MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J1776

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021839	TAGGCG	2	12	1187	1198	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021839	AGTCAA	2	12	3001	3012	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021839	TTATAT	2	12	17787	17798	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021839	AACTTT	2	12	50431	50442	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021839	TAAAAA	2	12	55800	55811	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021839	AATACA	2	12	60249	60260	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021839	CATAGA	2	12	112013	112024	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021839	AAATTT	2	12	135350	135361	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021839	TAGTTT	2	12	155280	155291	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021839	TTGTTT	2	12	172818	172829	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021839	TAATTA	2	12	218646	218657	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021839	TAAAAA	2	12	231584	231595	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021839	TTAAAT	2	12	270164	270175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021839	CTATAA	2	12	271933	271944	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021839	AAATGT	2	12	320725	320736	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021839	AGATTT	2	12	328856	328867	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021839	AAATAA	2	12	369149	369160	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021839	ATCATT	2	12	397487	397498	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021839	TGTAAA	2	12	419423	419434	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021839	ATCATT	2	12	433714	433725	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021839	GAATAA	2	12	460797	460808	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021839	GTTTTA	2	12	466490	466501	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021839	TATAGG	2	12	483707	483718	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021839	AATTAG	2	12	511153	511164	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021839	TGTTGA	2	12	522209	522220	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021839	TTACTT	2	12	608085	608096	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021839	AAATAG	2	12	644486	644497	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021839	GTAATC	2	12	651289	651300	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021839	TTACAA	2	12	651307	651318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021839	ATGAAA	2	12	659911	659922	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021839	TTGACT	2	12	783847	783858	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021839	AGGAAG	2	12	794035	794046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021839	TTAGGT	2	12	818825	818836	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021839	AACAAT	2	12	833038	833049	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021839	CTTTTT	2	12	849339	849350	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021839	CATGTA	2	12	890790	890801	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021839	GTGCAT	2	12	890886	890897	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021839	TTAATT	2	12	899666	899677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021839	AAATAA	2	12	902678	902689	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021839	TTTAGT	2	12	906555	906566	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021839	CTTTTT	2	12	944913	944924	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021839	CTTTTT	2	12	977716	977727	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021839	GAAAAA	2	12	1007681	1007692	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021839	TTTAAA	2	12	1012254	1012265	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021839	TAAGTA	2	12	1024056	1024067	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021839	TATTAA	2	12	1040249	1040260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021839	GTACAA	2	12	1153543	1153554	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021839	ATTAAG	2	12	1186795	1186806	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021839	TAATCA	2	12	1186904	1186915	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021839	TACCAA	2	12	1204837	1204848	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021839	CTCTTC	2	12	1333683	1333694	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_021839	TAAAAA	2	12	1349144	1349155	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021839	TCATTA	2	12	1370006	1370017	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021839	GAATAA	2	12	1385884	1385895	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021839	GTAAAC	2	12	1387035	1387046	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021839	ACAAAA	2	12	1395659	1395670	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_021839	AAAATA	2	12	1399979	1399990	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021839	TAAAAA	2	12	1400890	1400901	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021839	CTTATT	2	12	1486883	1486894	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021839	CGCCTA	2	12	1490387	1490398	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_021839	TTTCCT	2	12	1492039	1492050	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021839	TTGAAT	2	12	1493611	1493622	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021839	CGCCTA	2	12	1593228	1593239	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021839	TTTCCT	2	12	1594880	1594891	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021839	TTGAAT	2	12	1596452	1596463	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021839	AAATGG	2	12	1597436	1597447	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021839	GTTTTG	2	12	1604404	1604415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021839	AAAAGA	2	12	1687291	1687302	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021839	CTCTAT	2	12	1706615	1706626	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021839	TCATTT	2	12	1707813	1707824	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021839	GTTTTC	2	12	1734982	1734993	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021839	CAAAAA	2	12	1752706	1752717	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021839	GAAAAA	2	12	1756566	1756577	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021839	AGAAAA	2	12	1763401	1763412	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021839	TTCACT	2	12	1908992	1909003	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_021839	ATTCAA	2	12	1919722	1919733	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021839	TTTAAT	2	12	1955564	1955575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021839	TATATT	2	12	1982651	1982662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021839	AATTTT	2	12	2040340	2040351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021839	AAATTG	2	12	2046516	2046527	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021839	CTCTGT	2	12	2053361	2053372	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_021839	TTATTT	2	12	2108381	2108392	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021839	TAACGC	2	12	2151816	2151827	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_021839	TAATAC	2	12	2177084	2177095	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021839	CGCCTA	2	12	2197878	2197889	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_021839	TTTCCT	2	12	2199781	2199792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_021839	TTGAAT	2	12	2201353	2201364	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021839	CTTTTT	2	12	2350899	2350910	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021839	ATCCCA	2	12	2370812	2370823	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021839	TTTTTA	2	12	2382639	2382650	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021839	TAATCA	2	12	2406597	2406608	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021839	CGCCTA	2	12	2426625	2426636	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_021839	TTTCCT	2	12	2428529	2428540	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_021839	TTGAAT	2	12	2430101	2430112	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021839	TTTTAT	3	18	2439986	2440003	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021839	CCTCTT	2	12	2482632	2482643	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_021839	TAAATC	2	12	2505654	2505665	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021839	TATCAA	2	12	2647311	2647322	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021839	TAAAAA	2	12	2647395	2647406	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021839	AAGTAT	2	12	2648262	2648273	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021839	CTATTA	2	12	2705580	2705591	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021839	CAGGTT	2	12	2853173	2853184	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021839	ACACTT	2	12	2881457	2881468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021839	AATAAA	2	12	2907746	2907757	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021839	GAAAAC	2	12	2934770	2934781	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021839	ATTCAA	2	12	2945663	2945674	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021839	AAGGAA	2	12	2947234	2947245	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021839	TAGGCG	2	12	2948887	2948898	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_021839	ATTCAA	2	12	2951682	2951693	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_021839	AAGGAA	2	12	2953253	2953264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.