MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J(s)/122

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021891	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021891	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021891	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021891	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021891	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021891	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021891	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021891	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021891	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021891	TTTGT	2	10	85120	85129	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021891	AATAA	2	10	88119	88128	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021891	CTTTT	2	10	94191	94200	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021891	ACAAA	2	10	97736	97745	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021891	GCTCT	2	10	114022	114031	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021891	GCTTC	2	10	122480	122489	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021891	TTGCA	2	10	136963	136972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021891	ATTCT	2	10	152438	152447	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021891	CTGTG	2	10	152641	152650	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021891	CAAAA	2	10	161685	161694	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021891	AGAGT	2	10	180757	180766	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021891	AGAAA	2	10	182481	182490	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021891	CGATA	2	10	185852	185861	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021891	AAAGT	2	10	188816	188825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021891	AGCTT	2	10	191562	191571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021891	CCATG	2	10	192503	192512	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021891	ACGAT	2	10	193854	193863	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021891	TATGC	2	10	195239	195248	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021891	AAAGA	2	10	195279	195288	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021891	AAGAA	2	10	195410	195419	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021891	CTAAG	2	10	205984	205993	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021891	ATTTC	2	10	224514	224523	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021891	CAATA	2	10	227637	227646	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021891	TACAA	2	10	251348	251357	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021891	TTTCA	2	10	267477	267486	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021891	AAAGC	2	10	302303	302312	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_021891	TGTTT	2	10	305182	305191	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021891	GCAAC	2	10	337210	337219	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021891	CTTGT	2	10	337270	337279	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021891	CCTTT	2	10	337728	337737	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021891	AAGGC	2	10	365473	365482	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021891	AGTAG	2	10	367663	367672	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021891	AGGGA	2	10	370000	370009	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021891	TCTCT	2	10	371215	371224	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021891	AACAA	2	10	371597	371606	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021891	AAAAC	2	10	371919	371928	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021891	AAGCG	2	10	407433	407442	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021891	GTATA	2	10	419680	419689	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021891	AGCAA	2	10	419716	419725	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021891	AAAAT	2	10	421565	421574	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021891	CTCTT	2	10	431634	431643	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_021891	TAAAA	2	10	434176	434185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021891	AGAAA	2	10	439850	439859	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021891	CTCTT	2	10	439889	439898	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021891	GAAGA	2	10	439899	439908	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021891	AAATT	2	10	440178	440187	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021891	AATTT	2	10	440199	440208	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021891	ATAGA	2	10	453474	453483	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021891	TAAAA	2	10	468411	468420	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021891	CAAAA	2	10	488817	488826	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021891	AATCT	2	10	506159	506168	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021891	TTTCT	2	10	511759	511768	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021891	CCTTT	2	10	512768	512777	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021891	TAAAA	2	10	517783	517792	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021891	AGGAA	2	10	519767	519776	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021891	ATGAA	2	10	519790	519799	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021891	TCCTC	2	10	520889	520898	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021891	TTGGA	2	10	527230	527239	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021891	CAAAA	2	10	527996	528005	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021891	TTTTC	2	10	540031	540040	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021891	AAAAG	2	10	561285	561294	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021891	GAAAA	2	10	568468	568477	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021891	ATTTT	2	10	569906	569915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021891	ATACT	2	10	575978	575987	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021891	AAAGG	2	10	584934	584943	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021891	CTTCT	2	10	626371	626380	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_021891	TTTCC	2	10	632552	632561	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_021891	ATTAA	2	10	640504	640513	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021891	TCGTC	2	10	653402	653411	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_021891	TAAAA	2	10	689033	689042	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021891	TTTAT	2	10	700985	700994	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021891	TCATG	2	10	701180	701189	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021891	AAAAC	2	10	705298	705307	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021891	GAAAA	2	10	710647	710656	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021891	TTATT	2	10	717706	717715	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021891	GAAGA	2	10	740599	740608	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021891	AGGGG	2	10	763637	763646	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021891	ATTTT	2	10	782381	782390	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021891	AAAAG	2	10	784214	784223	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021891	AGGTA	2	10	787613	787622	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021891	TCCTT	2	10	788796	788805	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_021891	AAAAC	2	10	799991	800000	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021891	TTTCT	2	10	808212	808221	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021891	AGAAA	2	10	816744	816753	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021891	AGAAT	2	10	862566	862575	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021891	GAAGC	2	10	868531	868540	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021891	AAGGC	2	10	871247	871256	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021891	AATTA	2	10	871416	871425	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021891	GAAAA	2	10	895014	895023	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021891	GAACG	2	10	895633	895642	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021891	CTTTT	2	10	900607	900616	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021891	TAGAA	2	10	909076	909085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021891	CTTTT	2	10	925116	925125	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021891	TTTTA	2	10	925861	925870	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021891	AGAGC	2	10	928149	928158	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021891	TCGTT	2	10	956235	956244	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021891	TTCTT	2	10	959192	959201	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021891	GCCTG	2	10	975594	975603	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_021891	CTTCA	2	10	981075	981084	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_021891	CTAGT	2	10	987933	987942	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_021891	TAAAA	2	10	1003928	1003937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021891	ATAAA	2	10	1003959	1003968	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021891	TTGTT	2	10	1025080	1025089	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021891	TATTT	2	10	1027526	1027535	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021891	TAGAA	2	10	1038949	1038958	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021891	TTAGA	2	10	1043589	1043598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021891	TTTTC	2	10	1057248	1057257	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_021891	TTTTA	2	10	1061229	1061238	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.