MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus O1:Kuk str. FDA_R31 chromosome I

Total Repeats: 407

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021847	GCGGA	2	10	2422	2431	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_021847	TCGGT	2	10	4897	4906	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021847	CTTTA	2	10	6273	6282	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021847	TCGGT	2	10	10570	10579	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021847	CTTTA	2	10	11701	11710	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021847	TTTTC	2	10	13587	13596	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021847	CTTTT	2	10	22192	22201	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021847	GCGCT	2	10	49603	49612	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021847	CTGTT	2	10	61578	61587	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021847	TATGA	2	10	63592	63601	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021847	AGCTC	2	10	71302	71311	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_021847	ACAAA	2	10	73452	73461	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021847	TAAGA	2	10	84648	84657	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021847	AATAG	2	10	113036	113045	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021847	ATGGA	2	10	114734	114743	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021847	AACAG	2	10	118279	118288	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021847	CATTG	2	10	120850	120859	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021847	TTTTG	2	10	180520	180529	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021847	AAGAG	2	10	182606	182615	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021847	GCGGA	2	10	188295	188304	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021847	TCGGT	2	10	190770	190779	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021847	CTTTG	2	10	213702	213711	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021847	GATCA	2	10	213736	213745	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021847	AGTGA	2	10	214311	214320	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021847	CTTTT	2	10	214350	214359	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021847	CATTT	2	10	222783	222792	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021847	ACCCA	2	10	226510	226519	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_021847	GCGGA	2	10	233910	233919	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021847	TCGGT	2	10	236385	236394	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021847	CAACC	2	10	241358	241367	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
31	NC_021847	CCTTC	2	10	266725	266734	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_021847	TCATT	2	10	266740	266749	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021847	TGTTC	2	10	268973	268982	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021847	CAAAA	2	10	286940	286949	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021847	ATTAA	2	10	294026	294035	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021847	GCGGA	2	10	294734	294743	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021847	TCGGT	2	10	297209	297218	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021847	GAGTT	2	10	300356	300365	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021847	AAAAC	2	10	305922	305931	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021847	GTTTG	2	10	310121	310130	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021847	AAGCG	2	10	310224	310233	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021847	ACAAG	2	10	313649	313658	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021847	TTAAG	2	10	320299	320308	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021847	GGAAT	2	10	336202	336211	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021847	TCGGT	2	10	338497	338506	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021847	CTTTA	2	10	339835	339844	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021847	ACTAC	2	10	340972	340981	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_021847	CTTTT	2	10	348277	348286	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021847	TTATT	2	10	352606	352615	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021847	CTTTT	2	10	368657	368666	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021847	AAACA	2	10	392148	392157	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021847	TAAAG	2	10	413190	413199	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021847	TAAAG	2	10	425481	425490	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021847	ATAAA	2	10	441014	441023	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021847	TGAAT	2	10	481113	481122	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021847	AAGAA	2	10	500052	500061	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021847	GAGAA	2	10	502398	502407	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021847	CATGA	2	10	503187	503196	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021847	AATTT	2	10	506754	506763	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021847	GTAGA	2	10	508716	508725	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021847	GCGAG	2	10	519741	519750	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021847	TGATT	2	10	526278	526287	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021847	AAGTG	2	10	529319	529328	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021847	CGGGG	2	10	531202	531211	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021847	AAAAG	2	10	544548	544557	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021847	AATAA	2	10	547738	547747	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021847	CCTAA	2	10	553682	553691	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021847	GATTG	2	10	565044	565053	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021847	AACAG	2	10	584614	584623	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021847	CTTTT	2	10	587453	587462	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_021847	CAAAT	2	10	590435	590444	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021847	GAAAA	2	10	590533	590542	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021847	GTTTT	2	10	621461	621470	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021847	GTTGA	2	10	641918	641927	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021847	CAATG	2	10	647502	647511	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021847	GTGTG	2	10	655201	655210	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021847	GCTTT	2	10	680254	680263	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021847	TATAA	2	10	687672	687681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021847	TCCAA	2	10	708095	708104	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021847	AACAG	2	10	708999	709008	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021847	AAAAC	2	10	724662	724671	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021847	TTCCT	2	10	726751	726760	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_021847	GTTTC	2	10	750605	750614	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021847	AAAGA	2	10	756927	756936	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021847	CGTAA	2	10	765840	765849	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021847	CTATC	2	10	767111	767120	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021847	ATTTG	2	10	768987	768996	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021847	TTTTA	2	10	770134	770143	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021847	TCAAT	2	10	772152	772161	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021847	AAATT	2	10	780953	780962	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021847	TTTTG	2	10	788380	788389	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021847	CGTCA	2	10	806297	806306	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_021847	CGATA	2	10	839962	839971	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021847	CGAAA	2	10	848540	848549	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021847	AAAAG	2	10	854775	854784	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021847	TTTAA	2	10	874475	874484	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021847	CGACA	2	10	883466	883475	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021847	TAGAA	2	10	890299	890308	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021847	ATTCT	2	10	903409	903418	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021847	GTTTG	2	10	918112	918121	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021847	CAACA	2	10	920903	920912	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_021847	AACCT	2	10	932160	932169	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_021847	AAAAG	2	10	940557	940566	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021847	TTTGT	2	10	944033	944042	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021847	