTTG	2	12	134614	134625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527324714
45	NC_021895	GAGTTA	2	12	139663	139674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527324723
46	NC_021895	TGGAAA	2	12	142216	142227	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527324727
47	NC_021895	TGGAAT	2	12	143091	143102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527324728
48	NC_021895	ATGGTT	2	12	143335	143346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324728
49	NC_021895	TGCTCT	2	12	145527	145538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527324731
50	NC_021895	GAAAGG	2	12	149265	149276	50 %	0 %	50 %	0 %	527324733
51	NC_021895	GCTTTG	2	12	149508	149519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527324733
52	NC_021895	TGTGCG	2	12	153631	153642	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527324737
53	NC_021895	CCTCAT	2	12	154929	154940	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527324738
54	NC_021895	TGGAGA	2	12	156387	156398	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527324740
55	NC_021895	CTCCAT	2	12	157756	157767	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527324741
56	NC_021895	TCCTTG	2	12	158352	158363	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527324742
57	NC_021895	AACAGC	2	12	160989	161000	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527324745
58	NC_021895	AAAAAG	2	12	173588	173599	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527324752
59	NC_021895	ACTTCT	2	12	187785	187796	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527324761
60	NC_021895	ATTTGC	2	12	195146	195157	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527324762
61	NC_021895	AAACAT	2	12	196240	196251	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527324765
62	NC_021895	AGCAAC	2	12	196575	196586	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527324765
63	NC_021895	TCTGGA	2	12	202845	202856	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527324772
64	NC_021895	CTGGAT	2	12	218438	218449	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527324785
65	NC_021895	GAAATA	2	12	218761	218772	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527324785
66	NC_021895	GATGCA	2	12	225654	225665	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527324792
67	NC_021895	ACTCCA	2	12	226544	226555	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527324793
68	NC_021895	CTGCTT	2	12	226776	226787	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527324793
69	NC_021895	ATTGCT	2	12	230085	230096	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527324796
70	NC_021895	TCCTAG	2	12	230375	230386	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527324796
71	NC_021895	GCAACG	2	12	230863	230874	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527324797
72	NC_021895	CTTAGC	2	12	233495	233506	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527324799
73	NC_021895	TTCCTT	2	12	240327	240338	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527324804
74	NC_021895	TCTCCT	2	12	243208	243219	0 %	50 %	0 %	50 %	527324805
75	NC_021895	CCTGCA	2	12	259183	259194	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527324825
76	NC_021895	ACCTTT	2	12	264378	264389	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527324830
77	NC_021895	TCATAA	2	12	272224	272235	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324837
78	NC_021895	AAGTGT	2	12	272950	272961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527324837
79	NC_021895	ATCTAA	2	12	276226	276237	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324840
80	NC_021895	TGGAAT	2	12	278424	278435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527324842
81	NC_021895	GGAACA	2	12	282311	282322	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527324844
82	NC_021895	CACGCG	2	12	284684	284695	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527324846
83	NC_021895	TTTCTT	2	12	284863	284874	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527324846
84	NC_021895	CTCCTA	2	12	289025	289036	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527324849
85	NC_021895	GCAATG	2	12	295144	295155	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527324855
86	NC_021895	CGACAT	2	12	295817	295828	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527324857
87	NC_021895	CCCTTA	2	12	297271	297282	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527324859
88	NC_021895	AAAATA	2	12	299369	299380	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324861
89	NC_021895	ACCACT	2	12	301724	301735	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527324863
90	NC_021895	CATTGC	2	12	304970	304981	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527324866
91	NC_021895	CCAAAA	2	12	306149	306160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527324867
92	NC_021895	TCTTTT	2	12	308034	308045	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527324869
93	NC_021895	CAAGAC	2	12	309125	309136	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527324870
94	NC_021895	AGCTTA	2	12	310406	310417	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527324872
95	NC_021895	CAAAGA	2	12	315791	315802	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527324877
96	NC_021895	ATGGCT	2	12	316407	316418	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527324878
97	NC_021895	TACAAA	2	12	320598	320609	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527324881
98	NC_021895	TTAATT	2	12	322277	322288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324883
99	NC_021895	AAAACA	2	12	325766	325777	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527324886
100	NC_021895	CAGAAC	2	12	347750	347761	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527324904
101	NC_021895	ATTCAA	2	12	352727	352738	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324909
102	NC_021895	TTCTTA	2	12	364704	364715	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527324917
103	NC_021895	CAGCCT	2	12	376762	376773	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527324931
104	NC_021895	AGCTGA	2	12	376812	376823	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527324931
105	NC_021895	ATGCTA	2	12	380679	380690	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527324933
106	NC_021895	CAATAG	2	12	387285	387296	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324936
107	NC_021895	ACTGAA	2	12	387426	387437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324936
108	NC_021895	CTGCAC	2	12	387619	387630	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527324936
109	NC_021895	TCCATA	2	12	397979	397990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527324945
