MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-L2/55

Total Repeats: 274

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021893	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323463
2	NC_021893	TAGCAA	2	12	10831	10842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323470
3	NC_021893	AAAGCT	2	12	10962	10973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323470
4	NC_021893	TAGTGA	2	12	12108	12119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527323471
5	NC_021893	ATATAC	2	12	15975	15986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527323474
6	NC_021893	GTTCCT	2	12	19393	19404	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527323477
7	NC_021893	CTTTTT	2	12	21547	21558	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527323480
8	NC_021893	GTGAGG	2	12	25476	25487	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527323481
9	NC_021893	GGATTT	2	12	35953	35964	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323493
10	NC_021893	AATTAG	2	12	37373	37384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527323494
11	NC_021893	TTCCTG	2	12	37672	37683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527323494
12	NC_021893	TTTTGA	2	12	44909	44920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	527323501
13	NC_021893	TGAACG	2	12	52321	52332	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527323509
14	NC_021893	GTGATT	2	12	52340	52351	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323509
15	NC_021893	GGTTCA	2	12	55110	55121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527323511
16	NC_021893	AGTTGT	2	12	57706	57717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323513
17	NC_021893	TCCTAA	2	12	59430	59441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527323514
18	NC_021893	GTTCTT	2	12	63344	63355	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527323517
19	NC_021893	CTATTT	2	12	71654	71665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527323524
20	NC_021893	ACTCTT	2	12	72783	72794	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527323525
21	NC_021893	TTTCTG	2	12	73333	73344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527323526
22	NC_021893	GATCAT	2	12	73463	73474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527323526
23	NC_021893	TAGTAC	2	12	76457	76468	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527323527
24	NC_021893	GGTTTA	2	12	80110	80121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323531
25	NC_021893	GTCTGT	2	12	83154	83165	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527323534
26	NC_021893	TTCTGA	2	12	88768	88779	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527323538
27	NC_021893	AAAAGA	2	12	93832	93843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527323544
28	NC_021893	AGCTGT	2	12	95925	95936	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527323545
29	NC_021893	TCTTTT	2	12	96590	96601	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527323547
30	NC_021893	GGGGCT	2	12	97538	97549	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	527323547
31	NC_021893	TTTGAG	2	12	99737	99748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323549
32	NC_021893	TCAGAA	2	12	106378	106389	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323554
33	NC_021893	CATAAC	2	12	109422	109433	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527323557
34	NC_021893	TGTTCT	2	12	112189	112200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	527323559
35	NC_021893	ACTTCG	2	12	115482	115493	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527323561
36	NC_021893	TTGCCA	2	12	119023	119034	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527323566
37	NC_021893	TTGGTA	2	12	120637	120648	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323568
38	NC_021893	AGGATC	2	12	121016	121027	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527323568
39	NC_021893	AAGGGT	2	12	122823	122834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527323569
40	NC_021893	GGGTTT	2	12	123786	123797	0 %	50 %	50 %	0 %	527323570
41	NC_021893	TTGCAT	2	12	124068	124079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527323570
42	NC_021893	AAGAGA	2	12	124437	124448	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	527323570
43	NC_021893	TTAAAA	2	12	133372	133383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	527323577
44	NC_021893	AGGTTG	2	12	134614	134625	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	527323578
45	NC_021893	GAGTTA	2	12	139663	139674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527323587
46	NC_021893	TGGAAA	2	12	142216	142227	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527323591
47	NC_021893	TGGAAT	2	12	143091	143102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527323592
48	NC_021893	ATGGTT	2	12	143335	143346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323592
49	NC_021893	TGCTCT	2	12	145527	145538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527323595
50	NC_021893	GAAAGG	2	12	149265	149276	50 %	0 %	50 %	0 %	527323597
51	NC_021893	GCTTTG	2	12	149508	149519	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527323597
52	NC_021893	TGTGCG	2	12	153631	153642	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	527323601
53	NC_021893	CCTCAT	2	12	154929	154940	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527323602
