MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Mannheimia haemolytica USMARC_2286

Total Repeats: 1109

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_021883	AAATGG	2	12	2384221	2384232	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526469677
1002	NC_021883	TAAGAA	2	12	2384272	2384283	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526469677
1003	NC_021883	TATAAA	2	12	2384421	2384432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1004	NC_021883	TGGCAT	2	12	2387378	2387389	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526469681
1005	NC_021883	ATTTTA	2	12	2388161	2388172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1006	NC_021883	CCGAAA	2	12	2388229	2388240	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526469682
1007	NC_021883	GCGATT	2	12	2388324	2388335	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526469682
1008	NC_021883	TCGGTG	2	12	2395537	2395548	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	526469689
1009	NC_021883	CAAATC	2	12	2396169	2396180	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	526469690
1010	NC_021883	CCCAAA	2	12	2399356	2399367	50 %	0 %	0 %	50 %	526469695
1011	NC_021883	GTTTTT	2	12	2399780	2399791	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_021883	GTCGGT	2	12	2400193	2400204	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	526469696
1013	NC_021883	TATTTT	2	12	2402649	2402660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	526469699
1014	NC_021883	TTGAAA	2	12	2402732	2402743	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	526469699
1015	NC_021883	CTTTGC	2	12	2406237	2406248	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	526469703
1016	NC_021883	AACGCA	2	12	2412496	2412507	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526469710
1017	NC_021883	ATCTCG	2	12	2412938	2412949	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	526469711
1018	NC_021883	CAGAGG	2	12	2412975	2412986	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	526469711
1019	NC_021883	GTTCTT	2	12	2416055	2416066	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	526469716
1020	NC_021883	TTTTGC	2	12	2417856	2417867	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
1021	NC_021883	ATTTCA	2	12	2419077	2419088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1022	NC_021883	GCCTTC	2	12	2422391	2422402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
1023	NC_021883	AATTAA	2	12	2423180	2423191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1024	NC_021883	AAGCTC	2	12	2427191	2427202	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526469723
1025	NC_021883	AGCTAA	2	12	2428473	2428484	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	526469726
1026	NC_021883	CGGTTT	2	12	2428942	2428953	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	526469727
1027	NC_021883	TCAAAT	2	12	2432109	2432120	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526469729
1028	NC_021883	AATCCA	2	12	2433072	2433083	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	526469731
1029	NC_021883	GCCAAA	2	12	2441828	2441839	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526469739
1030	NC_021883	ATTGCG	2	12	2442715	2442726	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	526469740
1031	NC_021883	GTGATG	2	12	2444937	2444948	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	526469742
1032	NC_021883	TTGTAA	2	12	2445953	2445964	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	526469743
1033	NC_021883	TTTCGT	2	12	2447376	2447387	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	526469745
1034	NC_021883	AATTGA	2	12	2449321	2449332	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	526469746
1035	NC_021883	TAAATT	2	12	2452128	2452139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_021883	TTTCGT	2	12	2452500	2452511	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	526469749
1037	NC_021883	TTTTGC	2	12	2453618	2453629	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
1038	NC_021883	ATTTCA	2	12	2454839	2454850	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1039	NC_021883	GCCTTC	2	12	2458269	2458280	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
1040	NC_021883	AATTAA	2	12	2459058	2459069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1041	NC_021883	GCTTTC	2	12	2467425	2467436	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	526469758
1042	NC_021883	TCTTAT	2	12	2471139	2471150	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	526469761
1043	NC_021883	CTAATA	2	12	2471233	2471244	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526469761
1044	NC_021883	CCACTT	2	12	2473104	2473115	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	526469762
1045	NC_021883	CGTAAG	2	12	2473280	2473291	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526469762
1046	NC_021883	TCTAAA	2	12	2476364	2476375	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526469762
1047	NC_021883	CATATA	2	12	2477546	2477557	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	526469764
1048	NC_021883	GAATAT	2	12	2481222	2481233	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	526469764
1049	NC_021883	ATCTTT	2	12	2481636	2481647	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	526469766
1050	NC_021883	ATTAAT	2	12	2483941	2483952	50 %	50 %	0 %	0 %	526469770
1051	NC_021883	TTAATT	2	12	2486172	2486183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	526469773
1052	NC_021883	TACCCA	2	12	2487047	2487058	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	526469774
1053	NC_021883	TTCAAC	2	12	2490320	2490331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	526469776
1054	NC_021883	TCAAAA	2	12	2491480	2491491	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	526469778
