MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-L2(s)/46

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021887	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021887	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021887	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021887	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021887	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021887	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021887	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021887	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021887	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021887	TTTGT	2	10	85122	85131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021887	AATAA	2	10	88121	88130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021887	CTTTT	2	10	94193	94202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021887	ACAAA	2	10	97738	97747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021887	GCTCT	2	10	114018	114027	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021887	GCTTC	2	10	122552	122561	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021887	TTGCA	2	10	137034	137043	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021887	CAAAA	2	10	161758	161767	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021887	GGAAT	2	10	179434	179443	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021887	AGAAA	2	10	182693	182702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021887	CGATA	2	10	187936	187945	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021887	TATGC	2	10	188887	188896	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021887	AAGAA	2	10	189052	189061	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021887	CTAAG	2	10	198629	198638	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021887	ATTTC	2	10	217157	217166	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021887	CAATA	2	10	220280	220289	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021887	TACAA	2	10	243991	244000	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021887	TTTCA	2	10	260120	260129	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021887	AAAGC	2	10	294946	294955	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021887	TGTTT	2	10	297825	297834	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021887	GCAAC	2	10	329874	329883	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021887	CTTGT	2	10	329934	329943	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021887	CCTTT	2	10	330392	330401	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021887	AAGGC	2	10	358138	358147	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021887	AGTAG	2	10	360328	360337	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021887	TCTCT	2	10	363899	363908	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021887	AACAA	2	10	364282	364291	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021887	AAAAC	2	10	364606	364615	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021887	AAGCG	2	10	400121	400130	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021887	GTATA	2	10	412368	412377	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021887	AGCAA	2	10	412404	412413	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021887	AAAAT	2	10	414253	414262	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021887	CTCTT	2	10	424322	424331	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_021887	TAAAA	2	10	426864	426873	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021887	AGAAA	2	10	432538	432547	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021887	CTCTT	2	10	432577	432586	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021887	GAAGA	2	10	432587	432596	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021887	AAATT	2	10	432866	432875	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021887	AATTT	2	10	432887	432896	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021887	ATAGA	2	10	446162	446171	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021887	TAAAA	2	10	461099	461108	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021887	CAAAA	2	10	481505	481514	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021887	AATCT	2	10	498847	498856	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021887	TTTCT	2	10	504447	504456	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021887	CCTTT	2	10	505456	505465	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021887	TAAAA	2	10	510471	510480	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021887	AGGAA	2	10	512455	512464	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021887	ATGAA	2	10	512478	512487	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021887	TCCTC	2	10	513577	513586	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_021887	TTGGA	2	10	519918	519927	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021887	CAAAA	2	10	520684	520693	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021887	TTTTC	2	10	532710	532719	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021887	AAAAG	2	10	553977	553986	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021887	GAAAA	2	10	561159	561168	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021887	ATTTT	2	10	562596	562605	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021887	ATACT	2	10	568669	568678	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021887	AAAGG	2	10	577625	577634	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021887	TTTCC	2	10	625243	625252	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021887	TTATT	2	10	644972	644981	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021887	TCGTC	2	10	646075	646084	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021887	AGAAA	2	10	678641	678650	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021887	TTTAT	2	10	693638	693647	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021887	TCATG	2	10	693833	693842	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021887	AAAAC	2	10	697945	697954	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021887	GAAAA	2	10	703295	703304	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021887	TTATT	2	10	710357	710366	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021887	GAAGA	2	10	733259	733268	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021887	AGAAT	2	10	756070	756079	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021887	AGGGG	2	10	756301	756310	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021887	AAAAG	2	10	776876	776885	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021887	AGGTA	2	10	780275	780284	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021887	TCCTT	2	10	781458	781467	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021887	TTTCT	2	10	800883	800892	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021887	AGAAA	2	10	809415	809424	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021887	AAGAG	2	10	821255	821264	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021887	CTTTT	2	10	855580	855589	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021887	AGAAA	2	10	859931	859940	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021887	GAAGA	2	10	872105	872114	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021887	CTTTT	2	10	877624	877633	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021887	TAGAA	2	10	886093	886102	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021887	CTTTT	2	10	902127	902136	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021887	AGAGC	2	10	905160	905169	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021887	AAGAG	2	10	924830	924839	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021887	GCTAG	2	10	924856	924865	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021887	TCGTT	2	10	933242	933251	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021887	TTCTT	2	10	936199	936208	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021887	GCCTG	2	10	952558	952567	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021887	CTTCA	2	10	958039	958048	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021887	CTAGT	2	10	964897	964906	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021887	TAAAA	2	10	980892	980901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021887	ATAAA	2	10	980923	980932	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021887	TTGTT	2	10	1002044	1002053	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021887	TATTT	2	10	1004490	1004499	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021887	TAGAA	2	10	1015913	1015922	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021887	TTAGA	2	10	1020553	1020562	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021887	TTTTC	2	10	1034212	1034221	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021887	TTTTA	2	10	1038193	1038202	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.