MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 354

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021845	CAT	2	6	7	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021845	TTA	2	6	277	282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021845	CTT	2	6	286	291	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021845	GAT	2	6	313	318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021845	CTT	2	6	335	340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021845	CAG	2	6	402	407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021845	CAT	2	6	505	510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021845	CAA	2	6	523	528	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021845	TAA	2	6	574	579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021845	AAT	2	6	587	592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021845	TAT	2	6	658	663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021845	ACG	2	6	2168	2173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021845	AGT	2	6	2254	2259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021845	AGA	2	6	3699	3704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021845	TAA	2	6	6118	6123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021845	GTA	2	6	7538	7543	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021845	CTC	2	6	10167	10172	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_021845	AAG	2	6	11112	11117	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021845	GAA	2	6	11118	11123	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021845	CAA	2	6	11218	11223	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021845	AGG	2	6	11234	11239	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021845	GGT	2	6	11324	11329	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021845	TAA	2	6	13291	13296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021845	CTG	2	6	13331	13336	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021845	TGT	2	6	13377	13382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021845	AAT	2	6	13404	13409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021845	GAA	2	6	20785	20790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021845	TAT	2	6	20828	20833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021845	GCA	2	6	20947	20952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021845	ATT	2	6	20988	20993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021845	TAT	2	6	26911	26916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021845	AAT	2	6	26917	26922	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021845	ATA	2	6	27067	27072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021845	TTA	2	6	27087	27092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021845	ATT	2	6	27213	27218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021845	TTA	2	6	29003	29008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021845	TAT	2	6	29052	29057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021845	ATC	2	6	29323	29328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021845	CAG	2	6	31880	31885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021845	GTA	2	6	31954	31959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021845	ATG	2	6	31961	31966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021845	CAT	2	6	32071	32076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021845	AGG	2	6	34790	34795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021845	GCT	3	9	34852	34860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021845	CAC	2	6	34867	34872	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_021845	CAG	2	6	34972	34977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_021845	GCT	3	9	35102	35110	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021845	CAC	2	6	35117	35122	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_021845	CAG	2	6	35222	35227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_021845	TGC	2	6	35354	35359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021845	TAC	2	6	35367	35372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021845	TCG	2	6	35407	35412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021845	CAT	2	6	35471	35476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021845	GCT	2	6	35591	35596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_021845	GCT	2	6	35609	35614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021845	CAC	2	6	35624	35629	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_021845	TGA	2	6	35659	35664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021845	GGT	2	6	35859	35864	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021845	CAT	2	6	36219	36224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021845	TGC	2	6	36320	36325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_021845	TGC	2	6	36567	36572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021845	CAG	2	6	36684	36689	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021845	GCT	3	9	36813	36821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021845	CAC	2	6	36828	36833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_021845	TGA	2	6	36863	36868	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021845	AAC	2	6	36968	36973	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021845	CAG	2	6	37177	37182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021845	GCT	3	9	37306	37314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021845	CAC	2	6	37321	37326	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_021845	TGA	2	6	37356	37361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021845	CAG	2	6	37426	37431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021845	GCT	3	9	37781	37789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021845	TTA	2	6	37806	37811	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021845	TGA	2	6	37831	37836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021845	CGT	2	6	37859	37864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_021845	TTA	2	6	37897	37902	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021845	CAT	2	6	37917	37922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021845	TAA	3	9	38045	38053	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021845	AGA	2	6	38060	38065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021845	GGA	2	6	38072	38077	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021845	TAA	2	6	38122	38127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021845	GCA	2	6	38300	38305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021845	TGA	2	6	38309	38314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021845	ATT	2	6	38392	38397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021845	AGG	2	6	48208	48213	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021845	TGA	2	6	48251	48256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021845	CTC	2	6	48259	48264	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_021845	CAT	2	6	48519	48524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021845	ATT	2	6	48613	48618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021845	AGT	2	6	49099	49104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021845	AAG	2	6	49107	49112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021845	CAG	2	6	49147	49152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021845	TCG	2	6	50066	50071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_021845	CCT	2	6	50350	50355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_021845	CTA	2	6	50397	50402	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021845	GTA	2	6	50513	50518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021845	AGG	2	6	50522	50527	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021845	TGC	2	6	52525	52530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021845	TTG	2	6	52582	52587	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021845	TTA	2	6	52692	52697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021845	TGA	2	6	52750	52755	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021845	TAA	2	6	53107	53112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021845	TAA	2	6	54511	54516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021845	GTA	2	6	54747	54752	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021845	AAG	2	6	55905	55910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021845	AAT	2	6	55957	55962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021845	CTT	2	6	56079	56084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021845	TGG	2	6	58855	58860	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021845	CTT	2	6	59605	59610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_021845	AGC	2	6	59652	59657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021845	AGA	2	6	59715	59720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021845	GTT	2	6	59783	59788	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021845	TTG	2	6	59800	59805	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021845	CAT	2	6	59892	59897	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021845	CAC	2	6	62497	62502	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_021845	TCT	2	6	62506	62511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_021845	TTG	2	6	62523	62528	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021845	CTC	2	6	62542	62547	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_021845	AGA	2	6	62666	62671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021845	ACA	2	6	62722	62727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_021845	ATT	2	6	62873	62878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021845	AAT	2	6	63056	63061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021845	ACA	2	6	63146	63151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021845	ATT	2	6	63158	63163	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021845	ATT	2	6	63179	63184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021845	TAG	2	6	63234	63239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021845	TTA	2	6	63247	63252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021845	GTT	2	6	63277	63282	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021845	ATC	2	6	63376	63381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_021845	CTT	2	6	64588	64593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021845	ACC	2	6	64674	64679	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_021845	TAA	2	6	64795	64800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021845	ATG	2	6	64876	64881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021845	GGA	2	6	64941	64946	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021845	GCG	2	6	64961	64966	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_021845	CTC	2	6	65088	65093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_021845	GGT	2	6	65114	65119	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021845	ATC	2	6	65247	65252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_021845	GTC	2	6	65343	65348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_021845	CTT	3	9	68324	68332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.