MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F(s)/342

Total Repeats: 390

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021890	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021890	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021890	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021890	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021890	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021890	TATT	2	8	9311	9318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021890	AGAA	2	8	11205	11212	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021890	AAGG	2	8	13441	13448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021890	CAAA	2	8	16075	16082	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_021890	TGCG	2	8	18529	18536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_021890	GCCA	2	8	21023	21030	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021890	CGCT	2	8	21271	21278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021890	TTAA	2	8	21292	21299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021890	GTTA	2	8	21329	21336	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021890	GATC	2	8	21384	21391	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021890	ATTG	2	8	27942	27949	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021890	TGTT	2	8	43819	43826	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021890	AATA	2	8	44058	44065	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021890	AAGT	2	8	47981	47988	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021890	TATT	2	8	52291	52298	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021890	GTTT	2	8	54151	54158	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021890	TGTT	2	8	54159	54166	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021890	TAAT	2	8	54203	54210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021890	AGCT	2	8	56604	56611	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_021890	GGTT	2	8	57307	57314	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021890	GGAA	2	8	58759	58766	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021890	TAGA	2	8	58884	58891	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021890	TGAA	2	8	58989	58996	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021890	CAGA	2	8	60815	60822	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_021890	ACAA	2	8	67459	67466	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021890	AAGG	2	8	67557	67564	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021890	GATA	2	8	72038	72045	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021890	TCTA	2	8	76697	76704	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021890	GTTT	2	8	79472	79479	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021890	ATTC	2	8	79675	79682	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_021890	GGTT	2	8	79825	79832	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021890	GTTT	2	8	88130	88137	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021890	TTTA	2	8	88153	88160	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021890	GTTT	2	8	88165	88172	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021890	GTTT	2	8	88216	88223	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021890	AACA	2	8	88229	88236	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_021890	GAAT	2	8	90483	90490	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021890	AAGT	2	8	90515	90522	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021890	AAAT	2	8	93760	93767	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021890	TATT	2	8	97791	97798	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021890	GATT	2	8	100263	100270	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021890	ATTG	2	8	100527	100534	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021890	TATC	2	8	101666	101673	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021890	AAGA	2	8	106778	106785	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021890	CTGG	2	8	120490	120497	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_021890	CTTC	2	8	120989	120996	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_021890	AAAG	2	8	122529	122536	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021890	TCTA	2	8	122598	122605	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021890	GTTT	2	8	134951	134958	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021890	TTCT	2	8	137537	137544	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021890	AATT	2	8	137563	137570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021890	ATCT	2	8	151669	151676	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_021890	GCTG	2	8	151708	151715	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021890	AACG	2	8	152531	152538	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021890	TGTT	2	8	152699	152706	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021890	CTTT	2	8	153330	153337	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021890	TGTT	2	8	157283	157290	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021890	AAAG	2	8	158125	158132	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021890	TTTA	2	8	158134	158141	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021890	TAAT	2	8	158251	158258	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021890	TAAT	2	8	159086	159093	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021890	GCTT	2	8	161722	161729	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_021890	CTTC	2	8	165793	165800	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021890	TTAG	2	8	170202	170209	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021890	AAAC	2	8	171949	171956	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021890	GTAT	2	8	173131	173138	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021890	GGAA	2	8	178319	178326	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021890	TGTT	2	8	180150	180157	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021890	TTCC	2	8	181159	181166	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_021890	AAAC	2	8	181262	181269	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021890	AAGA	2	8	182570	182577	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021890	TCGC	2	8	183441	183448	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_021890	AAAC	2	8	186010	186017	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_021890	GGAC	2	8	186369	186376	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021890	CGTA	2	8	187160	187167	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021890	TAAA	2	8	187389	187396	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021890	GTAA	2	8	188978	188985	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021890	AAAG	2	8	188992	188999	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021890	AAGC	2	8	189098	189105	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_021890	AGCA	2	8	189396	189403	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_021890	CTTT	2	8	189767	189774	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021890	ACTC	2	8	189835	189842	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021890	TCAT	2	8	190127	190134	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_021890	TGAA	2	8	191285	191292	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021890	AGGA	2	8	192759	192766	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021890	CTTT	2	8	192965	192972	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021890	GATA	2	8	192981	192988	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021890	CCTT	2	8	193505	193512	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021890	ATGT	2	8	193794	193801	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021890	ACGA	2	8	205894	205901	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_021890	GAAA	2	8	206179	206186	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021890	TAAA	2	8	206980	206987	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021890	CCTT	2	8	219316	219323	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_021890	CTAT	2	8	223006	223013	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021890	GCAA	2	8	223250	223257	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021890	AATT	2	8	224586	224593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021890	CTTG	2	8	224935	224942	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_021890	AAAC	2	8	228665	228672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_021890	AAAT	2	8	246902	246909	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021890	AAGA	2	8	246921	246928	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021890	TTTC	2	8	249522	249529	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021890	TAAA	2	8	250356	250363	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021890	AATA	2	8	254015	254022	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021890	CCAA	2	8	257604	257611	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021890	AAAC	2	8	258211	258218	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021890	TAAA	2	8	267616	267623	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021890	CAAA	2	8	270551	270558	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021890	TCTA	2	8	276918	276925	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_021890	ATTT	2	8	277064	277071	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021890	GTTT	2	8	282906	282913	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021890	AAAG	2	8	282941	282948	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021890	TGCC	2	8	283429	283436	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021890	GGGA	2	8	287277	287284	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021890	CAAA	2	8	287322	287329	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_021890	TAAA	2	8	288419	288426	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021890	GATA	2	8	290080	290087	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021890	AATC	2	8	295205	295212	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_021890	ACAA	2	8	300972	300979	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_021890	GCTT	2	8	302302	302309	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_021890	CCCT	2	8	302869	302876	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
126	NC_021890	TAAA	2	8	305341	305348	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021890	TCCA	2	8	308500	308507	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_021890	TCCC	2	8	308702	308709	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
129	NC_021890	ATTG	2	8	309887	309894	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021890	AATA	2	8	321277	321284	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021890	TAAA	2	8	321298	321305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021890	CAGA	2	8	321306	321313	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021890	AATA	2	8	321373	321380	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021890	CAAT	2	8	331006	331013	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021890	GCTA	2	8	331696	331703	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_021890	TTAA	2	8	337039	337046	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021890	CAGT	2	8	337385	337392	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_021890	TTGT	2	8	337525	337532	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021890	CAAG	2	8	343564	343571	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_021890	GCAA	2	8	362370	362377	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_021890	TTTA	2	8	367071	367078	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021890	CAAA	2	8	367365	367372	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_021890	TAGT	2	8	367678	367685	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021890	AGGC	2	8	369667	369674	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_021890	TCCA	2	8	369723	369730	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_021890	GCTT	2	8	371710	371717	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_021890	TAAA	2	8	371988	371995	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021890	AAAT	2	8	372906	372913	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021890	CCTT	2	8	372928	372935	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_021890	ATCT	2	8	372961	372968	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021890	TAAA	2	8	384740	384747	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021890	TTTA	2	8	394708	394715	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.