MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J1926

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021840	TAGGCG	2	12	334	345	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021840	ATTCAA	2	12	99950	99961	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021840	AAGGAA	2	12	101521	101532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021840	TAGGCG	2	12	103176	103187	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021840	ATTCAA	2	12	105971	105982	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021840	AAGGAA	2	12	107542	107553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021840	TAGGCG	2	12	109195	109206	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021840	AGTCAA	2	12	111009	111020	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021840	TTATAT	2	12	125795	125806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021840	AACTTT	2	12	158439	158450	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021840	TAAAAA	2	12	163808	163819	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021840	AATACA	2	12	168257	168268	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021840	CATAGA	2	12	220021	220032	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021840	AAATTT	2	12	243358	243369	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021840	TAGTTT	2	12	263288	263299	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021840	TTGTTT	2	12	280826	280837	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021840	TAATTA	2	12	326654	326665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021840	TAAAAA	2	12	339592	339603	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021840	TTAAAT	2	12	378172	378183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021840	CTATAA	2	12	379941	379952	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021840	AAATGT	2	12	428733	428744	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021840	AGATTT	2	12	436864	436875	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021840	AAATAA	2	12	477157	477168	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021840	ATCATT	2	12	505495	505506	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021840	TGTAAA	2	12	527431	527442	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021840	ATCATT	2	12	541722	541733	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021840	GAATAA	2	12	568805	568816	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021840	GTTTTA	2	12	574498	574509	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021840	TATAGG	2	12	591715	591726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021840	AATTAG	2	12	619161	619172	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021840	TGTTGA	2	12	630217	630228	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021840	TTACTT	2	12	716093	716104	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021840	AAATAG	2	12	752494	752505	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021840	GTAATC	2	12	759297	759308	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021840	TTACAA	2	12	759315	759326	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021840	ATGAAA	2	12	767919	767930	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021840	TTGACT	2	12	891854	891865	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021840	AGGAAG	2	12	902042	902053	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021840	AACAAT	2	12	941044	941055	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021840	CTTTTT	2	12	957345	957356	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021840	CATGTA	2	12	998796	998807	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021840	GTGCAT	2	12	998892	998903	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021840	TTAATT	2	12	1007672	1007683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021840	AAATAA	2	12	1010684	1010695	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021840	TTTAGT	2	12	1014561	1014572	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021840	CTTTTT	2	12	1052919	1052930	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021840	CTTTTT	2	12	1085721	1085732	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021840	GAAAAA	2	12	1115686	1115697	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021840	TTTAAA	2	12	1120259	1120270	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021840	TAAGTA	2	12	1132061	1132072	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021840	TATTAA	2	12	1148254	1148265	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021840	GTACAA	2	12	1261547	1261558	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021840	ATTAAG	2	12	1294799	1294810	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021840	TAATCA	2	12	1294908	1294919	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021840	TACCAA	2	12	1312841	1312852	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021840	CTCTTC	2	12	1441686	1441697	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_021840	TAAAAA	2	12	1457147	1457158	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021840	TCATTA	2	12	1478009	1478020	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021840	GAATAA	2	12	1493887	1493898	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021840	GTAAAC	2	12	1495038	1495049	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021840	ACAAAA	2	12	1503662	1503673	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021840	AAAATA	2	12	1507982	1507993	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021840	TAAAAA	2	12	1508893	1508904	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021840	CTTATT	2	12	1594886	1594897	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_021840	CGCCTA	2	12	1598390	1598401	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021840	TTTCCT	2	12	1600043	1600054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021840	TTGAAT	2	12	1601615	1601626	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021840	GTTTTC	2	12	1612508	1612519	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021840	TTTTTA	2	12	1665832	1665843	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021840	AACCTG	2	12	1694105	1694116	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021840	ATACTT	2	12	1899016	1899027	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021840	TTTTTA	2	12	1899883	1899894	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021840	ATTGAT	2	12	1899966	1899977	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021840	GAAAGG	2	12	2015708	2015719	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021840	TTAGAT	2	12	2041620	2041631	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021840	AAGAGG	2	12	2064645	2064656	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021840	TAAAAA	2	12	2107286	2107297	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021840	ATTCAA	2	12	2117176	2117187	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021840	AAGGAA	2	12	2118747	2118758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021840	TAGGCG	2	12	2120652	2120663	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021840	TGATTA	2	12	2140680	2140691	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021840	TGGGAT	2	12	2176465	2176476	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021840	AAATAA	2	12	2206031	2206042	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021840	ATTCAA	2	12	2345923	2345934	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021840	AAGGAA	2	12	2347494	2347505	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021840	TAGGCG	2	12	2349398	2349409	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021840	AGTATT	2	12	2370191	2370202	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021840	GCGTTA	2	12	2395460	2395471	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021840	ATTGAT	2	12	2424055	2424066	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021840	ACAGAG	2	12	2493915	2493926	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021840	CAATTT	2	12	2500760	2500771	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021840	AAAATT	2	12	2506936	2506947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021840	TACTTT	2	12	2559939	2559950	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021840	AATATA	2	12	2564625	2564636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021840	ATTAAA	2	12	2591712	2591723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021840	AAATAA	2	12	2624267	2624278	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021840	TTGAAT	2	12	2627554	2627565	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021840	AGTGAA	2	12	2638284	2638295	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021840	TTTTAT	2	12	2748446	2748457	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021840	TGATAT	2	12	2763380	2763391	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021840	TAAAAA	2	12	2783551	2783562	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021840	GCTTTT	2	12	2784300	2784311	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021840	CTTTTT	2	12	2790709	2790720	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021840	TTTTTG	2	12	2794570	2794581	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021840	GAAAAC	2	12	2812294	2812305	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021840	AAAATG	2	12	2839462	2839473	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021840	ATAGAG	2	12	2840661	2840672	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021840	TTCTTT	2	12	2859984	2859995	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_021840	AAAAAT	2	12	2867257	2867268	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021840	CCAAAA	2	12	2942870	2942881	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021840	ATTCAA	2	12	2950823	2950834	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021840	AAGGAA	2	12	2952393	2952404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.