54	NC_021893	TGGAGA	2	12	156387	156398	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	527323604
55	NC_021893	CTCCAT	2	12	157756	157767	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527323605
56	NC_021893	TCCTTG	2	12	158352	158363	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527323606
57	NC_021893	AACAGC	2	12	160989	161000	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527323609
58	NC_021893	TAAAAA	2	12	173418	173429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527323615
59	NC_021893	AAAAAG	2	12	173585	173596	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527323616
60	NC_021893	AAACAT	2	12	189801	189812	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527323630
61	NC_021893	AGCAAC	2	12	190136	190147	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527323630
62	NC_021893	TCTGGA	2	12	195408	195419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527323637
63	NC_021893	CTGGAT	2	12	210999	211010	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527323650
64	NC_021893	GAAATA	2	12	211322	211333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	527323650
65	NC_021893	GATGCA	2	12	218215	218226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527323657
66	NC_021893	ACTCCA	2	12	219105	219116	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527323658
67	NC_021893	CTGCTT	2	12	219337	219348	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	527323658
68	NC_021893	ATTGCT	2	12	222646	222657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527323661
69	NC_021893	TCCTAG	2	12	222936	222947	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527323661
70	NC_021893	GCAACG	2	12	223424	223435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	527323662
71	NC_021893	CTTAGC	2	12	226056	226067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527323664
72	NC_021893	TTCCTT	2	12	232888	232899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	527323669
73	NC_021893	TCTCCT	2	12	235769	235780	0 %	50 %	0 %	50 %	527323670
74	NC_021893	CCTGCA	2	12	251744	251755	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527323690
75	NC_021893	ACCTTT	2	12	256939	256950	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527323695
76	NC_021893	TCATAA	2	12	264785	264796	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527323702
77	NC_021893	AAGTGT	2	12	265511	265522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527323702
78	NC_021893	ATCTAA	2	12	268787	268798	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527323705
79	NC_021893	TGGAAT	2	12	270985	270996	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527323707
80	NC_021893	GGAACA	2	12	274872	274883	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	527323709
81	NC_021893	CACGCG	2	12	277245	277256	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	527323711
82	NC_021893	TTTCTT	2	12	277424	277435	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527323711
83	NC_021893	CTCCTA	2	12	281586	281597	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527323714
84	NC_021893	GCAATG	2	12	287705	287716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527323720
85	NC_021893	CGACAT	2	12	288378	288389	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527323722
86	NC_021893	CCCTTA	2	12	289832	289843	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527323724
87	NC_021893	AAAATA	2	12	291930	291941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	527323726
88	NC_021893	ACCACT	2	12	294285	294296	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527323728
89	NC_021893	CATTGC	2	12	297531	297542	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527323731
90	NC_021893	CCAAAA	2	12	298710	298721	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	527323732
91	NC_021893	TCTTTT	2	12	300595	300606	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527323734
92	NC_021893	CAAGAC	2	12	301686	301697	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	527323735
93	NC_021893	AGCTTA	2	12	302966	302977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527323737
94	NC_021893	CAAAGA	2	12	308351	308362	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527323742
95	NC_021893	ATGGCT	2	12	308967	308978	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	527323743
96	NC_021893	TACAAA	2	12	313157	313168	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	527323746
97	NC_021893	TTAATT	2	12	314836	314847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	527323748
98	NC_021893	AAAACA	2	12	318325	318336	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	527323751
99	NC_021893	ATTCAA	2	12	345287	345298	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	527323775
100	NC_021893	TTCTTA	2	12	357264	357275	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	527323783
101	NC_021893	CAGCCT	2	12	369343	369354	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527323797
102	NC_021893	AGCTGA	2	12	369393	369404	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527323797
103	NC_021893	ATGCTA	2	12	373260	373271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527323799
104	NC_021893	CAATAG	2	12	379866	379877	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323802
105	NC_021893	ACTGAA	2	12	380007	380018	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323802