1055	NC_021883	GTTTTT	2	12	2497187	2497198	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	526469785
1056	NC_021883	CCGCTT	2	12	2499887	2499898	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	526469789
1057	NC_021883	CCCCTT	2	12	2502365	2502376	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	526469792
1058	NC_021883	ACCAGA	2	12	2504587	2504598	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526467391
1059	NC_021883	AATTCT	2	12	2505117	2505128	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	526469794
1060	NC_021883	TATTGA	2	12	2510579	2510590	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	526469799
1061	NC_021883	GAAAGT	2	12	2510714	2510725	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526469799
1062	NC_021883	CTAAGC	2	12	2512266	2512277	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526469801
1063	NC_021883	CTTTCA	2	12	2513571	2513582	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	526469802
1064	NC_021883	CAAACG	2	12	2514600	2514611	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526469803
1065	NC_021883	ACTTTA	2	12	2516077	2516088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1066	NC_021883	CTATAA	2	12	2527133	2527144	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1067	NC_021883	ACGGCT	2	12	2536060	2536071	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	526469820
1068	NC_021883	CGTTGC	2	12	2536566	2536577	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	526469821
1069	NC_021883	GCAGTA	2	12	2539830	2539841	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	526469826
1070	NC_021883	GCACCG	2	12	2539865	2539876	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	526469826
1071	NC_021883	CGATAC	2	12	2541798	2541809	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526469827
1072	NC_021883	ATCACC	2	12	2542716	2542727	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	526469828
1073	NC_021883	TTACCT	2	12	2548744	2548755	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	526467393
1074	NC_021883	TTCGAT	2	12	2552696	2552707	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526467396
1075	NC_021883	ACTTAG	2	12	2556787	2556798	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526469843
1076	NC_021883	TGCCGC	2	12	2558326	2558337	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	526469845
1077	NC_021883	ATTTCA	2	12	2562002	2562013	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1078	NC_021883	GCCTTC	2	12	2565316	2565327	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
1079	NC_021883	AATTAA	2	12	2566105	2566116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1080	NC_021883	AAAAAC	2	12	2566315	2566326	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1081	NC_021883	TGCATT	2	12	2569255	2569266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	526469850
1082	NC_021883	GATTTG	2	12	2569728	2569739	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526469850
1083	NC_021883	CACGAA	2	12	2579520	2579531	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526469862
1084	NC_021883	CGCCAT	2	12	2580677	2580688	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	526469862
1085	NC_021883	TTATTT	2	12	2587740	2587751	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	526469870
1086	NC_021883	AAGCGG	2	12	2589669	2589680	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	526469871
1087	NC_021883	CTCTTT	2	12	2602971	2602982	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1088	NC_021883	AAACGG	2	12	2607750	2607761	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	526469889
1089	NC_021883	CACGCC	2	12	2608954	2608965	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	526469890
1090	NC_021883	TGAAAG	2	12	2612255	2612266	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526469892
1091	NC_021883	AACCGC	2	12	2612334	2612345	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	526469892
1092	NC_021883	TGATTT	2	12	2615171	2615182	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	526469897
1093	NC_021883	AGCAAC	2	12	2618088	2618099	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	526469899
1094	NC_021883	ATTTCA	2	12	2621026	2621037	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1095	NC_021883	GCCTTC	2	12	2624456	2624467	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
1096	NC_021883	AATTAA	2	12	2625245	2625256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1097	NC_021883	TTTAAA	2	12	2628514	2628525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1098	NC_021883	CTATTC	2	12	2633156	2633167	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1099	NC_021883	CTAAGT	2	12	2633935	2633946	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526469911
1100	NC_021883	ATACCG	2	12	2635158	2635169	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	526469911
1101	NC_021883	AATCGT	2	12	2635178	2635189	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	526469911
1102	NC_021883	ACACGC	2	12	2635212	2635223	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	526469911
1103	NC_021883	CAAAGA	2	12	2636035	2636046	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	526469913
1104	NC_021883	GAAAGT	2	12	2636821	2636832	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	526469914
1105	NC_021883	TGCTTT	2	12	2640926	2640937	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	526469915
1106	NC_021883	GATTAT	2	12	2651140	2651151	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	526469922
1107	NC_021883	TGGGTG	2	12	2653671	2653682	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	526469925
1108	NC_021883	AAGATA	2	12	2654502	2654513	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	526469925
1109	NC_021883	TTAGGT	2	12	2656281	2656292	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	526469927

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.