MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis J/6276tet1

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021892	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021892	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021892	CAAAAA	2	12	6250	6261	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021892	GAAAAG	2	12	56388	56399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021892	AGTTGT	2	12	57739	57750	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021892	TTGTTC	2	12	58659	58670	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021892	AAAAAT	2	12	60963	60974	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021892	ATCTAG	2	12	76692	76703	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021892	TTTTAG	2	12	115964	115975	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021892	TAAAAA	2	12	120559	120570	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021892	AGAAAA	2	12	182589	182600	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021892	ATTTGC	2	12	192345	192356	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021892	TATGAA	2	12	195364	195375	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021892	TTTTAC	2	12	221372	221383	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021892	AACCCT	2	12	255088	255099	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021892	ATTTTT	2	12	255883	255894	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021892	AGGAGA	2	12	270985	270996	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021892	ATATTA	2	12	279883	279894	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021892	AAAAAG	2	12	324036	324047	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021892	AGAATA	2	12	361517	361528	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021892	TTTTAA	2	12	409683	409694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021892	TAACTA	2	12	503212	503223	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021892	AAGAAA	2	12	503225	503236	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021892	AGAATA	2	12	509200	509211	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021892	AACTAA	2	12	514933	514944	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021892	TCCCTC	2	12	548955	548966	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_021892	AAAAAT	2	12	566927	566938	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021892	TAGGGG	2	12	606095	606106	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021892	TCTTTT	2	12	618089	618100	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021892	TTATTT	2	12	649299	649310	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021892	TATTTT	2	12	755244	755255	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021892	GAGAAA	2	12	802709	802720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021892	TTTTCT	2	12	805167	805178	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021892	ATTTTT	2	12	808946	808957	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021892	TTTTTA	2	12	835384	835395	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021892	TAAGGA	2	12	856347	856358	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021892	CCGGAG	2	12	857265	857276	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021892	TAAGGA	2	12	878391	878402	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021892	CGGGGG	3	18	887471	887488	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021892	GGGCGG	2	12	890238	890249	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021892	TAAGGA	2	12	916165	916176	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021892	CCGGAG	2	12	917083	917094	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021892	GACGGC	2	12	959511	959522	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021892	AAACAA	2	12	961199	961210	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021892	ATTTTT	2	12	1076684	1076695	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021892	TAAAAT	2	12	1080309	1080320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.