MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F(s)/342

Total Repeats: 45

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021890	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021890	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021890	CCAAGA	2	12	57661	57672	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021890	AGTTGT	2	12	57767	57778	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021890	AAAAAT	2	12	60992	61003	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021890	ATCTAG	2	12	76715	76726	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021890	TTTTAG	2	12	115998	116009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021890	TAAAAA	2	12	120594	120605	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021890	TTGGTA	2	12	120642	120653	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021890	AGGATC	2	12	121021	121032	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021890	AGAAAA	2	12	182612	182623	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021890	GGATAT	2	12	192082	192093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021890	GAATGC	2	12	193610	193621	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021890	TATGAA	2	12	198123	198134	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021890	TTTTAC	2	12	224408	224419	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_021890	AACCCT	2	12	258128	258139	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_021890	AGGAGA	2	12	274031	274042	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021890	ATATTA	2	12	282929	282940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021890	AAAAAG	2	12	327102	327113	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021890	AGAATA	2	12	364594	364605	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021890	TTTTAA	2	12	412736	412747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021890	TAACTA	2	12	506308	506319	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021890	AAGAAA	2	12	506321	506332	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021890	AGAATA	2	12	512295	512306	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021890	AACTAA	2	12	517968	517979	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021890	TCCCTC	2	12	551858	551869	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_021890	AAAAAT	2	12	569830	569841	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021890	TAGGGG	2	12	608983	608994	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021890	TCTTTT	2	12	620968	620979	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021890	TTATTT	2	12	652181	652192	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021890	TATTTT	2	12	758120	758131	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021890	TTTTCT	2	12	808020	808031	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021890	ATTTTT	2	12	811799	811810	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021890	ATTTTT	2	12	838278	838289	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021890	TAAGGA	2	12	859242	859253	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021890	CCGGAG	2	12	860160	860171	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021890	CCTCTA	2	12	873310	873321	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021890	TAAGGA	2	12	881291	881302	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021890	CGGGGG	3	18	890370	890387	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021890	GGGCGG	2	12	893137	893148	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021890	TAAGGA	2	12	919064	919075	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021890	CCGGAG	2	12	919982	919993	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021890	GACGGC	2	12	962410	962421	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021890	AAACAA	2	12	964098	964109	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021890	TAAAAT	2	12	1083198	1083209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.