MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USMARC_2286

Total Repeats: 313

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021883	TATAT	2	10	309	318	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021883	ATTTT	2	10	12167	12176	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021883	TTTAA	2	10	15089	15098	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021883	TAAAT	2	10	15119	15128	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021883	CTAAA	2	10	39638	39647	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021883	GTTTT	2	10	40103	40112	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021883	GTTTT	2	10	41916	41925	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021883	CTTTT	2	10	44381	44390	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021883	TTGTG	2	10	68510	68519	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021883	ACCCC	2	10	72014	72023	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
11	NC_021883	ATTTC	2	10	81301	81310	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021883	TATAA	2	10	91396	91405	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021883	AATTT	2	10	91693	91702	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021883	TTTTG	2	10	99615	99624	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021883	TAAAA	2	10	99691	99700	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021883	ATTTT	2	10	99746	99755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021883	ATTTT	2	10	106343	106352	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021883	AAATA	2	10	129504	129513	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021883	AATGA	2	10	131425	131434	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021883	AAAAG	2	10	131455	131464	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021883	TAAAA	2	10	135183	135192	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021883	CTTTT	2	10	138851	138860	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021883	TTTTC	2	10	148183	148192	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021883	TCACT	2	10	148270	148279	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_021883	CATAT	2	10	183811	183820	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021883	CATTT	2	10	183821	183830	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021883	CTTTT	2	10	188747	188756	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021883	GCTCA	2	10	197235	197244	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021883	ATTTT	2	10	200266	200275	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021883	AAATT	2	10	201536	201545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021883	TAAAA	2	10	203237	203246	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021883	TAAAT	2	10	205855	205864	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021883	TTTGG	2	10	212341	212350	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021883	GTTTT	2	10	224405	224414	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021883	TAGCA	2	10	260549	260558	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_021883	TAAAA	2	10	279347	279356	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021883	TTAAC	2	10	283080	283089	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021883	ATTTA	2	10	317824	317833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021883	TTTAA	2	10	335386	335395	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021883	TGTTT	2	10	363746	363755	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021883	AATCA	2	10	367334	367343	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021883	GAATT	2	10	375415	375424	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021883	ACGGC	2	10	393654	393663	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021883	CTTTT	2	10	400437	400446	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021883	TTTTA	2	10	411002	411011	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021883	CAACG	2	10	411561	411570	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021883	TTTAA	2	10	422639	422648	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021883	ATAAA	2	10	431807	431816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021883	ATTTA	2	10	439037	439046	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021883	AATTC	2	10	445250	445259	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021883	CTTTT	2	10	445385	445394	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021883	GGGAA	2	10	452527	452536	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021883	TAAAA	2	10	456111	456120	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021883	TAAAT	2	10	457240	457249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021883	TCCTT	2	10	476449	476458	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021883	AGAGA	2	10	481470	481479	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021883	ATTTT	2	10	492100	492109	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021883	TTGAA	2	10	494394	494403	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021883	AGTCG	2	10	497527	497536	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021883	AGGTT	2	10	497854	497863	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021883	TTTAA	2	10	499597	499606	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021883	TGGAT	2	10	500824	500833	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021883	ATTTT	2	10	524547	524556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021883	AAATA	2	10	531603	531612	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021883	AAGAC	2	10	563340	563349	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021883	TTCAG	2	10	563358	563367	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021883	AATAA	2	10	568970	568979	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021883	GCCAT	2	10	572868	572877	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021883	CAACC	2	10	582660	582669	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_021883	AGAGA	2	10	614592	614601	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021883	ATAAA	2	10	617556	617565	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021883	TTTTC	2	10	625961	625970	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021883	TCTTT	2	10	628158	628167	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021883	GTGTT	2	10	637225	637234	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021883	TAATA	2	10	673799	673808	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021883	AAAAT	2	10	686963	686972	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021883	TTCGC	2	10	693661	693670	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_021883	AAATG	2	10	709039	709048	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021883	ATTTA	2	10	719931	719940	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021883	ATAAA	2	10	745076	745085	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021883	CTTTT	2	10	751113	751122	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021883	TTTAG	2	10	751151	751160	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021883	AAATG	2	10	763297	763306	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021883	TTTTG	2	10	786486	786495	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021883	CAAAT	2	10	801129	801138	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021883	GTTAA	2	10	801148	801157	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021883	ATAGC	2	10	801348	801357	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021883	GATTT	2	10	832975	832984	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021883	GTTTT	2	10	833432	833441	