MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F(s)/342

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021890	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021890	AAAGA	2	10	33096	33105	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021890	TGCAA	2	10	42330	42339	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021890	CAAAA	2	10	42648	42657	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021890	GAAGA	2	10	48014	48023	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021890	CTATT	2	10	49593	49602	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021890	ATTAA	2	10	51384	51393	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021890	AATTT	2	10	54167	54176	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021890	AAAAG	2	10	69071	69080	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021890	CTTGC	2	10	72014	72023	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_021890	AAAAG	2	10	76764	76773	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021890	ATCAA	2	10	78462	78471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021890	TTTGT	2	10	85198	85207	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021890	AATAA	2	10	88197	88206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021890	TTTAA	2	10	93733	93742	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021890	CTTTT	2	10	94268	94277	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021890	ACAAA	2	10	97814	97823	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021890	TTCCC	2	10	100553	100562	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_021890	GCTCT	2	10	114099	114108	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_021890	GCTTC	2	10	122557	122566	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_021890	TTGCA	2	10	137040	137049	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021890	ATTCT	2	10	152515	152524	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021890	CTGTG	2	10	152718	152727	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021890	TTCTA	2	10	157296	157305	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021890	CAAAA	2	10	161752	161761	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021890	AGAGT	2	10	180825	180834	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021890	AGAAA	2	10	182549	182558	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021890	CGATA	2	10	185928	185937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021890	AAAGT	2	10	188892	188901	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021890	AGCTT	2	10	191638	191647	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021890	CCATG	2	10	192579	192588	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021890	ACGAT	2	10	193930	193939	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021890	TATGC	2	10	195315	195324	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021890	AAAGA	2	10	195355	195364	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021890	AAGAA	2	10	195486	195495	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021890	CTAAG	2	10	206060	206069	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021890	ATTTC	2	10	224553	224562	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021890	CAATA	2	10	227676	227685	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021890	TACAA	2	10	251385	251394	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021890	TTTCA	2	10	267506	267515	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021890	AAAGC	2	10	302335	302344	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021890	TGTTT	2	10	305214	305223	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021890	GCAAC	2	10	337263	337272	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021890	CTTGT	2	10	337323	337332	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021890	CCTTT	2	10	337781	337790	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021890	AAGGC	2	10	365527	365536	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021890	AGTAG	2	10	367717	367726	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021890	TCTCT	2	10	371269	371278	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_021890	AACAA	2	10	371651	371660	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021890	AAAAC	2	10	371973	371982	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021890	AAGCG	2	10	407491	407500	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021890	GTATA	2	10	419738	419747	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021890	AGCAA	2	10	419774	419783	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021890	AAAAT	2	10	421623	421632	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021890	CTCTT	2	10	431685	431694	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021890	TAAAA	2	10	434229	434238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021890	AGAAA	2	10	439903	439912	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021890	CTCTT	2	10	439942	439951	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_021890	GAAGA	3	15	439952	439966	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021890	AAATT	2	10	440236	440245	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021890	AATTT	2	10	440257	440266	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021890	ATAGA	2	10	453528	453537	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021890	TAAAA	2	10	468465	468474	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021890	CAAAA	2	10	488912	488921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021890	AATCT	2	10	506253	506262	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021890	TTTCT	2	10	511852	511861	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021890	CCTTT	2	10	512861	512870	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021890	TAAAA	2	10	517878	517887	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021890	AGGAA	2	10	519801	519810	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021890	ATGAA	2	10	519825	519834	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021890	CAAAA	2	10	528052	528061	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021890	TTTTC	2	10	539935	539944	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021890	AAAAG	2	10	561189	561198	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021890	GAAAA	2	10	568373	568382	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021890	ATTTT	2	10	569810	569819	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021890	ATACT	2	10	575883	575892	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_021890	AAAGG	2	10	584839	584848	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021890	TTTCC	2	10	632433	632442	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_021890	ATTAA	2	10	640387	640396	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021890	TCGTC	2	10	653285	653294	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021890	GCAAA	2	10	674851	674860	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021890	TATCG	2	10	676072	676081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021890	TAAAA	2	10	688906	688915	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021890	TTTAT	2	10	700861	700870	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021890	TCATG	2	10	701056	701065	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021890	AAAAC	2	10	705168	705177	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021890	TTATT	2	10	717582	717591	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021890	GAAGA	2	10	740474	740483	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021890	AGAAT	2	10	763284	763293	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021890	AGGGG	2	10	763515	763524	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021890	AGGTA	2	10	787467	787476	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021890	TCCTT	2	10	788650	788659	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_021890	TTTCT	2	10	808066	808075	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021890	AGAAA	2	10	816598	816607	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021890	AAGAG	2	10	828437	828446	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021890	CTTTT	2	10	862730	862739	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021890	TGGGA	2	10	866126	866135	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021890	AGAAA	2	10	867086	867095	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021890	GAAGA	2	10	879260	879269	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021890	AGAAT	2	10	884511	884520	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021890	GAAGC	2	10	890476	890485	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021890	AAGGC	2	10	893192	893201	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021890	AATTA	2	10	893361	893370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021890	GAAAA	2	10	916959	916968	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021890	GAACG	2	10	917578	917587	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021890	CTTTT	2	10	922552	922561	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021890	TAGAA	2	10	931021	931030	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021890	CTTTT	2	10	947061	947070	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_021890	TTTTA	2	10	947806	947815	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021890	AGAGC	2	10	950094	950103	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_021890	TCGTT	2	10	978170	978179	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021890	TTCTT	2	10	981126	981135	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021890	CTTCA	2	10	1003011	1003020	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_021890	CTAGT	2	10	1009868	1009877	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_021890	TAAAA	2	10	1025863	1025872	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021890	ATAAA	2	10	1025894	1025903	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021890	CGGGG	2	10	1047304	1047313	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
118	NC_021890	TATTT	2	10	1049462	1049471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021890	TAGAA	2	10	1060890	1060899	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021890	AAAAT	2	10	1060921	1060930	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021890	ATATT	2	10	1083160	1083169	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021890	TTTTA	2	10	1083214	1083223	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.