MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/953

Total Repeats: 352

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021889	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021889	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021889	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021889	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021889	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021889	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021889	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021889	TATT	2	8	9311	9318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021889	AGAA	2	8	11205	11212	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021889	AAGG	2	8	13441	13448	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021889	CAAA	2	8	16075	16082	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021889	TGCG	2	8	18529	18536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021889	GCCA	2	8	21023	21030	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_021889	CGCT	2	8	21271	21278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021889	TTAA	2	8	21292	21299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021889	GTTA	2	8	21329	21336	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021889	GATC	2	8	21384	21391	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021889	ATTG	2	8	27940	27947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021889	TGTT	2	8	43747	43754	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021889	AATA	2	8	43985	43992	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021889	AAGT	2	8	47906	47913	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021889	TATT	2	8	52172	52179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021889	GTTT	2	8	54032	54039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021889	TGTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021889	TAAT	2	8	54084	54091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021889	AGCT	2	8	56482	56489	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_021889	GGTT	2	8	57176	57183	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021889	TAGA	2	8	58817	58824	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021889	TGAA	2	8	58922	58929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021889	ACAA	2	8	67392	67399	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021889	AAGG	2	8	67490	67497	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021889	GATA	2	8	71959	71966	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021889	TCTA	2	8	76618	76625	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021889	GTTT	2	8	79392	79399	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021889	GGTT	2	8	79747	79754	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021889	GTTT	2	8	88054	88061	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021889	TTTA	2	8	88077	88084	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021889	GTTT	2	8	88089	88096	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021889	GTTT	2	8	88140	88147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021889	AACA	2	8	88153	88160	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021889	GAAT	2	8	90407	90414	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021889	AAGT	2	8	90439	90446	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021889	AAAT	2	8	93685	93692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021889	CATT	2	8	94332	94339	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021889	TATT	2	8	97715	97722	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021889	GATA	2	8	99604	99611	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021889	AAGA	2	8	106697	106704	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021889	CTGG	2	8	120411	120418	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021889	TTCC	2	8	122608	122615	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021889	GTTT	2	8	134985	134992	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021889	ATCT	2	8	151705	151712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_021889	GCTG	2	8	151744	151751	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021889	TGTT	2	8	157319	157326	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021889	AAAG	2	8	158161	158168	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021889	TTTA	2	8	158170	158177	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021889	TAAT	2	8	158287	158294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021889	TAAT	2	8	159123	159130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021889	GCTT	2	8	161768	161775	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021889	CTTC	2	8	165839	165846	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021889	TTAG	2	8	170247	170254	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021889	AAAC	2	8	171994	172001	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021889	GTAT	2	8	173176	173183	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021889	GGAA	2	8	178362	178369	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021889	GCTG	2	8	178529	178536	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021889	TTTC	2	8	178816	178823	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_021889	TTGA	2	8	179548	179555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021889	TTCC	2	8	181195	181202	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_021889	TCTA	2	8	181263	181270	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_021889	AATT	2	8	181397	181404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021889	AAGA	2	8	182754	182761	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021889	TCGC	2	8	183616	183623	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_021889	AAAC	2	8	188058	188065	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_021889	GGAC	2	8	188417	188424	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021889	ACGA	2	8	198503	198510	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021889	GAAA	2	8	198789	198796	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021889	TAAA	2	8	199589	199596	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021889	CCTT	2	8	211923	211930	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_021889	CTAT	2	8	215649	215656	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_021889	GCAA	2	8	215893	215900	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021889	AATT	2	8	217230	217237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021889	CTTG	2	8	217579	217586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_021889	AAAC	2	8	221309	221316	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021889	TCCT	2	8	223933	223940	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021889	AAAT	2	8	239548	239555	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021889	AAGA	2	8	239567	239574	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021889	TTTC	2	8	242168	242175	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021889	TAAA	2	8	243002	243009	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021889	AATA	2	8	246661	246668	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021889	GAAA	2	8	248281	248288	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021889	GCAG	2	8	248330	248337	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_021889	CCAA	2	8	250246	250253	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_021889	AAAC	2	8	250844	250851	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_021889	TAAA	2	8	260252	260259	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021889	CAAA	2	8	263187	263194	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021889	ATTT	2	8	269700	269707	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021889	GTTT	2	8	275542	275549	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021889	AAAG	2	8	275577	275584	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021889	TGCC	2	8	276065	276072	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_021889	GGGA	2	8	279913	279920	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021889	TAAA	2	8	281055	281062	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021889	GATA	2	8	282715	282722	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021889	AATC	2	8	287840	287847	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_021889	ACAA	2	8	293604	293611	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_021889	GCTT	2	8	294934	294941	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_021889	CCCT	2	8	295501	295508	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
106	NC_021889	ACTA	2	8	297750	297757	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021889	TAAA	2	8	297973	297980	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021889	TCCA	2	8	301132	301139	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021889	TCCC	2	8	301334	301341	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_021889	ATTG	2	8	302519	302526	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021889	AATA	2	8	313895	313902	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021889	TAAA	2	8	313916	313923	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021889	CAGA	2	8	313924	313931	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_021889	AATA	2	8	313991	313998	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021889	GCTA	2	8	324293	324300	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_021889	TTAA	2	8	329636	329643	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021889	CAGT	2	8	329982	329989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_021889	TTGT	2	8	330120	330127	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021889	CAAG	2	8	336168	336175	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_021889	TTTA	2	8	359675	359682	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021889	CAAA	2	8	359969	359976	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_021889	TAGT	2	8	360279	360286	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021889	GCTT	2	8	364338	364345	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_021889	TAAA	2	8	364616	364623	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021889	AAAT	2	8	365535	365542	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021889	CCTT	2	8	365557	365564	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021889	ATCT	2	8	365590	365597	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021889	TAAA	2	8	377369	377376	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021889	TTTA	2	8	387336	387343	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021889	GATT	2	8	388095	388102	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021889	AATT	2	8	388144	388151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021889	ATAA	2	8	388204	388211	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021889	TTAT	2	8	391537	391544	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021889	GCAA	2	8	391590	391597	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021889	TCAT	2	8	400884	400891	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_021889	CAAA	2	8	403020	403027	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_021889	ATTT	2	8	412439	412446	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021889	AGAA	2	8	412449	412456	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021889	ATTA	2	8	414238	414245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021889	ACTG	2	8	420732	420739	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_021889	CTTT	2	8	420751	420758	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021889	TTCT	2	8	424296	424303	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_021889	AACT	2	8	426528	426535	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_021889	CAAA	2	8	426876	426883	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_021889	ACTC	2	8	431567	431574	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_021889	AAAC	2	8	436599	436606	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_021889	AAAT	2	8	436741	436748	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021889	TAAC	2	8	439307	439314	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_021889	AATT	2	8	444171	444178	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021889	AAAC	2	8	444184	444191	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021889	CTTC	2	8	444326	444333	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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153	NC_021889	TAAT	2	8	450004	450011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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345	NC_021889	TAAT	2	8	1028060	1028067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_021889	TATT	2	8	1038120	1038127	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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350	NC_021889	GGGA	2	8	1038589	1038596	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.