MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus O1:K33 str. CDC_K4557 chromosome I

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021848	ATTCC	2	10	3025	3034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_021848	TCCGC	2	10	3205	3214	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_021848	AGGAA	2	10	11196	11205	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021848	TCGAA	2	10	33224	33233	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021848	TTGAC	2	10	70467	70476	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021848	ATTGA	2	10	79298	79307	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021848	TTCTA	2	10	80895	80904	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021848	TTCCT	2	10	94950	94959	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021848	AACTT	2	10	95256	95265	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021848	GTACT	2	10	95273	95282	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021848	GTACT	3	15	98606	98620	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021848	GTAGT	2	10	108358	108367	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021848	TTAAA	2	10	113263	113272	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021848	TCCGC	2	10	113513	113522	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_021848	AAAGC	2	10	146630	146639	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021848	GAAGT	2	10	151480	151489	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021848	AAAAG	2	10	152328	152337	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021848	CTTTG	2	10	181661	181670	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021848	TTTGA	2	10	181682	181691	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021848	TTAGT	2	10	184846	184855	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021848	CAAAA	2	10	191029	191038	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021848	TTTTG	2	10	196293	196302	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021848	TTTTG	2	10	202455	202464	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021848	TTGTT	2	10	202514	202523	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021848	ACCAA	2	10	212776	212785	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021848	ACAAA	2	10	213362	213371	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021848	ATTTT	2	10	217378	217387	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021848	TTTGT	2	10	227700	227709	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021848	TACAC	2	10	235966	235975	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_021848	CAAAA	2	10	247013	247022	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021848	TTTAA	2	10	255756	255765	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021848	CTTTA	2	10	255879	255888	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021848	TTTCA	2	10	279410	279419	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021848	TATTT	2	10	279694	279703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021848	GAAAA	2	10	334258	334267	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021848	AAAAC	2	10	335700	335709	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021848	AAGTA	2	10	339186	339195	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021848	TGCTT	2	10	344445	344454	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021848	TTTAA	2	10	369944	369953	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021848	TTTGT	2	10	389136	389145	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021848	GGCAA	2	10	409519	409528	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021848	TAGCT	2	10	412852	412861	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021848	TAACA	2	10	446202	446211	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021848	GTTTT	2	10	479328	479337	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021848	GCGAA	2	10	492139	492148	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021848	TACAA	2	10	502538	502547	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021848	GTTTA	2	10	511514	511523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021848	GTGAG	2	10	515982	515991	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021848	AAATA	2	10	520554	520563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021848	ATAAC	2	10	522265	522274	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021848	CTTCA	2	10	528120	528129	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_021848	TTGAT	2	10	534454	534463	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021848	TAAAA	2	10	551502	551511	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021848	CATTA	2	10	571736	571745	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021848	CTTTT	2	10	575522	575531	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021848	GCGCA	2	10	576469	576478	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021848	ATCTT	2	10	597018	597027	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021848	AGCAA	2	10	613662	613671	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021848	GGAAA	2	10	630509	630518	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021848	AATTT	2	10	631453	631462	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021848	AATTA	2	10	631481	631490	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021848	TCTTT	2	10	638722	638731	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021848	GAAAA	2	10	648473	648482	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021848	TGCAA	2	10	654571	654580	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021848	TTGCT	2	10	662344	662353	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021848	ATCTG	2	10	676350	676359	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021848	GCATC	2	10	676373	676382	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021848	TGGTT	2	10	676550	676559	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021848	AAACC	2	10	677246	677255	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021848	TTTTG	2	10	684986	684995	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021848	TTTCT	2	10	685136	685145	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021848	CGTAA	2	10	698484	698493	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021848	GTCGG	2	10	700689	700698	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021848	TCTTT	2	10	711164	711173	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021848	AAAAC	2	10	711646	711655	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021848	GAAAA	2	10	718312	718321	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021848	TATTT	2	10	724368	724377	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021848	TTCAC	2	10	732734	732743	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_021848	CTAAG	2	10	743630	743639	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021848	AAATG	2	10	759520	759529	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021848	GAGCT	2	10	769112	769121	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021848	TGTTA	2	10	773938	773947	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021848	