MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F/69

Total Repeats: 373

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021895	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021895	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021895	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021895	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021895	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021895	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021895	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021895	TATT	2	8	9311	9318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021895	AGAA	2	8	11205	11212	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021895	AAGG	2	8	13441	13448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021895	CAAA	2	8	16075	16082	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021895	TGCG	2	8	18529	18536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021895	GCCA	2	8	21023	21030	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_021895	CGCT	2	8	21271	21278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021895	TTAA	2	8	21292	21299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021895	GTTA	2	8	21329	21336	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021895	GATC	2	8	21384	21391	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021895	ATTG	2	8	27940	27947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021895	TGTT	2	8	43747	43754	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021895	AATA	2	8	43985	43992	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021895	AAGT	2	8	47906	47913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021895	TATT	2	8	52172	52179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021895	GTTT	2	8	54032	54039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021895	TGTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021895	TAAT	2	8	54084	54091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021895	AGCT	2	8	56482	56489	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_021895	GGTT	2	8	57176	57183	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021895	TAGA	2	8	58817	58824	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021895	TGAA	2	8	58922	58929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021895	ACAA	2	8	67392	67399	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021895	AAGG	2	8	67490	67497	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021895	GATA	2	8	71959	71966	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021895	TCTA	2	8	76618	76625	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021895	GTTT	2	8	79392	79399	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021895	GGTT	2	8	79747	79754	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021895	GTTT	2	8	88054	88061	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021895	TTTA	2	8	88077	88084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021895	GTTT	2	8	88089	88096	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021895	GTTT	2	8	88140	88147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021895	AACA	2	8	88153	88160	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021895	GAAT	2	8	90407	90414	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021895	AAGT	2	8	90439	90446	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021895	AAAT	2	8	93685	93692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021895	CATT	2	8	94332	94339	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021895	TATT	2	8	97715	97722	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021895	GATA	2	8	99604	99611	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021895	AAGA	2	8	106697	106704	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021895	CTGG	2	8	120411	120418	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021895	TTCC	2	8	122608	122615	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021895	GTTT	2	8	134985	134992	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021895	ATCT	2	8	151705	151712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_021895	GCTG	2	8	151744	151751	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021895	TGTT	2	8	157319	157326	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021895	AAAG	2	8	158161	158168	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021895	TTTA	2	8	158170	158177	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021895	TAAT	2	8	158287	158294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021895	TAAT	2	8	159123	159130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021895	GCTT	2	8	161768	161775	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021895	CTTC	2	8	165839	165846	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021895	TTAG	2	8	170248	170255	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021895	AAAC	2	8	171995	172002	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021895	GTAT	2	8	173177	173184	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021895	GGAA	2	8	178365	178372	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021895	TGTT	2	8	180196	180203	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021895	TTCC	2	8	181205	181212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021895	AAAC	2	8	181308	181315	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_021895	AAGA	2	8	182616	182623	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021895	TCGC	2	8	183487	183494	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021895	AAAC	2	8	186056	186063	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_021895	GGAC	2	8	186415	186422	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021895	CGTA	2	8	187206	187213	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_021895	TAAA	2	8	187435	187442	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021895	GTAA	2	8	189024	189031	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021895	AAAG	2	8	189038	189045	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021895	AAGC	2	8	189144	189151	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021895	AGCA	2	8	189442	189449	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_021895	CTTT	2	8	189813	189820	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_021895	ACTC	2	8	189881	189888	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021895	TCAT	2	8	190173	190180	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021895	TGAA	2	8	191331	191338	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021895	AGGA	2	8	192805	192812	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021895	CTTT	2	8	193011	193018	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021895	GATA	2	8	193027	193034	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021895	CCTT	2	8	193551	193558	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_021895	ATGT	2	8	193840	193847	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021895	ACGA	2	8	205940	205947	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021895	GAAA	2	8	206225	206232	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021895	TAAA	2	8	207026	207033	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021895	CCTT	2	8	219362	219369	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021895	CTAT	2	8	223088	223095	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_021895	GCAA	2	8	223332	223339	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021895	AATT	2	8	224669	224676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021895	CTTG	2	8	225018	225025	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_021895	AAAC	2	8	228748	228755	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021895	TCCT	2	8	231372	231379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_021895	AAAT	2	8	246987	246994	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021895	AAGA	2	8	247006	247013	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021895	TTTC	2	8	249607	249614	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_021895	TAAA	2	8	250441	250448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021895	AATA	2	8	254100	254107	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021895	GCAG	2	8	255762	255769	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_021895	CCAA	2	8	257693	257700	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021895	AAAC	2	8	258301	258308	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_021895	TAAA	2	8	267709	267716	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021895	CAAA	2	8	270644	270651	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_021895	ATTT	2	8	277154	277161	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021895	GTTT	2	8	282996	283003	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021895	AAAG	2	8	283031	283038	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021895	TGCC	2	8	283519	283526	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021895	GGGA	2	8	287367	287374	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021895	CAAA	2	8	287412	287419	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_021895	TAAA	2	8	288509	288516	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021895	GATA	2	8	290170	290177	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021895	AATC	2	8	295295	295302	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_021895	ACAA	2	8	301062	301069	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_021895	GCTT	2	8	302392	302399	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_021895	CCCT	2	8	302959	302966	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
118	NC_021895	TAAA	2	8	305431	305438	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021895	TCCA	2	8	308590	308597	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_021895	TCCC	2	8	308792	308799	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
121	NC_021895	ATTG	2	8	309977	309984	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021895	AATA	2	8	321367	321374	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021895	TAAA	2	8	321388	321395	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021895	CAGA	2	8	321396	321403	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_021895	AATA	2	8	321463	321470	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021895	CAAT	2	8	331096	331103	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_021895	GCTA	2	8	331786	331793	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021895	TTAA	2	8	337129	337136	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021895	CAGT	2	8	337475	337482	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_021895	TTGT	2	8	337615	337622	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021895	CAAG	2	8	343654	343661	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_021895	GCAA	2	8	362460	362467	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021895	TTTA	2	8	367161	367168	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021895	CAAA	2	8	367455	367462	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021895	TAGT	2	8	367768	367775	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021895	AGGC	2	8	369757	369764	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_021895	TCCA	2	8	369813	369820	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_021895	ACCA	2	8	369890	369897	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_021895	GCAT	2	8	370354	370361	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_021895	TGAG	2	8	370387	370394	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021895	GCTT	2	8	371800	371807	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021895	TAAA	2	8	372078	372085	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021895	AAAT	2	8	372997	373004	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021895	ATCT	2	8	373052	373059	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_021895	TAAA	2	8	384831	384838	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021895	TTTA	2	8	394800	394807	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021895	GATT	2	8	395559	395566	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021895	AATT	2	8	395608	395615	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021895	ATAA	2	8	395668	395675	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021895	GCAA	2	8	399047	399054	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021895	TCAT	2	8	408344	408351	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_021895	CAAA	2	8	410480	410487	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_021895	ATTT	2	8	419897	419904	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.