MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F(s)/852

Total Repeats: 46

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021888	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021888	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021888	CCAAGA	2	12	57661	57672	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021888	AGTTGT	2	12	57767	57778	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021888	AAAAAT	2	12	60992	61003	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021888	ATCTAG	2	12	76715	76726	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021888	TTTTAG	2	12	115998	116009	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021888	TAAAAA	2	12	120594	120605	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021888	TTGGTA	2	12	120642	120653	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021888	AGGATC	2	12	121021	121032	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021888	AGAAAA	2	12	182612	182623	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021888	GGATAT	2	12	192082	192093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021888	GAATGC	2	12	193610	193621	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021888	TATGAA	2	12	198123	198134	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021888	TTTTAC	2	12	224445	224456	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_021888	TTTTTA	2	12	258975	258986	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021888	AGGAGA	2	12	274075	274086	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021888	ATATTA	2	12	282971	282982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021888	AAAAAG	2	12	327144	327155	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021888	AGAATA	2	12	364636	364647	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021888	TTTTAA	2	12	412776	412787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021888	ACATCA	2	12	430080	430091	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021888	TAACTA	2	12	506348	506359	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021888	AAGAAA	2	12	506361	506372	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021888	AGAATA	2	12	512335	512346	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021888	AACTAA	2	12	518008	518019	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021888	TCCCTC	2	12	551898	551909	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_021888	AAAAAT	2	12	569870	569881	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021888	TAGGGG	2	12	609023	609034	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021888	TCTTTT	2	12	621008	621019	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021888	TTATTT	2	12	652221	652232	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021888	TATTTT	2	12	758160	758171	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021888	TTTTCT	2	12	808060	808071	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021888	ATTTTT	2	12	811839	811850	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021888	TTTTTA	2	12	838318	838329	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021888	TAAGGA	2	12	859281	859292	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021888	CCGGAG	2	12	860199	860210	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021888	CCTCTA	2	12	873345	873356	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_021888	TAAGGA	2	12	881326	881337	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021888	CGGGGG	3	18	890406	890423	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021888	GGGCGG	2	12	893173	893184	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021888	TAAGGA	2	12	919100	919111	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021888	CCGGAG	2	12	920018	920029	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021888	GACGGC	2	12	962446	962457	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021888	AAACAA	2	12	964134	964145	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021888	TAAAAT	2	12	1083250	1083261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.