TAAAT	2	10	793243	793252	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021848	AACAA	2	10	797615	797624	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021848	AGTGC	2	10	800281	800290	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021848	AATGT	2	10	816170	816179	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021848	GTAGG	2	10	838731	838740	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021848	TTAAT	2	10	846352	846361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021848	TAGGG	2	10	849241	849250	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021848	TCAAC	2	10	894435	894444	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_021848	TGTGA	2	10	896329	896338	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021848	TGGCT	2	10	897361	897370	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021848	TAAGA	2	10	898220	898229	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021848	GCATG	2	10	915273	915282	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021848	AAGCC	2	10	915460	915469	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021848	CTTTT	2	10	924508	924517	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021848	TCAAA	2	10	925387	925396	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021848	GTTTC	2	10	926557	926566	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021848	TTAGG	2	10	927431	927440	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021848	TTAGG	2	10	927844	927853	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021848	TTAGG	2	10	928257	928266	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021848	TGCGT	2	10	930821	930830	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021848	TTCTT	2	10	931772	931781	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021848	TTAGG	2	10	932643	932652	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021848	TTAGG	2	10	933693	933702	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021848	TGCGT	2	10	936208	936217	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021848	TTAGG	2	10	936650	936659	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021848	TTAGG	2	10	938599	938608	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021848	TTTGG	2	10	943392	943401	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021848	TCGCT	2	10	944879	944888	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_021848	TCACG	2	10	944905	944914	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_021848	TTAGG	2	10	947311	947320	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021848	TAGGT	2	10	948242	948251	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021848	TATTT	2	10	949678	949687	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021848	TCTGC	2	10	949765	949774	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_021848	TCGCT	2	10	950834	950843	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_021848	TAAAT	2	10	952096	952105	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021848	TGCGT	2	10	952868	952877	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021848	GTGTG	2	10	953022	953031	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021848	TCAAA	2	10	953271	953280	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021848	TCGCT	2	10	956994	957003	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_021848	TGCGT	2	10	962648	962657	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_021848	TGCGT	2	10	966007	966016	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_021848	GTTGC	2	10	966050	966059	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_021848	TCGCT	2	10	975375	975384	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_021848	TCGCT	2	10	978232	978241	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_021848	TCAAA	2	10	979883	979892	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021848	TTGTT	2	10	982253	982262	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021848	TTTAG	2	10	982476	982485	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021848	TGTAA	2	10	983708	983717	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021848	TAGGT	2	10	994408	994417	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021848	TCGCT	2	10	996280	996289	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_021848	TAGGT	2	10	998361	998370	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021848	TAGGT	2	10	1002367	1002376	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021848	TGCGT	2	10	1007508	1007517	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021848	TAGGT	2	10	1008148	1008157	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021848	TGCGT	2	10	1010095	1010104	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021848	GTTTA	2	10	1012050	1012059	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021848	TCTGG	2	10	1013677	1013686	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_021848	TTAGG	2	10	1015582	1015591	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021848	TAGTT	2	10	1017028	1017037	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021848	GTTCA	2	10	1019634	1019643	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_021848	TTTAA	2	10	1023159	1023168	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021848	GTTTT	2	10	1023245	1023254	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021848	AGGTG	2	10	1025646	1025655	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021848	GAGAG	2	10	1043230	1043239	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_021848	TAATT	2	10	1108312	1108321	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_021848	ATTCA	2	10	1459555	1459564	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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268	NC_021848	GTTTA	2	10	2047246	2047255	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_021848	TTTAC	2	10	2072088	2072097	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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273	NC_021848	CAAGC	2	10	2089930	2089939	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
274	NC_021848	CTCAT	2	10	2093083	2093092	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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277	NC_021848	CAACA	2	10	2105817	2105826	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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279	NC_021848	TATTT	2	10	2119651	2119660	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_021848	AACGC	2	10	2142905	2142914	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
281	NC_021848	GAAAA	2	10	2159801	2159810	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
282	NC_021848	AAAAG	2	10	2162451	2162460	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
283	NC_021848	AAACC	2	10	2172620	2172629	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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285	NC_021848	AGCTG	2	10	2204725	2204734	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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410	NC_021848	GTAGT	2	10	3330043	3330052	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.