MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri TD1

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021872	TAAAAT	2	12	19623	19634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021872	CATTTC	2	12	180172	180183	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021872	TGAAAA	2	12	182322	182333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021872	GCCGAG	2	12	206828	206839	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021872	TGAAAT	2	12	207463	207474	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021872	TGGAAG	2	12	208291	208302	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021872	TAAAAT	2	12	209125	209136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021872	AACGAG	2	12	240057	240068	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021872	ATTAAA	2	12	258495	258506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021872	TCATTA	2	12	287505	287516	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021872	TAAACT	2	12	317847	317858	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021872	TGGTAT	2	12	318988	318999	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021872	AATTAG	2	12	319071	319082	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021872	GCCGAG	2	12	350052	350063	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021872	TGAAAT	2	12	350687	350698	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021872	TGGAAG	2	12	351515	351526	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021872	TCTAGC	2	12	352299	352310	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021872	TGCGTT	2	12	356167	356178	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021872	ATTATA	2	12	392862	392873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021872	TAAAAT	2	12	396274	396285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021872	TAAAAA	2	12	397586	397597	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021872	TAGAAG	2	12	463089	463100	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021872	TTAACG	2	12	493073	493084	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021872	TGATGG	2	12	493351	493362	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021872	ACTTTT	2	12	495095	495106	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021872	TGCTAT	2	12	498118	498129	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021872	TTCTCT	2	12	504567	504578	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_021872	AAAATT	2	12	525691	525702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021872	TAATAG	2	12	528889	528900	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021872	TGAGAG	2	12	596222	596233	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021872	GCCGAG	2	12	666469	666480	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_021872	TGAAAT	2	12	667104	667115	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021872	TGGAAG	2	12	667932	667943	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021872	AGCTAG	2	12	672353	672364	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021872	AATCCT	2	12	679139	679150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021872	GCCGAG	2	12	685535	685546	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021872	TGAAAT	2	12	686170	686181	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021872	TGGAAG	2	12	686998	687009	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021872	TCTAGC	2	12	687350	687361	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021872	TATTTA	2	12	757219	757230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021872	TAAAAA	2	12	761761	761772	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021872	TTTATC	2	12	782974	782985	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021872	TTTTTA	2	12	800657	800668	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021872	GATATT	2	12	806962	806973	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021872	TTTTTA	2	12	808408	808419	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021872	AATTTT	2	12	846710	846721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021872	TCATTA	2	12	859703	859714	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021872	CATGAT	2	12	878441	878452	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021872	TAATTA	2	12	888995	889006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021872	TTTAAC	2	12	904112	904123	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021872	AAATTT	2	12	906114	906125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021872	ATCACA	2	12	913953	913964	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021872	ATCACA	2	12	914088	914099	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021872	GCCTCA	2	12	914173	914184	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_021872	ATCACA	2	12	914568	914579	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021872	GCCTCA	2	12	914584	914595	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_021872	GCCTCA	2	12	914653	914664	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021872	ATCACA	2	12	914979	914990	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021872	GCCTCA	2	12	914995	915006	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021872	ATCACA	2	12	915048	915059	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_021872	CCTCAG	2	12	915065	915076	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_021872	ATCACA	2	12	915117	915128	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021872	GCCTCA	2	12	915133	915144	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021872	ATCACA	2	12	915186	915197	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021872	CCTCAG	2	12	915203	915214	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021872	ATCACA	2	12	915255	915266	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021872	ATCACA	2	12	915393	915404	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021872	GCCTCA	2	12	915409	915420	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021872	ATCACA	2	12	915462	915473	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021872	CCTCAG	2	12	915479	915490	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_021872	GCCTCA	2	12	915547	915558	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_021872	ATCACA	2	12	915873	915884	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021872	GCCTCA	2	12	915889	915900	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021872	ATCACA	2	12	915942	915953	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021872	GCCTCA	2	12	915958	915969	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_021872	ATCACA	2	12	916011	916022	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021872	TTTTAT	2	12	943679	943690	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021872	TGGTGC	2	12	970781	970792	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021872	GATAAA	2	12	976311	976322	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021872	AACCGA	2	12	982363	982374	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_021872	TTTTAA	2	12	985491	985502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021872	AAAACT	2	12	990151	990162	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021872	CAATTA	2	12	990318	990329	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021872	TTAAGA	2	12	990336	990347	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021872	CTTTTT	2	12	997822	997833	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021872	AGCTAG	2	12	1002347	1002358	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021872	GTCCTC	2	12	1086464	1086475	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021872	AGCTAG	2	12	1162926	1162937	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021872	CACTTC	2	12	1165602	1165613	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021872	ATTTCA	2	12	1166432	1166443	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021872	CTCGGC	2	12	1167067	1167078	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_021872	TAGCAT	2	12	1180278	1180289	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021872	TTTTTA	2	12	1182744	1182755	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021872	TCTTTC	2	12	1194817	1194828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_021872	TAATTT	2	12	1214494	1214505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021872	CAAATT	2	12	1227500	1227511	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021872	TCCTTT	2	12	1233905	1233916	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_021872	TTAAAA	2	12	1271751	1271762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021872	GTTTAC	2	12	1291908	1291919	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_021872	TTGCTT	2	12	1293972	1293983	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021872	TTGTTT	2	12	1324498	1324509	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021872	TTATTG	2	12	1393735	1393746	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021872	TTAAAT	2	12	1441955	1441966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021872	TACCTT	2	12	1455843	1455854	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021872	GAGCAG	2	12	1477909	1477920	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021872	TCTAGC	2	12	1516954	1516965	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_021872	CACTTC	2	12	1520492	1520503	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021872	ATTTCA	2	12	1521322	1521333	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_021872	CTCGGC	2	12	1521957	1521968	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021872	TCAAAG	2	12	1564069	1564080	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021872	AATATA	2	12	1608806	1608817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021872	TTCAAA	2	12	1685000	1685011	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021872	CTTAAT	2	12	1700268	1700279	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021872	TTTATA	2	12	1703386	1703397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021872	ATAAAA	2	12	1740248	1740259	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021872	ATATTA	2	12	1767300	1767311	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021872	CCTTGA	2	12	1774670	1774681	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_021872	TCTTTT	2	12	1793702	1793713	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_021872	AAAAAC	2	12	1821166	1821177	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_021872	TTTTGC	2	12	1821305	1821316	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021872	ATCCTT	2	12	1837331	1837342	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_021872	TTTTAC	2	12	1865407	1865418	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_021872	TTTAAT	2	12	1876535	1876546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021872	AAAAGA	2	12	1895380	1895391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021872	TCTTAT	2	12	1905070	1905081	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021872	ACAAAA	2	12	1914172	1914183	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_021872	TAGCAA	2	12	2007562	2007573	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_021872	AGAGTA	2	12	2023892	2023903	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021872	TTATTT	2	12	2026786	2026797	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021872	AATATT	2	12	2044504	2044515	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021872	CAAAAT	2	12	2049030	2049041	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_021872	TAATCT	2	12	2057713	2057724	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021872	AAAAAC	2	12	2064213	2064224	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_021872	ATAAAA	2	12	2083844	2083855	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021872	ATAAAA	2	12	2098113	2098124	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021872	TTTTAA	2	12	2109058	2109069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.