MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USMARC_2286

Total Repeats: 988

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021883	CGGGGC	2	12	2877	2888	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	526467400
2	NC_021883	AGTCGT	2	12	9593	9604	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526467404
3	NC_021883	GCAATG	2	12	11056	11067	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526467405
4	NC_021883	GATTAC	2	12	13325	13336	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526467406
5	NC_021883	TATATG	2	12	13492	13503	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	526467406
6	NC_021883	CAGCCA	2	12	13812	13823	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	526467406
7	NC_021883	AATTTT	2	12	33251	33262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526467424
8	NC_021883	TAATTT	2	12	33527	33538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526467424
9	NC_021883	AACAAG	2	12	34924	34935	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526467427
10	NC_021883	AAACAA	2	12	37096	37107	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	526467429
11	NC_021883	TTTACT	2	12	41021	41032	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	526467433
12	NC_021883	AAAGCC	2	12	43783	43794	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467437
13	NC_021883	AACCCA	2	12	43867	43878	50 %	0 %	0 %	50 %	526467437
14	NC_021883	TCGGCT	2	12	44783	44794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	526467232
15	NC_021883	AAACGC	2	12	49710	49721	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467445
16	NC_021883	AGCAGG	2	12	62467	62478	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	526467460
17	NC_021883	CCAGAA	2	12	67923	67934	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467464
18	NC_021883	TTCAAA	2	12	82671	82682	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526467476
19	NC_021883	TAGAAT	2	12	90719	90730	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	526467482
20	NC_021883	AAAATC	2	12	91949	91960	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	526467483
21	NC_021883	TTAGCA	2	12	92511	92522	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526467484
22	NC_021883	TGTGAT	2	12	93110	93121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526467486
23	NC_021883	ACCTAA	2	12	95135	95146	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	526467488
24	NC_021883	CGTTTA	2	12	95837	95848	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526467489
25	NC_021883	TGGCGA	2	12	98351	98362	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	526467493
26	NC_021883	ATGGGA	2	12	100856	100867	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	526467497
27	NC_021883	AGCACA	2	12	107184	107195	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467506
28	NC_021883	GCACAA	2	12	107611	107622	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467506
29	NC_021883	GCGATT	2	12	109256	109267	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526467507
30	NC_021883	GTGCTG	2	12	110660	110671	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	526467509
31	NC_021883	GGGAAT	2	12	110761	110772	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	526467509
32	NC_021883	CACCAA	2	12	114692	114703	50 %	0 %	0 %	50 %	526467514
33	NC_021883	AATCCG	2	12	118680	118691	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526467517
34	NC_021883	TTTGGG	2	12	123442	123453	0 %	50 %	50 %	0 %	526467522
35	NC_021883	ATAATT	2	12	129659	129670	50 %	50 %	0 %	0 %	526467528
36	NC_021883	GCAATC	2	12	133316	133327	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526467531
37	NC_021883	CAATAC	2	12	136331	136342	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	526467532
38	NC_021883	AAAACA	2	12	139251	139262	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	526467534
39	NC_021883	AATATC	2	12	142388	142399	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526467537
40	NC_021883	TTGGGT	2	12	143432	143443	0 %	50 %	50 %	0 %	526467538
41	NC_021883	GAATCA	2	12	146734	146745	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	526467543
42	NC_021883	AGAACA	2	12	153099	153110	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526467548
43	NC_021883	TAAGGC	2	12	158639	158650	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526467553
44	NC_021883	GAAGCT	2	12	160394	160405	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526467554
45	NC_021883	CCATTG	2	12	162219	162230	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	526467556
46	NC_021883	TGAAGA	2	12	165940	165951	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526467560
47	NC_021883	GTGGCG	2	12	165953	165964	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	526467560
48	NC_021883	CAATAA	2	12	166739	166750	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	526467560
49	NC_021883	CAGAGG	2	12	167397	167408	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	526467561
50	NC_021883	TAGACC	2	12	167449	167460	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526467561
51	NC_021883	TAGCTT	2	12	167826	167837	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526467561
52	NC_021883	TAAATT	2	12	169776	169787	50 %	50 %	0 %	0 %	526467563