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021883	CAGGG	2	10	839231	839240	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021883	CGAGC	2	10	839269	839278	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_021883	CGAGA	2	10	848700	848709	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021883	AAAAT	2	10	871717	871726	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021883	AATAA	2	10	873895	873904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021883	AAGAA	2	10	882296	882305	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021883	GATAA	2	10	888609	888618	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021883	GAAAA	2	10	892249	892258	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021883	GAATT	2	10	900986	900995	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021883	TATCA	2	10	900996	901005	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021883	TTCAC	2	10	901071	901080	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_021883	GAGCG	2	10	905091	905100	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021883	GCAAA	2	10	905187	905196	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021883	TGCTT	2	10	933004	933013	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021883	AATTC	2	10	936513	936522	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021883	ACGAA	2	10	971002	971011	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021883	TCAAA	2	10	972010	972019	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021883	CTTTT	2	10	972351	972360	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021883	GATGA	2	10	977442	977451	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021883	TTTTG	2	10	978839	978848	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021883	TTTAT	2	10	996521	996530	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021883	ATTTT	2	10	998277	998286	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021883	TGAGG	2	10	998873	998882	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021883	GTTTT	2	10	1015890	1015899	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021883	TATAA	2	10	1034275	1034284	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021883	ATTTT	2	10	1040439	1040448	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021883	AAACA	2	10	1048539	1048548	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_021883	GATTT	2	10	1048980	1048989	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021883	GAAAC	2	10	1052800	1052809	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021883	TAAAA	2	10	1056591	1056600	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021883	TTTTA	2	10	1056788	1056797	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021883	TAATA	2	10	1061308	1061317	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021883	TATAA	2	10	1061371	1061380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021883	AATCC	2	10	1069289	1069298	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_021883	TTACC	2	10	1074145	1074154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_021883	TTGTA	2	10	1075921	1075930	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021883	TCGGG	2	10	1080008	1080017	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_021883	TTTTG	2	10	1087420	1087429	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021883	GTGAT	2	10	1087503	1087512	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021883	ATTTT	2	10	1113661	1113670	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021883	GACCT	2	10	1125786	1125795	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_021883	CTTTT	2	10	1131975	1131984	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_021883	TTTTA	2	10	1143371	1143380	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021883	TATTT	2	10	1146923	1146932	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021883	CCCCT	2	10	1150021	1150030	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
135	NC_021883	CTTAC	2	10	1152711	1152720	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_021883	TTGAT	2	10	1172575	1172584	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021883	ACCTA	2	10	1195176	1195185	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_021883	TATTT	2	10	1202979	1202988	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021883	CAGAG	2	10	1214557	1214566	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_021883	ATGCT	2	10	1215534	1215543	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_021883	GTTTT	2	10	1236533	1236542	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021883	GGAAA	2	10	1259463	1259472	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021883	TATTC	2	10	1272893	1272902	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021883	GAGCA	2	10	1299745	1299754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021883	TAACT	2	10	1312342	1312351	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021883	GTTTT	2	10	1324379	1324388	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021883	CTTTT	2	10	1326973	1326982	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_021883	TCAAA	2	10	2435608	2435617	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
287	NC_021883	TTAAA	2	10	2453674	2453683	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_021883	CTAAC	2	10	2455415	2455424	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
289	NC_021883	CGACT	2	10	2455744	2455753	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
290	NC_021883	TCGGT	2	10	2456119	2456128	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_021883	TCGCT	2	10	2457281	2457290	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_021883	TTCAA	2	10	2458993	2459002	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_021883	TTTTA	2	10	2459598	2459607	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_021883	TCTAT	2	10	2507367	2507376	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_021883	ATTCC	2	10	2516353	2516362	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
296	NC_021883	GCAAC	2	10	2519677	2519686	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
297	NC_021883	TTGAA	2	10	2522076	2522085	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
298	NC_021883	AAAAT	2	10	2534513	2534522	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_021883	CTAAC	2	10	2562578	2562587	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
300	NC_021883	CGACT	2	10	2562907	2562916	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
301	NC_021883	TCGGT	2	10	2563282	2563291	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
302	NC_021883	TTCAA	2	10	2566040	2566049	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
303	NC_021883	AATTT	2	10	2570036	2570045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_021883	CTTTC	2	10	2578641	2578650	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
305	NC_021883	ACATT	2	10	2584620	2584629	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
306	NC_021883	CTAAC	2	10	2621602	2621611	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
307	NC_021883	CGACT	2	10	2621931	2621940	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
308	NC_021883	TCGGT	2	10	2622306	2622315	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
309	NC_021883	TCGCT	2	10	2623468	2623477	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
310	NC_021883	TTCAA	2	10	2625180	2625189	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
311	NC_021883	ATCAA	2	10	2639000	2639009	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
312	NC_021883	TTCAA	2	10	2658007	2658016	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
313	NC_021883	AGCGT	2	10	2658441	2658450	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.