MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus reuteri TD1

Total Repeats: 370

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021872	GTTTT	2	10	2722	2731	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021872	TAAAG	2	10	9287	9296	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021872	ACCAA	2	10	10387	10396	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_021872	TGATA	2	10	11857	11866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021872	AAGAT	2	10	21908	21917	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021872	AATTA	2	10	29847	29856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021872	GATTT	2	10	32089	32098	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021872	ACCTA	2	10	37196	37205	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021872	AAATT	2	10	37283	37292	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021872	AATTA	2	10	37315	37324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021872	TTTAA	2	10	50298	50307	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021872	ATATT	2	10	50721	50730	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021872	ATTAA	2	10	52998	53007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021872	AATGA	2	10	58676	58685	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021872	TAACT	2	10	81226	81235	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021872	TTAAC	2	10	85537	85546	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021872	TATCT	2	10	91279	91288	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021872	ATTTT	2	10	91850	91859	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021872	TCTTT	2	10	95036	95045	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021872	CATAC	2	10	98502	98511	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_021872	ATTTT	2	10	100229	100238	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021872	TAAAA	2	10	103495	103504	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021872	TAAAA	2	10	108117	108126	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021872	AATTT	2	10	115267	115276	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021872	ACTTA	2	10	138955	138964	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021872	AGTTT	2	10	139382	139391	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021872	ATAGT	2	10	139470	139479	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021872	TCTTT	2	10	145418	145427	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021872	CTTTT	2	10	155350	155359	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021872	ATGGA	2	10	162077	162086	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021872	AATTA	2	10	165175	165184	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021872	TTTTA	2	10	165232	165241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021872	AATAC	2	10	171774	171783	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021872	TTTAA	2	10	172527	172536	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021872	TAAAG	2	10	173124	173133	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021872	TTTTC	2	10	173141	173150	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021872	TGTAA	2	10	173176	173185	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021872	AGTAA	2	10	173467	173476	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021872	TAAAA	2	10	173931	173940	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021872	ATTTT	2	10	175103	175112	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021872	ATTTT	2	10	182278	182287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021872	GGTAA	2	10	203938	203947	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021872	GTCTG	2	10	204421	204430	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021872	TCGTG	2	10	204755	204764	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021872	AACAA	2	10	205336	205345	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021872	GAGAT	2	10	208227	208236	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021872	TCTTT	2	10	208581	208590	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021872	ATGAA	2	10	214515	214524	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021872	AAGTT	2	10	219954	219963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021872	TAGCT	2	10	228411	228420	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021872	TAAGT	2	10	232057	232066	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021872	CGTGC	2	10	240647	240656	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_021872	AAAAT	2	10	249016	249025	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021872	GGCAC	2	10	272400	272409	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021872	ATGAC	2	10	323806	323815	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021872	ATTAA	2	10	325829	325838	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021872	TATAT	2	10	328638	328647	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021872	TTAGA	2	10	328661	328670	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021872	CGTGC	2	10	329958	329967	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021872	AGAAT	2	10	344383	344392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021872	AAACA	2	10	346804	346813	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021872	GGTAA	2	10	347162	347171	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021872	GTCTG	2	10	347645	347654	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021872	TCGTG	2	10	347979	347988	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021872	AACAA	2	10	348560	348569	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021872	GAGAT	2	10	351451	351460	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021872	TTATT	2	10	360742	360751	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021872	GATTT	2	10	361137	361146	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021872	CCTCT	2	10	369868	369877	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_021872	TAAAC	2	10	374650	374659	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_021872	TTTCC	2	10	374670	374679	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_021872	CAATA	2	10	396264	396273	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021872	AATTC	2	10	397563	397572	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021872	ATTTA	2	10	398120	398129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021872	ATTAT	2	10	398163	398172	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021872	TTCTT	2	10	402648	402657	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_021872	TATTT	2	10	414755	414764	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021872	TTAAG	2	10	426671	426680	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021872	TTTTA	2	10	431669	431678	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021872	AATTT	2	10	433106	433115	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021872	AATTT	2	10	434772	434781	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021872	GTAAA	2	10	435365	435374	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021872	TAACT	2	10	439376	439385	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021872	AAGCC	2	10	440499	440508	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_021872	TAACT	2	10	462247	462256	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021872	TTTTA	2	10	473116	473125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021872	ATTTA	2	10	475304	475313	