106	NC_021893	CTGCAC	2	12	380200	380211	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527323802
107	NC_021893	TCCATA	2	12	390559	390570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	527323811
108	NC_021893	TTAGGT	2	12	391910	391921	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323814
109	NC_021893	AGGGAA	2	12	393236	393247	50 %	0 %	50 %	0 %	527323815
110	NC_021893	CTGAAG	2	12	394071	394082	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527323816
111	NC_021893	TAATCT	2	12	399491	399502	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	527323819
112	NC_021893	GAACAA	2	12	399993	400004	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	527323820
113	NC_021893	CTAAAG	2	12	400376	400387	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323821
114	NC_021893	CCTTTC	2	12	401540	401551	0 %	50 %	0 %	50 %	527323822
115	NC_021893	ACATGC	2	12	411081	411092	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	527323833
116	NC_021893	GGCTCT	2	12	411816	411827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	527323834
117	NC_021893	ATCTTG	2	12	413410	413421	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527323835
118	NC_021893	CCCCCA	2	12	414744	414755	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	527323836
119	NC_021893	TTCCTC	2	12	418809	418820	0 %	50 %	0 %	50 %	527323840
120	NC_021893	CTCTAC	2	12	422063	422074	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	527323842
121	NC_021893	CGGAAT	2	12	422970	422981	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	527323844
122	NC_021893	TGATAA	2	12	424875	424886	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527323845
123	NC_021893	AGCTAA	2	12	427248	427259	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323848
124	NC_021893	TTCTCC	2	12	439284	439295	0 %	50 %	0 %	50 %	527323859
125	NC_021893	ATGAAG	2	12	448331	448342	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	527323867
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127	NC_021893	ATCCGC	2	12	449773	449784	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	527323867
128	NC_021893	CTGTAT	2	12	451123	451134	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527323868
129	NC_021893	CTAAAG	2	12	452191	452202	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323868
130	NC_021893	CCAATA	2	12	457176	457187	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527323872
131	NC_021893	ATCGGC	2	12	463023	463034	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527323880
132	NC_021893	TATTGG	2	12	463616	463627	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	527323880
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135	NC_021893	CTACAA	2	12	480163	480174	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527323885
136	NC_021893	CCAATC	2	12	484631	484642	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527323889
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139	NC_021893	TGAGTA	2	12	491966	491977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527323898
140	NC_021893	AAACTG	2	12	495413	495424	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	527323902
141	NC_021893	GGTAAT	2	12	503751	503762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	527323911
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143	NC_021893	GGTTGT	2	12	506887	506898	0 %	50 %	50 %	0 %	527323915
144	NC_021893	GCTGTT	2	12	509245	509256	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	527323917
145	NC_021893	CTCTAT	2	12	512738	512749	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	527323921
146	NC_021893	TGAACT	2	12	513245	513256	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	527323921
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157	NC_021893	CTTCCT	2	12	538253	538264	0 %	50 %	0 %	50 %	527323944
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219	NC_021893	GAAATT	2	12	799775	799786	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	527324192
220	NC_021893	TAGCCT	2	12	803404	803415	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527324193
221	NC_021893	CACCTA	2	12	817966	817977	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	527324204
222	NC_021893	AAGAGG	2	12	823846	823857	50 %	0 %	50 %	0 %	527324208
223	NC_021893	GAAAGG	2	12	828723	828734	50 %	0 %	50 %	0 %	527324214
224	NC_021893	AGCTTC	2	12	830177	830188	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	527324215
225	NC_021893	ATCACA	2	12	834281	834292	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	527324221
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227	NC_021893	TTATGC	2	12	845828	845839	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	527324231
228	NC_021893	ATGGGG	2	12	848862	848873	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	527324234
229	NC_021893	AAAGAA	2	12	849341	849352	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	527324234
230	NC_021893	GGCTAG	2	12	849724	849735	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	527324234
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232	NC_021893	CTTTTT	2	12	857671	857682	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	527324237
233	NC_021893	GACCTG	2	12	862633	862644	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	527324241
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.