MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J(s)/122

Total Repeats: 373

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021891	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021891	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021891	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021891	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021891	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021891	TATT	2	8	9311	9318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021891	AGAA	2	8	11205	11212	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021891	AAGG	2	8	13441	13448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021891	CAAA	2	8	16075	16082	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_021891	TGCG	2	8	18529	18536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_021891	GCCA	2	8	21023	21030	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021891	CGCT	2	8	21271	21278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021891	TTAA	2	8	21292	21299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021891	GTTA	2	8	21329	21336	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021891	GATC	2	8	21384	21391	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021891	ATTG	2	8	27940	27947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021891	TGTT	2	8	43747	43754	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021891	AATA	2	8	43985	43992	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021891	AAGT	2	8	47906	47913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021891	TATT	2	8	52172	52179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021891	GTTT	2	8	54032	54039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021891	TGTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021891	TAAT	2	8	54084	54091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021891	AGCT	2	8	56482	56489	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_021891	GGTT	2	8	57176	57183	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021891	TAGA	2	8	58817	58824	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021891	TGAA	2	8	58922	58929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021891	ACAA	2	8	67392	67399	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_021891	AAGG	2	8	67490	67497	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021891	GATA	2	8	71959	71966	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021891	TCTA	2	8	76618	76625	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_021891	GTTT	2	8	79392	79399	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021891	GGTT	2	8	79747	79754	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021891	GTTT	2	8	88052	88059	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021891	TTTA	2	8	88075	88082	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021891	GTTT	2	8	88087	88094	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021891	GTTT	2	8	88138	88145	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021891	AACA	2	8	88151	88158	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_021891	GAAT	2	8	90405	90412	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021891	AAGT	2	8	90437	90444	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021891	AAAT	2	8	93683	93690	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021891	CATT	2	8	94330	94337	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_021891	TATT	2	8	97713	97720	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021891	AAGA	2	8	106701	106708	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021891	CTGG	2	8	120413	120420	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021891	CTTC	2	8	120912	120919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_021891	AAAG	2	8	122452	122459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021891	TCTA	2	8	122521	122528	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021891	GTTT	2	8	134874	134881	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021891	TTCT	2	8	137460	137467	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_021891	AATT	2	8	137486	137493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021891	ATCT	2	8	151592	151599	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021891	GCTG	2	8	151631	151638	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021891	AACG	2	8	152454	152461	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021891	TGTT	2	8	152622	152629	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021891	CTTT	2	8	153253	153260	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021891	TGTT	2	8	157206	157213	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021891	AAAG	2	8	158048	158055	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021891	TTTA	2	8	158057	158064	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021891	TAAT	2	8	158174	158181	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021891	TAAT	2	8	159010	159017	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021891	GCTT	2	8	161655	161662	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_021891	CTTC	2	8	165726	165733	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021891	TTAG	2	8	170134	170141	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021891	AAAC	2	8	171881	171888	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_021891	GTAT	2	8	173063	173070	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021891	GGAA	2	8	178251	178258	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021891	TGTT	2	8	180082	180089	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021891	TTCC	2	8	181091	181098	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021891	AAAC	2	8	181194	181201	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021891	AAGA	2	8	182502	182509	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021891	AAAC	2	8	185934	185941	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_021891	GGAC	2	8	186293	186300	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021891	CGTA	2	8	187084	187091	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021891	TAAA	2	8	187313	187320	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021891	GTAA	2	8	188902	188909	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021891	AAAG	2	8	188916	188923	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021891	AAGC	2	8	189022	189029	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_021891	AGCA	2	8	189320	189327	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021891	CTTT	2	8	189691	189698	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021891	ACTC	2	8	189759	189766	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_021891	TCAT	2	8	190051	190058	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021891	TGAA	2	8	191209	191216	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021891	AGGA	2	8	192683	192690	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021891	CTTT	2	8	192889	192896	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_021891	GATA	2	8	192905	192912	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021891	CCTT	2	8	193429	193436	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021891	ATGT	2	8	193718	193725	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021891	ACGA	2	8	205818	205825	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_021891	GAAA	2	8	206103	206110	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021891	TAAA	2	8	206904	206911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021891	CCTT	2	8	219240	219247	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_021891	CTAT	2	8	222966	222973	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_021891	GCAA	2	8	223210	223217	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021891	AATT	2	8	224547	224554	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021891	CTTG	2	8	224896	224903	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_021891	AAAC	2	8	228626	228633	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_021891	TCCT	2	8	231250	231257	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_021891	AAAT	2	8	246865	246872	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021891	AAGA	2	8	246884	246891	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021891	TTTC	2	8	249485	249492	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_021891	TAAA	2	8	250319	250326	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021891	AATA	2	8	253978	253985	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021891	GCAG	2	8	255640	255647	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_021891	CCAA	2	8	257571	257578	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_021891	AAAC	2	8	258179	258186	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021891	TAAA	2	8	267587	267594	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021891	CAAA	2	8	270522	270529	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_021891	ATTT	2	8	277032	277039	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021891	GTTT	2	8	282874	282881	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021891	AAAG	2	8	282909	282916	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021891	TGCC	2	8	283397	283404	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_021891	GGGA	2	8	287245	287252	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021891	TAAA	2	8	288387	288394	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021891	GATA	2	8	290048	290055	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021891	AATC	2	8	295173	295180	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_021891	ACAA	2	8	300940	300947	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_021891	GCTT	2	8	302270	302277	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_021891	CCCT	2	8	302837	302844	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
120	NC_021891	ACTA	2	8	305086	305093	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021891	TAAA	2	8	305309	305316	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021891	TCCA	2	8	308468	308475	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_021891	TCCC	2	8	308670	308677	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
124	NC_021891	ATTG	2	8	309854	309861	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021891	AATA	2	8	321243	321250	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021891	TAAA	2	8	321264	321271	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021891	CAGA	2	8	321272	321279	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021891	AATA	2	8	321339	321346	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021891	AATT	2	8	325255	325262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021891	GCTA	2	8	331643	331650	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_021891	TTAA	2	8	336986	336993	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021891	CAGT	2	8	337332	337339	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021891	TTGT	2	8	337472	337479	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021891	GCAA	2	8	362316	362323	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021891	TTTA	2	8	367017	367024	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021891	CAAA	2	8	367311	367318	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_021891	TAGT	2	8	367624	367631	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021891	AGGC	2	8	369613	369620	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_021891	TCCA	2	8	369669	369676	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_021891	ACCA	2	8	369746	369753	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_021891	GCAT	2	8	370210	370217	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021891	TGAG	2	8	370243	370250	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021891	GCTT	2	8	371656	371663	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_021891	TAAA	2	8	371934	371941	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021891	AAAT	2	8	372852	372859	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021891	CCTT	2	8	372874	372881	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_021891	ATCT	2	8	372907	372914	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_021891	TAAA	2	8	384686	384693	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021891	TTTA	2	8	394654	394661	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021891	GATT	2	8	395413	395420	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021891	AATT	2	8	395462	395469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021891	ATAA	2	8	395522	395529	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.