53	NC_021883	AAGCCA	2	12	170917	170928	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467565
54	NC_021883	TTGCCG	2	12	172946	172957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	526467567
55	NC_021883	CACTAA	2	12	175576	175587	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	526467571
56	NC_021883	ACTTTC	2	12	176960	176971	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	526467573
57	NC_021883	AATTAA	2	12	178808	178819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	526467576
58	NC_021883	TAATCC	2	12	179523	179534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	526467577
59	NC_021883	AAAAAT	2	12	179899	179910	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	526467577
60	NC_021883	GGGCGA	2	12	184554	184565	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	526467581
61	NC_021883	AGCGAG	2	12	185397	185408	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	526467582
62	NC_021883	GCGGCA	2	12	185685	185696	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	526467582
63	NC_021883	GGAAAA	2	12	187109	187120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	526467582
64	NC_021883	TTAAGT	2	12	187286	187297	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	526467583
65	NC_021883	ACCGAT	2	12	187551	187562	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526467583
66	NC_021883	TGGGTG	2	12	192503	192514	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	526467235
67	NC_021883	TAAAGG	2	12	194163	194174	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526467237
68	NC_021883	TCAATA	2	12	202674	202685	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526467596
69	NC_021883	TTTTGT	2	12	205007	205018	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	526467598
70	NC_021883	AAAGCC	2	12	210694	210705	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467603
71	NC_021883	CGGTAG	2	12	211507	211518	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	526467603
72	NC_021883	GTTTAG	2	12	215406	215417	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526467606
73	NC_021883	CAAAGC	2	12	216728	216739	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467607
74	NC_021883	AATATC	2	12	217831	217842	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526467609
75	NC_021883	GCGGAA	2	12	220537	220548	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	526467612
76	NC_021883	TTGGGT	2	12	220909	220920	0 %	50 %	50 %	0 %	526467612
77	NC_021883	GTTGCC	2	12	221855	221866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	526467612
78	NC_021883	TAAAGA	2	12	222750	222761	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467613
79	NC_021883	ATTTTA	2	12	224140	224151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526467613
80	NC_021883	ATTGAT	2	12	224806	224817	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	526467614
81	NC_021883	TATTTA	2	12	228590	228601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526467618
82	NC_021883	AGCTCC	2	12	232161	232172	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	526467626
83	NC_021883	ATAAAG	2	12	234478	234489	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467627
84	NC_021883	TGGGCT	2	12	235037	235048	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	526467628
85	NC_021883	TCAATA	2	12	235932	235943	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526467629
86	NC_021883	CGATTG	2	12	242680	242691	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526467638
87	NC_021883	AATAGA	2	12	244227	244238	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467639
88	NC_021883	AATGAC	2	12	246267	246278	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	526467640
89	NC_021883	ATTCAT	2	12	248956	248967	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	526467641
90	NC_021883	AGAAAA	2	12	249533	249544	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	526467641
91	NC_021883	TCTGGC	2	12	253161	253172	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	526467643
92	NC_021883	TGGATT	2	12	254869	254880	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526467645
93	NC_021883	ACGAAA	2	12	258571	258582	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526467648
94	NC_021883	ATCTAA	2	12	261575	261586	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526467651
95	NC_021883	ATAAAG	2	12	276224	276235	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467664
96	NC_021883	TGATTT	2	12	278822	278833	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	526467667
97	NC_021883	AAATAG	2	12	283930	283941	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467669
98	NC_021883	GTCCAC	2	12	284881	284892	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	526467670
99	NC_021883	AGGTAG	2	12	285827	285838	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	526467670
100	NC_021883	TGTGAT	2	12	286323	286334	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526467671
101	NC_021883	CACTAT	2	12	288217	288228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	526467674
102	NC_021883	CATTTT	2	12	291089	291100	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	526467678
103	NC_021883	GAAGTG	2	12	291516	291527	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	526467678
104	NC_021883	ACCAAA	2	12	296655	296666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	526467679
