MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii DC

Total Repeats: 155

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021894	TAAAAA	2	12	809	820	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324387
2	NC_021894	ATCTTT	2	12	2243	2254	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527324388
3	NC_021894	ATATAA	2	12	3125	3136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324389
4	NC_021894	TTTATT	2	12	3445	3456	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324389
5	NC_021894	AAAAAT	2	12	4854	4865	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324393
6	NC_021894	TAAAAA	2	12	8831	8842	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324397
7	NC_021894	ATTTTT	2	12	9494	9505	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324398
8	NC_021894	ATTAAA	2	12	9724	9735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324399
9	NC_021894	TAAAAA	2	12	11589	11600	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324400
10	NC_021894	ATTTTT	2	12	11809	11820	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324400
11	NC_021894	ATTATA	2	12	12873	12884	50 %	50 %	0 %	0 %	527324400
12	NC_021894	TAAAAA	2	12	13129	13140	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324400
13	NC_021894	TAAAAA	2	12	13429	13440	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324401
14	NC_021894	TCATTT	2	12	13865	13876	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527324401
15	NC_021894	ATTTTT	2	12	14537	14548	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324403
16	NC_021894	ATTTAT	2	12	16772	16783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324405
17	NC_021894	TTAAAA	2	12	17891	17902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324407
18	NC_021894	CTAAAA	2	12	18956	18967	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527324409
19	NC_021894	GATTTA	2	12	19867	19878	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	527324409
20	NC_021894	ATTTTA	2	12	21896	21907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324409
21	NC_021894	TTTAAA	2	12	21987	21998	50 %	50 %	0 %	0 %	527324409
22	NC_021894	TAGATT	2	12	25205	25216	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	527324414
23	NC_021894	ATAAAA	2	12	27791	27802	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324416
24	NC_021894	TTATAA	2	12	28110	28121	50 %	50 %	0 %	0 %	527324416
25	NC_021894	TAATTT	2	12	30714	30725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324419
26	NC_021894	TAGATA	2	12	31319	31330	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324421
27	NC_021894	TATAAG	2	12	33173	33184	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324422
28	NC_021894	TTTTTA	2	12	35103	35114	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324425
29	NC_021894	TAAAAA	2	12	35459	35470	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324425
30	NC_021894	ATTATA	2	12	39739	39750	50 %	50 %	0 %	0 %	527324430
31	NC_021894	ATTTTT	2	12	39769	39780	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324430
32	NC_021894	CAGGAG	2	12	40282	40293	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	527324430
33	NC_021894	AGGTCC	2	12	40504	40515	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527324431
34	NC_021894	TAAAAA	2	12	40818	40829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324431
35	NC_021894	ATTAAA	2	12	44499	44510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324436
36	NC_021894	TAAAAA	2	12	45614	45625	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324437
37	NC_021894	CATATT	2	12	45888	45899	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527324438
38	NC_021894	TATTAA	2	12	47861	47872	50 %	50 %	0 %	0 %	527324441
39	NC_021894	TAAATT	2	12	49122	49133	50 %	50 %	0 %	0 %	527324442
40	NC_021894	TTTTGG	2	12	49941	49952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	527324444
41	NC_021894	ATTTAA	2	12	50097	50108	50 %	50 %	0 %	0 %	527324444
42	NC_021894	ATTAAA	2	12	53420	53431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324447
43	NC_021894	TTTAAT	2	12	54281	54292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324448
44	NC_021894	CAGTTG	2	12	54822	54833	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527324448
45	NC_021894	ATTTTT	2	12	56778	56789	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324452
46	NC_021894	AAAATT	2	12	56875	56886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324452
47	NC_021894	AAATAT	2	12	58697	58708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324455
48	NC_021894	ATAAAT	2	12	59378	59389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324456
49	NC_021894	AAAAAT	3	18	60491	60508	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324457
50	NC_021894	AATTTT	2	12	61044	61055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324457
51	NC_021894	AATTTT	2	12	61189	61200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324457
