MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/953

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021889	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021889	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021889	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021889	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021889	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021889	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021889	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021889	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021889	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021889	TTTGT	2	10	85122	85131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021889	AATAA	2	10	88121	88130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021889	CTTTT	2	10	94193	94202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021889	ACAAA	2	10	97738	97747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021889	GCTCT	2	10	114018	114027	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021889	TTGCA	2	10	137071	137080	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021889	AAGAG	2	10	138323	138332	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021889	CAAAA	2	10	161798	161807	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021889	GGAAT	2	10	179474	179483	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021889	AGAAA	2	10	182733	182742	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021889	CGATA	2	10	187976	187985	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021889	TATGC	2	10	188927	188936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021889	AAGAA	2	10	189092	189101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021889	CTAAG	2	10	198669	198678	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021889	ATTTC	2	10	217197	217206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021889	CAATA	2	10	220320	220329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021889	TACAA	2	10	244031	244040	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021889	TTTCA	2	10	260142	260151	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021889	AAAGC	2	10	294967	294976	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021889	TGTTT	2	10	297846	297855	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021889	GCAAC	2	10	329860	329869	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021889	CTTGT	2	10	329920	329929	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021889	CCTTT	2	10	330376	330385	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021889	AAGGC	2	10	358131	358140	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021889	GCTTC	2	10	360241	360250	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021889	AGTAG	2	10	360318	360327	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021889	TCTCT	2	10	363896	363905	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021889	AACAA	2	10	364279	364288	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021889	AAAAC	2	10	364601	364610	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021889	AAGCG	2	10	400119	400128	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021889	GTATA	2	10	412368	412377	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021889	AGCAA	2	10	412404	412413	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021889	AAAAT	2	10	414253	414262	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021889	CTCTT	2	10	424317	424326	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021889	TAAAA	2	10	426860	426869	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021889	AGAAA	2	10	432534	432543	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021889	CTCTT	2	10	432573	432582	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021889	GAAGA	2	10	432583	432592	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021889	AAATT	2	10	432862	432871	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021889	AATTT	2	10	432883	432892	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021889	ATAGA	2	10	446158	446167	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021889	TAAAA	2	10	461095	461104	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021889	CAAAA	2	10	481496	481505	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021889	AATCT	2	10	498838	498847	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021889	TTTCT	2	10	504438	504447	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021889	CCTTT	2	10	505447	505456	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021889	TAAAA	2	10	510463	510472	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021889	AGGAA	2	10	512447	512456	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021889	ATGAA	2	10	512471	512480	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021889	TTGGA	2	10	519912	519921	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021889	CAAAA	2	10	520678	520687	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021889	TTTTC	2	10	532713	532722	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021889	AAAAG	2	10	553967	553976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021889	GAAAA	2	10	561150	561159	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021889	ATTTT	2	10	562588	562597	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021889	ATACT	2	10	568660	568669	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021889	AAAGG	2	10	577616	577625	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021889	CTTCT	2	10	619053	619062	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021889	TTTCC	2	10	625234	625243	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021889	ATTAA	2	10	633186	633195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021889	TCGTC	2	10	646084	646093	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021889	TAAAA	2	10	681715	681724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021889	TTTAT	2	10	693667	693676	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021889	TCATG	2	10	693862	693871	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021889	AAAAC	2	10	697980	697989	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021889	GAAAA	2	10	703329	703338	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021889	TTATT	2	10	710388	710397	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021889	GAAGA	2	10	733281	733290	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021889	AGGGG	2	10	756323	756332	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021889	ATTTT	2	10	775068	775077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021889	AAAAG	2	10	776901	776910	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021889	AGGTA	2	10	780300	780309	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021889	TCCTT	2	10	781483	781492	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_021889	AAAAC	2	10	792678	792687	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021889	TTTCT	2	10	800899	800908	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021889	AGAAA	2	10	809431	809440	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021889	CTTTT	2	10	855555	855564	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021889	AGAAA	2	10	859906	859915	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021889	GAAGA	2	10	872080	872089	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021889	CTTTT	2	10	877599	877608	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021889	TAGAA	2	10	886068	886077	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021889	CTTTT	2	10	902102	902111	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021889	TTTTA	2	10	902847	902856	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021889	AGAGC	2	10	905135	905144	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021889	AAGAG	2	10	924805	924814	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021889	GCTAG	2	10	924831	924840	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021889	TCGTT	2	10	933217	933226	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021889	TTCTT	2	10	936174	936183	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021889	GCCTG	2	10	952533	952542	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021889	CTTCA	2	10	958014	958023	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_021889	CTAGT	2	10	964872	964881	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021889	TAAAA	2	10	980867	980876	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021889	ATAAA	2	10	980898	980907	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021889	TTGTT	2	10	1002019	1002028	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021889	TATTT	2	10	1004465	1004474	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021889	TAGAA	2	10	1015888	1015897	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021889	TTAGA	2	10	1020528	1020537	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021889	TTTTC	2	10	1034187	1034196	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021889	TTTTA	2	10	1038168	1038177	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.