MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus O1:K33 str. CDC_K4557 chromosome I

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021848	TGAAAT	2	12	2009	2020	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021848	TGTAAA	2	12	100504	100515	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021848	TGAAAT	2	12	111967	111978	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021848	TAAAAT	2	12	116206	116217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021848	ACAAAA	2	12	116340	116351	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021848	TCTTTC	2	12	185050	185061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021848	ATAACT	2	12	323111	323122	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021848	TTGATG	2	12	418971	418982	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021848	TTTTTG	2	12	499412	499423	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021848	GAACAA	2	12	532855	532866	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021848	TAGATA	2	12	572633	572644	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021848	TTCTTA	2	12	572670	572681	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021848	AATAAG	2	12	610630	610641	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021848	CTTTTT	2	12	649829	649840	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021848	GTATCG	2	12	676823	676834	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_021848	CCCAGA	2	12	677118	677129	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_021848	TCGTAA	2	12	686330	686341	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021848	TGAAAG	2	12	704902	704913	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021848	TAACTT	2	12	745999	746010	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021848	TGATAA	2	12	748574	748585	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021848	GCCTTC	2	12	793087	793098	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_021848	GATTTC	2	12	793798	793809	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021848	CTTGAA	2	12	804031	804042	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021848	GTTAAT	2	12	816013	816024	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021848	TGGTTT	2	12	902894	902905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021848	AGTTTT	2	12	907312	907323	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021848	GGCAAG	2	12	939370	939381	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021848	TTCAGT	2	12	979015	979026	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021848	GCTTTA	2	12	982554	982565	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021848	TCAACT	2	12	1006560	1006571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_021848	GCTTTT	2	12	1020201	1020212	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021848	TTTTTG	2	12	1032365	1032376	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021848	TAAAAA	2	12	1055351	1055362	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021848	ATTTTA	2	12	1082970	1082981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021848	GTATTT	2	12	1093515	1093526	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021848	CAAGGT	2	12	1100805	1100816	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021848	AAAGGA	2	12	1144555	1144566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021848	CATTTG	2	12	1195133	1195144	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021848	TTCATT	2	12	1195157	1195168	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021848	CTTGAT	2	12	1197453	1197464	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021848	TAGCAA	2	12	1201457	1201468	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021848	TTCATT	2	12	1227512	1227523	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021848	TCCTTT	2	12	1229384	1229395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021848	ATATTA	2	12	1386142	1386153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021848	TTCATT	2	12	1400626	1400637	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021848	ATCACA	2	12	1420265	1420276	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_021848	ACACAT	2	12	1455950	1455961	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021848	AAACAA	2	12	1461064	1461075	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021848	ATTTTT	2	12	1467045	1467056	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021848	GTGATG	2	12	1472577	1472588	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021848	TTTCAT	2	12	1474701	1474712	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021848	AAATAA	2	12	1490557	1490568	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021848	ACTTTC	2	12	1499858	1499869	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021848	TTTTCA	2	12	1515086	1515097	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021848	AATATC	2	12	1555240	1555251	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021848	ACTTTT	2	12	1559563	1559574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_021848	TGTTTT	2	12	1561283	1561294	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021848	TTCGCA	2	12	1568496	1568507	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021848	TAATCG	2	12	1582466	1582477	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021848	AACATC	2	12	1587191	1587202	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_021848	GTTTGA	2	12	1597661	1597672	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021848	CAAAAA	2	12	1602480	1602491	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021848	TAACAA	2	12	1628187	1628198	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021848	TACTTA	2	12	1631107	1631118	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_021848	CTATGT	2	12	1637915	1637926	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021848	CTTTCT	2	12	1683256	1683267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021848	ATTGAA	2	12	1757764	1757775	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021848	CAAAAA	2	12	1761077	1761088	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021848	AAAAAG	2	12	1762373	1762384	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021848	GTTTTT	2	12	1794439	1794450	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021848	TAAATA	2	12	1819559	1819570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021848	AGCCTT	2	12	1860720	1860731	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021848	ATCACA	2	12	1872309	1872320	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021848	ATGATT	2	12	1901975	1901986	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021848	AATAAA	2	12	1980767	1980778	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021848	CAAAAA	2	12	2038981	2038992	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021848	ACTTCG	2	12	2058838	2058849	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021848	AGAAAA	2	12	2093113	2093124	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021848	CATCTC	2	12	2094939	2094950	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021848	TATAAA	2	12	2101806	2101817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021848	CCGATT	2	12	2113250	2113261	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_021848	AATGCA	2	12	2114678	2114689	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021848	TAAAAA	2	12	2117685	2117696	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021848	TTTTAT	2	12	2161312	2161323	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021848	CAAAAA	2	12	2179417	2179428	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021848	ATTAGC	2	12	2197014	2197025	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021848	TTTCAA	2	12	2225583	2225594	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021848	ATTGTT	2	12	2233276	2233287	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021848	TTGTCA	2	12	2234751	2234762	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021848	AAAATA	2	12	2237295	2237306	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021848	CTAATA	2	12	2296303	2296314	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021848	TTGTAT	2	12	2297224	2297235	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021848	ATTTCA	2	12	2318734	2318745	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021848	CTCAAT	2	12	2345027	2345038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_021848	GACAGA	2	12	2359799	2359810	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021848	GCAAAA	2	12	2362754	2362765	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021848	ATCAAA	2	12	2373352	2373363	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021848	GCAACA	2	12	2379958	2379969	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021848	TTTTGT	2	12	2387651	2387662	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021848	AAGAAT	2	12	2387790	2387801	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021848	TCCCAC	2	12	2405196	2405207	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_021848	ATCTTT	2	12	2411540	2411551	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021848	ACGTCA	2	12	2452433	2452444	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021848	AAATAA	2	12	2458273	2458284	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021848	CTTATT	2	12	2464586	2464597	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021848	TCGAAA	2	12	2559676	2559687	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021848	CAAAAA	2	12	2576654	2576665	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021848	AAATGT	2	12	2594697	2594708	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021848	CCCAAA	2	12	2604073	2604084	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021848	ATTTCC	2	12	2674479	2674490	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021848	CAATAC	2	12	2726148	2726159	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021848	CACTCA	2	12	2804183	2804194	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_021848	TCTGCA	2	12	2843865	2843876	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_021848	GGATCC	2	12	2868891	2868902	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021848	ATTTCA	2	12	2885027	2885038	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021848	AGAATA	2	12	2892528	2892539	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021848	AAAGCA	2	12	2908921	2908932	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_021848	TTTATC	2	12	2918675	2918686	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_021848	TTTTTG	2	12	2920553	2920564	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021848	AAGCTT	2	12	2928952	2928963	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021848	TGAAAT	2	12	2975952	2975963	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021848	TTTCAT	2	12	2978061	2978072	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_021848	TTTGAG	12	72	2995127	2995198	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021848	TGAAAT	2	12	3017060	3017071	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021848	CAAAAA	2	12	3056213	3056224	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021848	TGAAAT	2	12	3097733	3097744	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021848	TGAAAT	2	12	3103224	3103235	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021848	TGAAAT	2	12	3147660	3147671	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021848	TGAAAT	2	12	3153334	3153345	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021848	GATTTT	2	12	3155180	3155191	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021848	GATAAT	2	12	3176611	3176622	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021848	ATTTTC	2	12	3203714	3203725	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021848	TCGATC	2	12	3243824	3243835	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_021848	CCTATG	2	12	3274630	3274641	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_021848	GGCTTC	2	12	3278229	3278240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_021848	TGATAC	2	12	3314272	3314283	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_021848	TTTATT	2	12	3323060	3323071	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.