52	NC_021894	GAATAT	2	12	63107	63118	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324460
53	NC_021894	ATTTTT	2	12	63238	63249	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324460
54	NC_021894	ACCAAA	2	12	63785	63796	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527324461
55	NC_021894	GCTGTT	2	12	66205	66216	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527324464
56	NC_021894	TGAAAT	2	12	66621	66632	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324464
57	NC_021894	AAACAA	2	12	67052	67063	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527324465
58	NC_021894	CAAATA	2	12	67324	67335	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527324465
59	NC_021894	TTTCCT	2	12	68935	68946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527324468
60	NC_021894	TTTATT	2	12	72369	72380	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324469
61	NC_021894	TAAAAT	2	12	72681	72692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324469
62	NC_021894	TAATTT	2	12	72758	72769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324469
63	NC_021894	GAAAAT	2	12	73927	73938	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527324471
64	NC_021894	ATTAAA	2	12	74260	74271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324471
65	NC_021894	TAAATA	2	12	79040	79051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324476
66	NC_021894	TAAAAA	2	12	79331	79342	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324476
67	NC_021894	TAAATC	2	12	79394	79405	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324476
68	NC_021894	ATTTAA	2	12	79417	79428	50 %	50 %	0 %	0 %	527324476
69	NC_021894	AAATTT	2	12	79460	79471	50 %	50 %	0 %	0 %	527324476
70	NC_021894	ATTAAT	2	12	79605	79616	50 %	50 %	0 %	0 %	527324476
71	NC_021894	TTTATA	2	12	80532	80543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324478
72	NC_021894	ATTGTT	2	12	80619	80630	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527324479
73	NC_021894	ATTTTT	2	12	81984	81995	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324479
74	NC_021894	TAAATT	2	12	82553	82564	50 %	50 %	0 %	0 %	527324479
75	NC_021894	ATTTTA	2	12	83810	83821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324480
76	NC_021894	TAATAT	2	12	84447	84458	50 %	50 %	0 %	0 %	527324480
77	NC_021894	AATTAA	2	12	85098	85109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324481
78	NC_021894	AAAATT	2	12	85163	85174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324481
79	NC_021894	TTAATT	2	12	85464	85475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324481
80	NC_021894	ATTAGG	2	12	85609	85620	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527324481
81	NC_021894	TCTATA	2	12	88655	88666	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527324484
82	NC_021894	ATTTAA	2	12	89359	89370	50 %	50 %	0 %	0 %	527324485
83	NC_021894	TAAATT	2	12	90375	90386	50 %	50 %	0 %	0 %	527324486
84	NC_021894	TTAAAA	2	12	91232	91243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324487
85	NC_021894	TTTTGA	2	12	91297	91308	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527324487
86	NC_021894	ATTTTT	2	12	93048	93059	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324491
87	NC_021894	AACTAA	2	12	94663	94674	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527324493
88	NC_021894	TTATAA	2	12	95614	95625	50 %	50 %	0 %	0 %	527324494
89	NC_021894	CCCATC	2	12	97196	97207	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	527324498
90	NC_021894	TAAATT	2	12	97461	97472	50 %	50 %	0 %	0 %	527324498
91	NC_021894	ATAATT	2	12	97828	97839	50 %	50 %	0 %	0 %	527324499
92	NC_021894	AAAAAT	2	12	99176	99187	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324500
93	NC_021894	TAGAAT	2	12	99908	99919	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324501
94	NC_021894	TATATT	2	12	100625	100636	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324502
95	NC_021894	AAATTA	2	12	101760	101771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324503
96	NC_021894	AGTTTT	2	12	101825	101836	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527324503
97	NC_021894	TCTAAA	2	12	103586	103597	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324505
98	NC_021894	TAAAAC	2	12	105232	105243	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527324508
99	NC_021894	TTAATT	2	12	105591	105602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324508
100	NC_021894	ATTTTT	2	12	106242	106253	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324509
101	NC_021894	TTTAAA	2	12	106575	106586	50 %	50 %	0 %	0 %	527324509
102	NC_021894	ATTTTT	2	12	107325	107336	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324510
103	NC_021894	AATTTG	2	12	109410	109421	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	527324512
104	NC_021894	TTTTGT	2	12	111746	111757	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	527324515
105	NC_021894	TTAAAT	2	12	112047	112058	50 %	50 %	0 %	0 %	527324515