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021872	AGTAT	2	10	475385	475394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021872	ATATT	2	10	476288	476297	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021872	AAGAG	2	10	477623	477632	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021872	ATTTT	2	10	481241	481250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021872	ATATA	2	10	481431	481440	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021872	ATTTT	2	10	483047	483056	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021872	TTTGG	2	10	484492	484501	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021872	ATATG	2	10	486244	486253	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021872	CGTGC	2	10	490407	490416	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021872	TTTTA	2	10	491102	491111	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021872	ATGAG	2	10	493016	493025	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021872	ATTTT	2	10	495061	495070	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021872	GAAAT	2	10	499207	499216	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021872	AATAA	2	10	502467	502476	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021872	AAACT	2	10	512966	512975	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021872	TAAAT	2	10	515187	515196	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021872	GAAGA	2	10	516049	516058	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021872	AAAAT	2	10	516074	516083	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021872	TTATT	2	10	516360	516369	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021872	TAACT	2	10	519555	519564	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021872	TATTT	2	10	520532	520541	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021872	TACCA	2	10	520542	520551	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_021872	GTATA	2	10	524663	524672	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021872	TTTAT	2	10	524685	524694	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021872	CTATA	2	10	526491	526500	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021872	TATAT	2	10	526691	526700	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021872	TTTTA	2	10	528008	528017	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021872	AATAA	2	10	552592	552601	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021872	AACAA	2	10	559971	559980	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_021872	TAACT	2	10	571774	571783	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_021872	TATAA	2	10	573137	573146	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021872	TATAT	2	10	574962	574971	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021872	CTATC	2	10	575324	575333	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_021872	AAAAG	2	10	585161	585170	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021872	TCTTT	2	10	591619	591628	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_021872	TATAA	2	10	593601	593610	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021872	CCTAT	2	10	593647	593656	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_021872	TAACT	2	10	599369	599378	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_021872	TAAAA	2	10	647237	647246	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021872	TATTT	2	10	656693	656702	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021872	ATAAA	2	10	656809	656818	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021872	TTTTA	2	10	659198	659207	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021872	GGTAA	2	10	663379	663388	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021872	GTCTG	2	10	663862	663871	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_021872	TCGTG	2	10	664196	664205	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_021872	AACAA	2	10	664977	664986	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_021872	GAGAT	2	10	667868	667877	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021872	ACTTT	2	10	675067	675076	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021872	TAACT	2	10	678442	678451	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_021872	GGTAA	2	10	682445	682454	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021872	GTCTG	2	10	682928	682937	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_021872	TCGTG	2	10	683262	683271	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_021872	AACAA	2	10	684043	684052	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_021872	GAGAT	2	10	686934	686943	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021872	TTTGG	2	10	725583	725592	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021872	TAAGT	2	10	739643	739652	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021872	TGGCT	2	10	739880	739889	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021872	GCAAT	2	10	762130	762139	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021872	ATATT	2	10	765602	765611	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021872	ATATA	2	10	772976	772985	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021872	AATAA	2	10	782253	782262	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021872	TTGTT	2	10	788368	788377	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021872	ATAAA	2	10	800614	800623	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021872	AAAGG	2	10	803017	803026	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_021872	AATGA	2	10	855597	855606	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_021872	TCATT	2	10	888269	888278	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_021872	AATAT	2	10	906016	906025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_021872	CGTGC	2	10	1045422	1045431	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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195	NC_021872	AACAA	2	10	1079833	1079842	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
196	NC_021872	GAAAA	2	10	1080031	1080040	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_021872	AATTA	2	10	1083577	1083586	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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262	NC_021872	TTGTT	2	10	1523451	1523460	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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269	NC_021872	TAGCT	2	10	1563426	1563435	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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273	NC_021872	CGTGC	2	10	1594883	1594892	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
274	NC_021872	CTATA	2	10	1595884	1595893	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
275	NC_021872	GAAAT	2	10	1600591	1600600	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
276	NC_021872	GTTAT	2	10	1600631	1600640	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
277	NC_021872	CGTGC	2	10	1601164	1601173	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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284	NC_021872	AAGAA	2	10	1625389	1625398	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
285	NC_021872	TAAAA	2	10	1649771	1649780	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_021872	TAAAA	2	10	1685037	1685046	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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332	NC_021872	GCACG	2	10	1918318	1918327	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.