MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 49

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021845	ACCAAC	2	12	4166	4177	50 %	0 %	0 %	50 %	525937637
2	NC_021845	GTAAAG	2	12	7724	7735	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	525937640
3	NC_021845	TGTTTG	2	12	8039	8050	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	525937640
4	NC_021845	TTCAGC	2	12	12889	12900	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525937644
5	NC_021845	CTGATG	2	12	14016	14027	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525937645
6	NC_021845	GAAAGC	2	12	18553	18564	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	525937647
7	NC_021845	CTAAAC	2	12	25324	25335	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	525937651
8	NC_021845	AGATCA	2	12	26167	26178	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525937653
9	NC_021845	GGACAA	2	12	26933	26944	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021845	GCCGGA	2	12	29600	29611	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	525937658
11	NC_021845	ATAAAC	2	12	40969	40980	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	525937663
12	NC_021845	ATTCGG	2	12	41968	41979	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525937664
13	NC_021845	CACGGT	2	12	43064	43075	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	525937666
14	NC_021845	GCATTA	2	12	44324	44335	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525937667
15	NC_021845	ATTTTA	2	12	50429	50440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021845	TTGAAA	2	12	50579	50590	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	525937674
17	NC_021845	TAATTT	2	12	52702	52713	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021845	AATGGG	2	12	55019	55030	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	525937679
19	NC_021845	AGGGGA	2	12	57456	57467	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	525937680
20	NC_021845	GTCTAA	2	12	57618	57629	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525937680
21	NC_021845	CTGTGG	2	12	62950	62961	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021845	ATTTGA	2	12	64342	64353	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525937686
23	NC_021845	TGAAGA	2	12	64382	64393	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	525937686
24	NC_021845	CGACCT	2	12	68596	68607	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	525937688
25	NC_021845	AGCCGC	2	12	69766	69777	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	525937691
26	NC_021845	GCATCT	2	12	72622	72633	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525937695
27	NC_021845	TCAGCT	2	12	72769	72780	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525937695
28	NC_021845	CACCGT	2	12	79032	79043	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	525937701
29	NC_021845	GCGAGG	2	12	81711	81722	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	525937704
30	NC_021845	AGCTTA	2	12	82198	82209	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021845	ACCAGT	2	12	83824	83835	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_021845	CATAAG	2	12	85603	85614	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525937707
33	NC_021845	AGTTAT	2	12	86221	86232	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	525937707
34	NC_021845	TGCTGG	2	12	90331	90342	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	525937713
35	NC_021845	TGGTCT	2	12	99044	99055	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	525937725
36	NC_021845	ACCTAT	2	12	101306	101317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	525937727
37	NC_021845	TGATTT	2	12	104677	104688	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021845	TAAATT	2	12	107355	107366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021845	CAAAAT	2	12	107416	107427	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	525937735
40	NC_021845	TATCTG	2	12	116893	116904	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525937750
41	NC_021845	TTCATG	2	12	122175	122186	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	525937757
42	NC_021845	GACCGT	2	12	125962	125973	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	525937761
43	NC_021845	CATTTT	2	12	128781	128792	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	525937766
44	NC_021845	GGTTCG	2	12	130229	130240	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	525937768
45	NC_021845	CAGCAA	2	12	135527	135538	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	525937775
46	NC_021845	TTATTT	2	12	137134	137145	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	525937775
47	NC_021845	TTTTTC	2	12	145053	145064	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	525937781
48	NC_021845	TAGTCA	2	12	156018	156029	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	525937790
49	NC_021845	TATGAA	2	12	157199	157210	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	525937791

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.