MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021845	AAAGT	2	10	1203	1212	60 %	20 %	20 %	0 %	525937633
2	NC_021845	TTATC	2	10	2339	2348	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021845	GATAA	2	10	2373	2382	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021845	ACATC	2	10	3170	3179	40 %	20 %	0 %	40 %	525937635
5	NC_021845	GAAAC	2	10	3444	3453	60 %	0 %	20 %	20 %	525937635
6	NC_021845	CGTTT	2	10	8897	8906	0 %	60 %	20 %	20 %	525937641
7	NC_021845	TCCCA	2	10	9052	9061	20 %	20 %	0 %	60 %	525937641
8	NC_021845	CAGTT	2	10	10749	10758	20 %	40 %	20 %	20 %	525937643
9	NC_021845	AATGT	2	10	12012	12021	40 %	40 %	20 %	0 %	525937644
10	NC_021845	GAAAC	2	10	14154	14163	60 %	0 %	20 %	20 %	525937645
11	NC_021845	TTTCT	2	10	21422	21431	0 %	80 %	0 %	20 %	525937651
12	NC_021845	CAACG	2	10	21830	21839	40 %	0 %	20 %	40 %	525937651
13	NC_021845	TTTCA	2	10	22808	22817	20 %	60 %	0 %	20 %	525937651
14	NC_021845	TTACA	2	10	25144	25153	40 %	40 %	0 %	20 %	525937651
15	NC_021845	AAAGA	2	10	25308	25317	80 %	0 %	20 %	0 %	525937651
16	NC_021845	AAGCG	2	10	25493	25502	40 %	0 %	40 %	20 %	525937652
17	NC_021845	CTTTT	2	10	27420	27429	0 %	80 %	0 %	20 %	525937655
18	NC_021845	TTACT	2	10	28129	28138	20 %	60 %	0 %	20 %	525937656
19	NC_021845	TCGAT	2	10	30264	30273	20 %	40 %	20 %	20 %	525937658
20	NC_021845	AAAGA	2	10	30383	30392	80 %	0 %	20 %	0 %	525937659
21	NC_021845	GAAAA	2	10	31014	31023	80 %	0 %	20 %	0 %	525937659
22	NC_021845	TTATT	2	10	31664	31673	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021845	TTTTG	2	10	34088	34097	0 %	80 %	20 %	0 %	525937662
24	NC_021845	ACTTG	2	10	34499	34508	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021845	CAGTC	2	10	34689	34698	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021845	CCCAG	2	10	35262	35271	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_021845	CAAAC	2	10	35511	35520	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021845	CCCAG	2	10	37466	37475	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_021845	TACGC	2	10	38414	38423	20 %	20 %	20 %	40 %	525937663
30	NC_021845	AAACT	2	10	39782	39791	60 %	20 %	0 %	20 %	525937663
31	NC_021845	GACAT	2	10	39920	39929	40 %	20 %	20 %	20 %	525937663
32	NC_021845	TTTTC	2	10	44658	44667	0 %	80 %	0 %	20 %	525937667
33	NC_021845	AGCAG	2	10	45207	45216	40 %	0 %	40 %	20 %	525937668
34	NC_021845	AGTCG	2	10	46701	46710	20 %	20 %	40 %	20 %	525937670
35	NC_021845	CAAAA	2	10	47546	47555	80 %	0 %	0 %	20 %	525937671
36	NC_021845	TTGTC	2	10	48501	48510	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021845	AACAA	2	10	48636	48645	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021845	TTAAC	2	10	50056	50065	40 %	40 %	0 %	20 %	525937673
39	NC_021845	AAAAG	2	10	50719	50728	80 %	0 %	20 %	0 %	525937674
40	NC_021845	AGAAA	2	10	51237	51246	80 %	0 %	20 %	0 %	525937674
41	NC_021845	TCTTT	2	10	51810	51819	0 %	80 %	0 %	20 %	525937676
42	NC_021845	TAAGT	2	10	52491	52500	40 %	40 %	20 %	0 %	525937676
43	NC_021845	TCATT	2	10	53479	53488	20 %	60 %	0 %	20 %	525937677
44	NC_021845	CTCAT	2	10	54153	54162	20 %	40 %	0 %	40 %	525937678
45	NC_021845	TTGCT	2	10	56660	56669	0 %	60 %	20 %	20 %	525937680