110	NC_021895	TTAGGT	2	12	399330	399341	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527324948
111	NC_021895	AGGGAA	2	12	400656	400667	50 %	0 %	50 %	0 %	527324949
112	NC_021895	CTGAAG	2	12	401491	401502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527324950
113	NC_021895	TAATCT	2	12	406911	406922	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527324953
114	NC_021895	GAACAA	2	12	407413	407424	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527324954
115	NC_021895	CTAAAG	2	12	407796	407807	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324955
116	NC_021895	CCTTTC	2	12	408960	408971	0 %	50 %	0 %	50 %	527324956
117	NC_021895	ACATGC	2	12	418501	418512	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527324967
118	NC_021895	GGCTCT	2	12	419236	419247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527324968
119	NC_021895	ATCTTG	2	12	420830	420841	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527324969
120	NC_021895	CCCCCA	2	12	422164	422175	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527324970
121	NC_021895	TTCCTC	2	12	426229	426240	0 %	50 %	0 %	50 %	527324974
122	NC_021895	CTCTAC	2	12	429483	429494	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527324976
123	NC_021895	CGGAAT	2	12	430390	430401	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527324978
124	NC_021895	TGATAA	2	12	432295	432306	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324979
125	NC_021895	AGCTAA	2	12	434668	434679	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527324982
126	NC_021895	TTCTCC	2	12	446704	446715	0 %	50 %	0 %	50 %	527324992
127	NC_021895	ATGAAG	2	12	455751	455762	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527325000
128	NC_021895	TAACTC	2	12	456268	456279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527325000
129	NC_021895	ATCCGC	2	12	457193	457204	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527325000
130	NC_021895	CTGTAT	2	12	458543	458554	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527325001
131	NC_021895	CTAAAG	2	12	459611	459622	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325001
132	NC_021895	CCAATA	2	12	464596	464607	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527325005
133	NC_021895	ATCGGC	2	12	470443	470454	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527325013
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136	NC_021895	TCTTCA	2	12	483819	483830	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527325018
137	NC_021895	CTACAA	2	12	487624	487635	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527325018
138	NC_021895	CCAATC	2	12	492092	492103	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527325022
139	NC_021895	TTCTTT	2	12	495913	495924	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325029
140	NC_021895	CTGAAG	2	12	498972	498983	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527325031
141	NC_021895	TGAGTA	2	12	499426	499437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325031
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144	NC_021895	AGTTTT	2	12	512218	512229	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527325046
145	NC_021895	GGTTGT	2	12	514347	514358	0 %	50 %	50 %	0 %	527325048
146	NC_021895	GCTGTT	2	12	516706	516717	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527325051
147	NC_021895	TCTCTA	2	12	520142	520153	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527325055
148	NC_021895	TGAACT	2	12	520650	520661	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325055
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154	NC_021895	ACTGTA	2	12	534904	534915	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527325068
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201	NC_021895	ATCAAT	2	12	696939	696950	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527325230
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215	NC_021895	CAATTA	2	12	781633	781644	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527325303
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217	NC_021895	ATTAGG	2	12	793167	793178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527325312
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219	NC_021895	CCCTGA	2	12	796163	796174	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527325315
220	NC_021895	AGAATT	2	12	799085	799096	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527325318
221	NC_021895	AAGCTC	2	12	799324	799335	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527325318
222	NC_021895	TTTCTT	2	12	802190	802201	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325320
223	NC_021895	AGAAAT	2	12	805380	805391	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527325323
224	NC_021895	GAAATT	2	12	806993	807004	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527325325
225	NC_021895	GCTGAG	2	12	807675	807686	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527325325
226	NC_021895	TAGCCT	2	12	810622	810633	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527325326
227	NC_021895	AAGAGG	2	12	831063	831074	50 %	0 %	50 %	0 %	527325341
228	NC_021895	GAAAGG	2	12	835940	835951	50 %	0 %	50 %	0 %	527325347
229	NC_021895	AGCTTC	2	12	837394	837405	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527325348
230	NC_021895	ATCACA	2	12	841498	841509	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527325354
231	NC_021895	GATCCG	2	12	846107	846118	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527325358
232	NC_021895	TTATGC	2	12	853045	853056	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527325364
233	NC_021895	ATGGGG	2	12	856079	856090	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527325367
234	NC_021895	AAAGAA	2	12	856558	856569	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527325367
235	NC_021895	GGCTAG	2	12	856941	856952	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527325367
236	NC_021895	GAGAAA	2	12	856988	856999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527325367
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239	NC_021895	GAAGAG	2	12	890315	890326	50 %	0 %	50 %	0 %	527325386
240	NC_021895	TTTTCT	2	12	892705	892716	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527325387
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267	NC_021895	CAGAAT	2	12	1000013	1000024	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325486
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271	NC_021895	GCAATA	2	12	1011197	1011208	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527325497
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.