AAAAC	2	10	950873	950882	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021847	TCCGC	2	10	961996	962005	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_021847	AATTA	2	10	983499	983508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021847	TGTTT	2	10	983578	983587	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021847	TGAAT	2	10	987629	987638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021847	ATTTT	2	10	1014389	1014398	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021847	GATTG	2	10	1016413	1016422	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021847	ATTTA	2	10	1032564	1032573	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021847	ATAGG	2	10	1034466	1034475	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021847	CTTTT	2	10	1036442	1036451	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_021847	TATTG	2	10	1036584	1036593	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021847	TTTCT	2	10	1043492	1043501	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_021847	AAGCA	2	10	1057213	1057222	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_021847	AAATA	2	10	1057466	1057475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021847	TTAAT	2	10	1057484	1057493	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021847	TATTG	2	10	1058369	1058378	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021847	TGAGT	2	10	1061095	1061104	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021847	AACCG	2	10	1077789	1077798	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_021847	CTTTT	2	10	1083804	1083813	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_021847	AAAAT	2	10	1083889	1083898	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021847	CAGCT	2	10	1083961	1083970	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_021847	TAATT	2	10	1088804	1088813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021847	GGTTT	2	10	1116065	1116074	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021847	CTTTT	2	10	1126235	1126244	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_021847	TCTTT	2	10	1128881	1128890	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_021847	CATCT	2	10	1142492	1142501	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_021847	TCGGG	2	10	1172492	1172501	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_021847	ATTTT	2	10	1177015	1177024	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021847	CACTG	2	10	1185593	1185602	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_021847	TTGAT	2	10	1190466	1190475	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021847	CTTTT	2	10	1194038	1194047	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021847	ATGAG	2	10	1194071	1194080	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021847	GGTTT	2	10	1210502	1210511	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021847	CCTTA	2	10	1212334	1212343	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021847	GTAAA	2	10	1215063	1215072	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021847	CAAAA	2	10	1222383	1222392	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_021847	ATTAC	2	10	1238386	1238395	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_021847	CTAAA	2	10	1254574	1254583	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_021847	AACAT	2	10	1259284	1259293	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021847	TAAAA	2	10	1281422	1281431	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021847	GAGTT	2	10	1284244	1284253	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021847	GTTAG	2	10	1287875	1287884	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021847	TGCCA	2	10	1288143	1288152	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_021847	TTTTC	2	10	1291321	1291330	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_021847	TTCAA	2	10	1293681	1293690	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_021847	CTGTG	2	10	1297537	1297546	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_021847	AAATA	2	10	1297555	1297564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021847	GGCGG	2	10	1298300	1298309	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
153	NC_021847	GCTGT	2	10	1300133	1300142	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_021847	TCAGA	2	10	1310026	1310035	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
155	NC_021847	AAAGC	2	10	1333874	1333883	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
156	NC_021847	CCTTG	2	10	1336446	1336455	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_021847	GGGAT	2	10	1342222	1342231	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
158	NC_021847	AGCTG	2	10	1343290	1343299	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
159	NC_021847	GGACA	2	10	1349268	1349277	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
160	NC_021847	TAAAC	2	10	1360792	1360801	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_021847	TTAAT	2	10	1382196	1382205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021847	TATCA	2	10	1382225	1382234	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_021847	TAAGC	2	10	1390115	1390124	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_021847	CTTTA	2	10	1393421	1393430	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
165	NC_021847	TCTCG	2	10	1399752	1399761	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
166	NC_021847	ATAGA	2	10	1410766	1410775	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_021847	TTATT	2	10	1434191	1434200	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_021847	TCAAA	2	10	1461535	1461544	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_021847	TTTGT	2	10	1469952	1469961	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_021847	GAATA	2	10	1478656	1478665	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_021847	AATTG	2	10	1492675	1492684	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_021847	TACGT	2	10	1537098	1537107	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
180	NC_021847	ATCTT	2	10	1538027	1538036	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
181	NC_021847	ATTTC	2	10	1542511	1542520	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
182	NC_021847	GTTGA	2	10	1551051	1551060	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
183	NC_021847	CAACA	2	10	1552439	1552448	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
184	NC_021847	TCAAA	2	10	1583593	1583602	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_021847	TGTGT	2	10	1586858	1586867	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_021847	TTTAA	2	10	1642441	1642450	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_021847	CTAAA	2	10	1685758	1685767	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_021847	TGAAA	2	10	1685810	1685819	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_021847	GAACA	2	10	2254145	2254154	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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269	NC_021847	ACGCA	2	10	2281082	2281091	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
270	NC_021847	ACGCA	2	10	2283031	2283040	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
271	NC_021847	TGAAA	2	10	2283652	2283661	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_021847	CCAAA	2	10	2289258	2289267	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
274	NC_021847	TTTGA	2	10	2292286	2292295	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_021847	ACGCA	2	10	2297618	2297627	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
280	NC_021847	ATCAT	2	10	2297757	2297766	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
281	NC_021847	ACGCA	2	10	2298950	2298959	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
282	NC_021847	ACGCA	2	10	2304394	2304403	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
283	NC_021847	ACGCA	2	10	2314817	2314826	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
284	NC_021847	ACGCA	2	10	2320563	2320572	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
285	NC_021847	ACGCA	2	10	2322005	2322014	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
286	NC_021847	ACCTA	2	10	2323251	2323260	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
287	NC_021847	CCTAA	2	10	2323808	2323817	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
288	NC_021847	ACGCA	2	10	2324249	2324258	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_021847	ACGCA	2	10	2326425	2326434	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
290	NC_021847	ACCTA	2	10	2328572	2328581	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
291	NC_021847	AAGCC	2	10	2329240	2329249	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_021847	GGCTT	2	10	2338725	2338734	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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404	NC_021847	GAATC	2	10	3350930	3350939	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
405	NC_021847	GCGGA	2	10	3351537	3351546	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.