46	NC_021845	GATAC	2	10	57584	57593	40 %	20 %	20 %	20 %	525937680
47	NC_021845	CATCT	2	10	57710	57719	20 %	40 %	0 %	40 %	525937680
48	NC_021845	ATCGT	2	10	60166	60175	20 %	40 %	20 %	20 %	525937685
49	NC_021845	CAGGC	2	10	61191	61200	20 %	0 %	40 %	40 %	525937685
50	NC_021845	AGATG	2	10	61970	61979	40 %	20 %	40 %	0 %	525937685
51	NC_021845	TGATC	2	10	63266	63275	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021845	ATCAG	2	10	64010	64019	40 %	20 %	20 %	20 %	525937686
53	NC_021845	AGCTG	2	10	65075	65084	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021845	GCCAG	2	10	66419	66428	20 %	0 %	40 %	40 %	525937687
55	NC_021845	AGCGC	2	10	66929	66938	20 %	0 %	40 %	40 %	525937687
56	NC_021845	GCCAG	2	10	67709	67718	20 %	0 %	40 %	40 %	525937687
57	NC_021845	ATTCT	2	10	68420	68429	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021845	GAAGC	2	10	68500	68509	40 %	0 %	40 %	20 %	525937688
59	NC_021845	TGTGG	2	10	69036	69045	0 %	40 %	60 %	0 %	525937689
60	NC_021845	ATCGC	2	10	70004	70013	20 %	20 %	20 %	40 %	525937691
61	NC_021845	TTTCG	2	10	70361	70370	0 %	60 %	20 %	20 %	525937693
62	NC_021845	TACCG	2	10	73481	73490	20 %	20 %	20 %	40 %	525937696
63	NC_021845	CTGAA	2	10	74217	74226	40 %	20 %	20 %	20 %	525937697
64	NC_021845	TTGTT	2	10	74601	74610	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021845	GCCGT	2	10	74873	74882	0 %	20 %	40 %	40 %	525937698
66	NC_021845	GCGAA	2	10	75386	75395	40 %	0 %	40 %	20 %	525937698
67	NC_021845	AGCGC	2	10	76296	76305	20 %	0 %	40 %	40 %	525937698
68	NC_021845	CGGTT	2	10	78934	78943	0 %	40 %	40 %	20 %	525937701
69	NC_021845	AGGCC	2	10	81106	81115	20 %	0 %	40 %	40 %	525937703
70	NC_021845	TTTGG	2	10	82186	82195	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021845	GCGTT	2	10	84382	84391	0 %	40 %	40 %	20 %	525937707
72	NC_021845	GTTTG	2	10	85482	85491	0 %	60 %	40 %	0 %	525937707
73	NC_021845	AACGA	2	10	86429	86438	60 %	0 %	20 %	20 %	525937707
74	NC_021845	ATGTT	2	10	89144	89153	20 %	60 %	20 %	0 %	525937711
75	NC_021845	CTTCA	2	10	90421	90430	20 %	40 %	0 %	40 %	525937713
76	NC_021845	AGAAA	2	10	92081	92090	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021845	AGCGA	2	10	92633	92642	40 %	0 %	40 %	20 %	525937718
78	NC_021845	CTTCA	2	10	92644	92653	20 %	40 %	0 %	40 %	525937718
79	NC_021845	TGGAG	2	10	92761	92770	20 %	20 %	60 %	0 %	525937718
80	NC_021845	TAATT	2	10	95481	95490	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021845	GAATG	2	10	95748	95757	40 %	20 %	40 %	0 %	525937720
82	NC_021845	ACACG	2	10	96295	96304	40 %	0 %	20 %	40 %	525937721
83	NC_021845	TCAAC	3	15	97430	97444	40 %	20 %	0 %	40 %	525937722
84	NC_021845	CTGTG	2	10	100293	100302	0 %	40 %	40 %	20 %	525937726
85	NC_021845	CCATT	2	10	100528	100537	20 %	40 %	0 %	40 %	525937726
86	NC_021845	CTTTA	2	10	102133	102142	20 %	60 %	0 %	20 %	525937729
87	NC_021845	TCCCT	2	10	104082	104091	0 %	40 %	0 %	60 %	525937732
88	NC_021845	GTGTG	2	10	107657	107666	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021845	GAGCT	2	10	108399	108408	20 %	20 %	40 %	20 %	525937627
90	NC_021845	TCTTT	2	10	112051	112060	0 %	80 %	0 %	20 %	525937742
91	NC_021845	CAGAT	2	10	114713	114722	40 %	20 %	20 %	20 %	525937746
