MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis J/6276tet1

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021892	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021892	AAAGA	2	10	33089	33098	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021892	GAAGA	2	10	48006	48015	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021892	CTATT	2	10	49585	49594	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021892	AATTT	2	10	54051	54060	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021892	ATTTT	2	10	58471	58480	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021892	AAAAG	2	10	69048	69057	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021892	CTTGC	2	10	71991	72000	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021892	AAAAG	2	10	76741	76750	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021892	ATCAA	2	10	78439	78448	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021892	TTTGT	2	10	85176	85185	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021892	AATAA	2	10	88175	88184	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021892	CTTTT	2	10	94247	94256	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021892	ACAAA	2	10	97792	97801	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_021892	GCTCT	2	10	114065	114074	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021892	TTGCA	2	10	137042	137051	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021892	ATTCT	2	10	152518	152527	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021892	CTGTG	2	10	152722	152731	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021892	TTCTA	2	10	157297	157306	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021892	CAAAA	2	10	161755	161764	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021892	GGAAT	2	10	179429	179438	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021892	CGATA	2	10	187845	187854	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021892	ACGAT	2	10	191178	191187	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021892	TTGTA	2	10	192155	192164	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021892	TATGC	2	10	192560	192569	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021892	AAGAA	2	10	192726	192735	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021892	CTAAG	2	10	202988	202997	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021892	ATTTC	2	10	221515	221524	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021892	CAATA	2	10	224638	224647	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021892	TACAA	2	10	248349	248358	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021892	TTTCA	2	10	264460	264469	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021892	AAAGC	2	10	299285	299294	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021892	TGTTT	2	10	302164	302173	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021892	GCAAC	2	10	334179	334188	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021892	CTTGT	2	10	334239	334248	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_021892	CCTTT	2	10	334695	334704	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021892	AAGGC	2	10	362450	362459	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021892	GCTTC	2	10	364560	364569	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_021892	AGTAG	2	10	364637	364646	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021892	TCTCT	2	10	368215	368224	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_021892	AACAA	2	10	368598	368607	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021892	AAAAC	2	10	368920	368929	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021892	AAGCG	2	10	404438	404447	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021892	GTATA	2	10	416687	416696	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021892	AGCAA	2	10	416723	416732	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021892	AAAAT	2	10	418572	418581	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021892	CTCTT	2	10	428636	428645	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_021892	TAAAA	2	10	431179	431188	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021892	AGAAA	2	10	436853	436862	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021892	CTCTT	2	10	436892	436901	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_021892	GAAGA	2	10	436902	436911	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021892	AAATT	2	10	437181	437190	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021892	AATTT	2	10	437202	437211	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021892	ATAGA	2	10	450477	450486	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021892	TAAAA	2	10	465414	465423	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021892	CAAAA	2	10	485815	485824	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021892	AATCT	2	10	503157	503166	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021892	TTTCT	2	10	508757	508766	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021892	CCTTT	2	10	509766	509775	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021892	TAAAA	2	10	514782	514791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021892	AGGAA	2	10	516766	516775	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021892	ATGAA	2	10	516790	516799	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021892	TTGGA	2	10	524231	524240	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021892	CAAAA	2	10	524997	525006	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021892	TTTTC	2	10	537032	537041	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021892	AAAAG	2	10	558286	558295	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021892	GAAAA	2	10	565469	565478	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021892	ATTTT	2	10	566907	566916	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021892	ATACT	2	10	572979	572988	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021892	AAAGG	2	10	581935	581944	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021892	CTTCT	2	10	623372	623381	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_021892	TTTCC	2	10	629553	629562	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_021892	ATTAA	2	10	637505	637514	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021892	TCGTC	2	10	650403	650412	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021892	TAAAA	2	10	686034	686043	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021892	TTTAT	2	10	697986	697995	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021892	TCATG	2	10	698181	698190	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021892	AAAAC	2	10	702299	702308	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021892	GAAAA	2	10	707648	707657	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021892	TTATT	2	10	714707	714716	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021892	GAAGA	2	10	737600	737609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021892	AGGGG	2	10	760638	760647	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021892	ATTTT	2	10	779382	779391	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021892	AAAAG	2	10	781215	781224	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021892	AGGTA	2	10	784614	784623	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021892	TCCTT	2	10	785797	785806	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021892	AAAAC	2	10	796992	797001	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021892	TTTCT	2	10	805213	805222	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021892	AGAAA	2	10	813745	813754	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021892	CTTTT	2	10	859834	859843	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021892	AGAAA	2	10	864186	864195	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021892	GAAGA	2	10	876360	876369	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021892	AGAAT	2	10	881612	881621	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021892	GAAGC	2	10	887577	887586	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021892	AAGGC	2	10	890293	890302	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021892	AATTA	2	10	890462	890471	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021892	GAAAA	2	10	914060	914069	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021892	GAACG	2	10	914679	914688	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021892	CTTTT	2	10	919653	919662	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021892	TAGAA	2	10	928122	928131	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021892	CTTTT	2	10	944162	944171	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021892	TTTTA	2	10	944907	944916	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021892	AGAGC	2	10	947195	947204	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021892	TCGTT	2	10	975281	975290	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021892	TTCTT	2	10	978238	978247	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021892	CTTCA	2	10	1000126	1000135	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_021892	CTAGT	2	10	1006983	1006992	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021892	TAAAA	2	10	1022975	1022984	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021892	CGGGG	2	10	1044415	1044424	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
110	NC_021892	TATTT	2	10	1046574	1046583	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021892	TAGAA	2	10	1058001	1058010	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021892	TTTTC	2	10	1076375	1076384	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021892	TTTTA	2	10	1080325	1080334	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.