106	NC_021894	TAAAAA	2	12	112136	112147	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324515
107	NC_021894	AACAAA	2	12	112278	112289	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527324515
108	NC_021894	TTATAA	2	12	114771	114782	50 %	50 %	0 %	0 %	527324517
109	NC_021894	TAATTT	2	12	115046	115057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324518
110	NC_021894	TAAAAT	2	12	116267	116278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324519
111	NC_021894	ATAAAA	2	12	117980	117991	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324520
112	NC_021894	AATATT	2	12	119425	119436	50 %	50 %	0 %	0 %	527324522
113	NC_021894	ATAACT	2	12	119958	119969	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324523
114	NC_021894	TAAATT	2	12	125400	125411	50 %	50 %	0 %	0 %	527324524
115	NC_021894	TTTTAT	2	12	125975	125986	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324524
116	NC_021894	ATTTTT	2	12	128258	128269	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324529
117	NC_021894	ATTTTT	2	12	129621	129632	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324530
118	NC_021894	ATATTA	2	12	131109	131120	50 %	50 %	0 %	0 %	527324531
119	NC_021894	TAAAAT	2	12	131575	131586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324533
120	NC_021894	CAGTTT	2	12	132457	132468	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527324535
121	NC_021894	CTTCCA	2	12	132501	132512	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527324535
122	NC_021894	CTGAGC	2	12	132926	132937	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527324535
123	NC_021894	TATTAA	2	12	134093	134104	50 %	50 %	0 %	0 %	527324537
124	NC_021894	TATCTA	2	12	134186	134197	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527324537
125	NC_021894	TTTTTA	2	12	135571	135582	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324538
126	NC_021894	ATTCCA	2	12	136082	136093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527324541
127	NC_021894	AAAATT	2	12	136545	136556	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324541
128	NC_021894	TTTTAA	2	12	137636	137647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324541
129	NC_021894	ATTTTT	2	12	145948	145959	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324562
130	NC_021894	AAAAAT	2	12	146011	146022	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324562
131	NC_021894	TTTAAT	2	12	146358	146369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324562
132	NC_021894	TTATAT	2	12	146398	146409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324562
133	NC_021894	TCCTTT	2	12	148577	148588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527324567
134	NC_021894	TATTTT	2	12	148758	148769	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324568
135	NC_021894	CTATAG	2	12	149090	149101	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527324569
136	NC_021894	ATTTCT	2	12	149464	149475	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527324569
137	NC_021894	TTTTAT	2	12	150601	150612	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	527324570
138	NC_021894	GAAATT	2	12	151064	151075	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324570
139	NC_021894	TCTTGT	2	12	152096	152107	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527324570
140	NC_021894	AAAATT	2	12	153928	153939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324573
141	NC_021894	CTATTT	2	12	155144	155155	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527324573
142	NC_021894	ACTTAT	2	12	155179	155190	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527324573
143	NC_021894	ATTAAT	2	12	155329	155340	50 %	50 %	0 %	0 %	527324573
144	NC_021894	AATTAT	2	12	155496	155507	50 %	50 %	0 %	0 %	527324573
145	NC_021894	TTAATT	2	12	162473	162484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324578
146	NC_021894	TCTTTT	2	12	163036	163047	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527324579
147	NC_021894	AAAATT	2	12	164589	164600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527324581
148	NC_021894	ATTAAC	2	12	166566	166577	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527324583
149	NC_021894	ATAAAA	2	12	166697	166708	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324583
150	NC_021894	AGAATA	2	12	167979	167990	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527324586
151	NC_021894	CAACAG	2	12	169478	169489	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527324587
152	NC_021894	ATTTAT	2	12	169942	169953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527324588
153	NC_021894	ATTTAG	2	12	170431	170442	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	527324588
154	NC_021894	TAAAAA	2	12	172178	172189	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527324590
155	NC_021894	AAATCC	2	12	173170	173181	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527324592

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.