92	NC_021845	CCATC	2	10	118339	118348	20 %	20 %	0 %	60 %	525937753
93	NC_021845	AGAGG	2	10	119561	119570	40 %	0 %	60 %	0 %	525937628
94	NC_021845	TCGCA	2	10	120777	120786	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_021845	TACTT	2	10	120867	120876	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021845	TCCAC	2	10	122468	122477	20 %	20 %	0 %	60 %	525937758
97	NC_021845	GGGAA	2	10	124067	124076	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021845	TCCTG	2	10	124715	124724	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021845	AGCTG	2	10	128355	128364	20 %	20 %	40 %	20 %	525937765
100	NC_021845	AGATG	2	10	128500	128509	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021845	ATAGC	2	10	130311	130320	40 %	20 %	20 %	20 %	525937768
102	NC_021845	GTTAT	2	10	131828	131837	20 %	60 %	20 %	0 %	525937771
103	NC_021845	AACTG	2	10	133822	133831	40 %	20 %	20 %	20 %	525937773
104	NC_021845	ACCAA	2	10	136893	136902	60 %	0 %	0 %	40 %	525937775
105	NC_021845	ATTGC	2	10	136948	136957	20 %	40 %	20 %	20 %	525937775
106	NC_021845	GTTCT	2	10	138248	138257	0 %	60 %	20 %	20 %	525937776
107	NC_021845	TAGAA	2	10	139750	139759	60 %	20 %	20 %	0 %	525937776
108	NC_021845	TGAGA	2	10	140577	140586	40 %	20 %	40 %	0 %	525937776
109	NC_021845	AGTTG	2	10	140938	140947	20 %	40 %	40 %	0 %	525937777
110	NC_021845	GGAAA	2	10	142864	142873	60 %	0 %	40 %	0 %	525937779
111	NC_021845	AATAC	2	10	143501	143510	60 %	20 %	0 %	20 %	525937780
112	NC_021845	CAGGC	2	10	144643	144652	20 %	0 %	40 %	40 %	525937781
113	NC_021845	TCAGC	2	10	145275	145284	20 %	20 %	20 %	40 %	525937781
114	NC_021845	ATGCA	2	10	146019	146028	40 %	20 %	20 %	20 %	525937782
115	NC_021845	CTTTC	2	10	146036	146045	0 %	60 %	0 %	40 %	525937782
116	NC_021845	TGTCA	2	10	146508	146517	20 %	40 %	20 %	20 %	525937782
117	NC_021845	TTTGC	2	10	148131	148140	0 %	60 %	20 %	20 %	525937783
118	NC_021845	GTGAC	2	10	148540	148549	20 %	20 %	40 %	20 %	525937783
119	NC_021845	ATGGA	2	10	150046	150055	40 %	20 %	40 %	0 %	525937783
120	NC_021845	CCACT	2	10	151442	151451	20 %	20 %	0 %	60 %	525937784
121	NC_021845	ATGGT	2	10	151691	151700	20 %	40 %	40 %	0 %	525937785
122	NC_021845	GTGCT	2	10	152231	152240	0 %	40 %	40 %	20 %	525937785
123	NC_021845	CCCGG	2	10	152358	152367	0 %	0 %	40 %	60 %	525937785
124	NC_021845	ATTCC	2	10	152507	152516	20 %	40 %	0 %	40 %	525937785
125	NC_021845	GGCAG	2	10	153089	153098	20 %	0 %	60 %	20 %	525937786
126	NC_021845	CAAAA	2	10	154406	154415	80 %	0 %	0 %	20 %	525937630
127	NC_021845	CGGAA	2	10	154952	154961	40 %	0 %	40 %	20 %	525937788
128	NC_021845	GCCTG	2	10	155248	155257	0 %	20 %	40 %	40 %	525937788
129	NC_021845	TATGT	2	10	155505	155514	20 %	60 %	20 %	0 %	525937789
130	NC_021845	CCACA	2	10	158195	158204	40 %	0 %	0 %	60 %	525937631
131	NC_021845	AAAGT	2	10	158380	158389	60 %	20 %	20 %	0 %	525937631
132	NC_021845	GAACT	2	10	160128	160137	40 %	20 %	20 %	20 %	525937793
133	NC_021845	GCGTT	2	10	161037	161046	0 %	40 %	40 %	20 %	525937794
134	NC_021845	TTATC	2	10	164132	164141	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_021845	ATGGT	2	10	164937	164946	20 %	40 %	40 %	0 %	525937795
136	NC_021845	AATAT	2	10	166442	166451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.