105	NC_021883	TAAAGA	2	12	300278	300289	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467681
106	NC_021883	TGAATG	2	12	303679	303690	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	526467683
107	NC_021883	TACCTT	2	12	304874	304885	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	526467683
108	NC_021883	CTTCGG	2	12	305620	305631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	526467684
109	NC_021883	TGTTGG	2	12	308418	308429	0 %	50 %	50 %	0 %	526467688
110	NC_021883	ATTTTA	2	12	308958	308969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526467688
111	NC_021883	CTGTGC	2	12	312297	312308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	526467693
112	NC_021883	AAAGTG	2	12	320192	320203	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526467701
113	NC_021883	AAAGTG	2	12	324005	324016	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526467706
114	NC_021883	GGTCAC	2	12	325214	325225	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	526467706
115	NC_021883	AAAGTG	2	12	325604	325615	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526467706
116	NC_021883	CTTTCC	2	12	327873	327884	0 %	50 %	0 %	50 %	526467709
117	NC_021883	AAAGAG	2	12	333053	333064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	526467714
118	NC_021883	GCCAAA	2	12	334330	334341	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467715
119	NC_021883	TTAGGA	2	12	335114	335125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	526467716
120	NC_021883	ACGAAA	2	12	338601	338612	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526467720
121	NC_021883	CTTCGC	2	12	342081	342092	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	526467725
122	NC_021883	CTTTAG	2	12	350491	350502	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526467734
123	NC_021883	TGCTAA	2	12	350510	350521	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526467734
124	NC_021883	CAAATG	2	12	351547	351558	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	526467734
125	NC_021883	CTAATG	2	12	351709	351720	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526467734
126	NC_021883	ACTGTA	2	12	354717	354728	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526467736
127	NC_021883	ATGGTA	2	12	355924	355935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	526467736
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129	NC_021883	CATTGG	2	12	360025	360036	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526467741
130	NC_021883	CGGTGG	2	12	361758	361769	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	526467743
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132	NC_021883	TAATTT	2	12	365536	365547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526467745
133	NC_021883	CGAATT	2	12	369274	369285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526467748
134	NC_021883	TTTGGG	2	12	374624	374635	0 %	50 %	50 %	0 %	526467754
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138	NC_021883	TACCGG	2	12	379269	379280	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	526467759
139	NC_021883	AAAAGT	2	12	380367	380378	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467759
140	NC_021883	TTGATA	2	12	383691	383702	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	526467765
141	NC_021883	TTTAGT	2	12	383869	383880	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	526467765
142	NC_021883	AGCCTG	2	12	385670	385681	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	526467766
143	NC_021883	TTTTCG	2	12	386632	386643	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	526467766
144	NC_021883	TAAATA	2	12	389058	389069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	526467767
145	NC_021883	AAATAG	2	12	395155	395166	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467772
146	NC_021883	AGTGCA	2	12	397700	397711	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526467774
147	NC_021883	AGCTTT	2	12	401475	401486	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526467777
148	NC_021883	TGCCAG	2	12	407167	407178	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	526467783
149	NC_021883	TTATGC	2	12	409277	409288	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526467784
150	NC_021883	TAAGTG	2	12	414492	414503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	526467790
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152	NC_021883	AAAAGT	2	12	418710	418721	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526467795
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158	NC_021883	TGCGAT	2	12	443186	443197	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526467819
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216	NC_021883	TCGAAA	2	12	593990	594001	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	526467255
217	NC_021883	AAAAGC	2	12	605670	605681	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526467968
218	NC_021883	GGATTT	2	12	608815	608826	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526467970
219	NC_021883	TATCAA	2	12	612834	612845	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526467976
220	NC_021883	TCACGA	2	12	616359	616370	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526467977
