MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/953

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021889	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021889	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021889	GAAAAG	2	12	56366	56377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021889	AGTTGT	2	12	57562	57573	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021889	CTTGTT	2	12	58619	58630	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021889	AAAAAT	2	12	60925	60936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021889	ATCTAG	2	12	76636	76647	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021889	TTTTAG	2	12	115917	115928	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021889	TAAAAA	2	12	120589	120600	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021889	AGAAAA	2	12	182796	182807	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021889	ATTTGC	2	12	188708	188719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021889	TATGAA	3	18	191730	191747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021889	TTTTAC	2	12	217052	217063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021889	AACCCT	2	12	250770	250781	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021889	ATTTTT	2	12	251565	251576	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021889	AGGAGA	2	12	266667	266678	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021889	ATATTA	2	12	275565	275576	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021889	AAAAAG	2	12	319718	319729	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021889	AGAATA	2	12	357198	357209	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021889	TTTTAA	2	12	405364	405375	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021889	TAACTA	2	12	498893	498904	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021889	AAGAAA	2	12	498906	498917	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021889	AGAATA	2	12	504881	504892	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021889	AACTAA	2	12	510614	510625	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021889	TCCCTC	2	12	544636	544647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_021889	AAAAAT	2	12	562608	562619	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021889	TAGGGG	2	12	601776	601787	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021889	TCTTTT	2	12	613770	613781	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021889	TTATTT	2	12	644980	644991	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021889	TATTTT	2	12	750929	750940	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021889	GAGAAA	2	12	798395	798406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021889	TTTTCT	2	12	800853	800864	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021889	ATTTTT	2	12	804632	804643	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021889	TTTTTA	2	12	831071	831082	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021889	TAAGGA	2	12	852067	852078	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021889	CCGGAG	2	12	852985	852996	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021889	CCTCTA	2	12	866130	866141	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021889	TAAGGA	2	12	874111	874122	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021889	CCGGAG	2	12	875029	875040	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021889	GACGGC	2	12	917448	917459	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021889	AAACAA	2	12	919136	919147	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021889	AATTTT	2	12	1038140	1038151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021889	TAAAAT	2	12	1038152	1038163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.