221	NC_021883	ATAAAA	2	12	616377	616388	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	526467977
222	NC_021883	CGGTGG	2	12	617729	617740	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	526467979
223	NC_021883	AGCCAG	2	12	620683	620694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	526467982
224	NC_021883	TGGTCG	2	12	621846	621857	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	526467264
225	NC_021883	AAAAAC	2	12	627044	627055	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	526467985
226	NC_021883	GCAAAT	2	12	629892	629903	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	526467988
227	NC_021883	GCTTCT	2	12	630800	630811	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	526467989
228	NC_021883	AGAAAC	2	12	633305	633316	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526467991
229	NC_021883	AGCATT	2	12	633753	633764	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526467992
230	NC_021883	TAAGGG	2	12	635166	635177	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	526467993
231	NC_021883	ACTCAC	2	12	639095	639106	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	526467997
232	NC_021883	TCTCTT	2	12	640618	640629	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	526467997
233	NC_021883	GAAGAC	2	12	642291	642302	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	526467997
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329	NC_021883	AACCCA	2	12	891120	891131	50 %	0 %	0 %	50 %	526468230
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335	NC_021883	TTTCGT	2	12	916135	916146	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	526468255
336	NC_021883	AGGTGC	2	12	919102	919113	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	526468257
337	NC_021883	CTTGGG	2	12	924795	924806	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	526468261
338	NC_021883	ACCGCT	2	12	924831	924842	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	526468261
339	NC_021883	ACTCAG	2	12	925179	925190	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526468261
340	NC_021883	ACGAAA	2	12	931544	931555	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526468275
341	NC_021883	GCCAAT	2	12	935270	935281	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526468277
342	NC_021883	ATGGAA	2	12	939761	939772	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526468284
343	NC_021883	TTATCG	2	12	947437	947448	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526468293
344	NC_021883	GCTTAG	2	12	948177	948188	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526468294
345	NC_021883	GTGCCG	2	12	950020	950031	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	526468297
346	NC_021883	AAACGG	2	12	955071	955082	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	526468305
347	NC_021883	ACTGAT	2	12	957841	957852	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526468308
348	NC_021883	TGGAAC	2	12	958711	958722	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526468309
349	NC_021883	TTAATA	2	12	958928	958939	50 %	50 %	0 %	0 %	526468309
350	NC_021883	TTTCGT	2	12	961203	961214	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	526468311
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441	NC_021883	ATTTAA	2	12	1224711	1224722	50 %	50 %	0 %	0 %	526468537
442	NC_021883	ATTGAA	2	12	1225625	1225636	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	526468537
443	NC_021883	AATTTT	2	12	1227627	1227638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526468539
444	NC_021883	AATCTG	2	12	1229525	1229536	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526468541
445	NC_021883	GACAAA	2	12	1230142	1230153	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526468541
446	NC_021883	GATTTG	2	12	1233389	1233400	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526468544
447	NC_021883	AAATGC	2	12	1234970	1234981	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	526468546
448	NC_021883	ACAACC	2	12	1238782	1238793	50 %	0 %	0 %	50 %	526468549
449	NC_021883	GAAGCT	2	12	1238941	1238952	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526468549
450	NC_021883	GTGAAA	2	12	1240732	1240743	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526468549
451	NC_021883	GTTTTT	2	12	1244883	1244894	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	526468555
452	NC_021883	TCAATA	2	12	1245248	1245259	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526468555
453	NC_021883	GCAAGA	2	12	1246484	1246495	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	526468556
454	NC_021883	TACAAA	2	12	1254027	1254038	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	526468562
455	NC_021883	TTTATG	2	12	1254423	1254434	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	526468562
456	NC_021883	ATTGTG	2	12	1256643	1256654	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526468563
457	NC_021883	AATATG	2	12	1256736	1256747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	526468563
458	NC_021883	AAAAGA	2	12	1260191	1260202	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	526468565
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481	NC_021883	TCTACC	2	12	1324111	1324122	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	526468612
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