MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J2-031

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021837	TACCAT	2	12	34005	34016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021837	TTATAG	2	12	43223	43234	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021837	AGGGAG	2	12	88941	88952	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021837	TAGCAC	2	12	121573	121584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021837	ATTATC	2	12	133211	133222	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021837	GAGTCA	2	12	137340	137351	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021837	GTCCAA	2	12	193104	193115	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021837	TGTATT	2	12	222733	222744	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021837	TAAAGT	2	12	231323	231334	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021837	ATATAA	2	12	258938	258949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021837	TTGACT	2	12	273722	273733	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021837	CGCCTA	2	12	275536	275547	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021837	TTTCCT	2	12	277188	277199	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_021837	TTGAAT	2	12	278760	278771	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021837	CGCCTA	2	12	281559	281570	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021837	TTTCCT	2	12	283211	283222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_021837	TTGAAT	2	12	284783	284794	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021837	CAAAAC	2	12	289042	289053	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021837	GTTTTC	2	12	295670	295681	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021837	AACCTG	2	12	380927	380938	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021837	ACAGCC	2	12	434459	434470	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_021837	CTTTTT	2	12	438195	438206	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021837	ATACTT	2	12	582512	582523	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021837	TTTTTA	2	12	583379	583390	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021837	ATTGAT	2	12	583462	583473	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021837	GAATTA	2	12	600210	600221	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021837	AGTTAA	2	12	609681	609692	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021837	TGGAAG	2	12	660443	660454	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021837	GAAAGG	2	12	697674	697685	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021837	TTAGAT	2	12	724699	724710	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021837	AAGAGG	2	12	746172	746183	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021837	ACCAAA	2	12	790638	790649	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_021837	ATTCAA	2	12	797598	797609	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021837	AAGGAA	2	12	799169	799180	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021837	TAGGCG	2	12	801073	801084	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021837	TCTTTT	2	12	857086	857097	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021837	TGGGAT	2	12	862917	862928	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021837	AAATAA	2	12	893750	893761	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021837	TTTGAA	2	12	950555	950566	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021837	ATTCAA	2	12	1032951	1032962	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021837	AAGGAA	2	12	1034522	1034533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021837	TAGGCG	2	12	1036426	1036437	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021837	AGTATT	2	12	1057228	1057239	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021837	GCGTTA	2	12	1081023	1081034	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021837	GATTTT	2	12	1111945	1111956	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021837	ACAGAG	2	12	1180594	1180605	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021837	CAATTT	2	12	1187439	1187450	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021837	TTAAAA	2	12	1193612	1193623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021837	TACTTT	2	12	1241722	1241733	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021837	AATATA	2	12	1247676	1247687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021837	TTGAAT	2	12	1310621	1310632	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021837	TTTTAT	2	12	1422559	1422570	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021837	TGATAT	2	12	1442918	1442929	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021837	CTTTTT	2	12	1463945	1463956	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021837	GAAAAC	2	12	1485532	1485543	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021837	AAAATG	2	12	1512700	1512711	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021837	ATAGAG	2	12	1513899	1513910	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021837	TTCTTT	2	12	1531606	1531617	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021837	CTAAAA	2	12	1614967	1614978	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021837	ATTCAA	2	12	1622888	1622899	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021837	AAGGAA	2	12	1624459	1624470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021837	TAGGCG	2	12	1626112	1626123	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021837	GTTTTT	2	12	1656548	1656559	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021837	TGTTTT	2	12	1665583	1665594	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021837	TTATAG	2	12	1681130	1681141	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021837	CAACAT	2	12	1710756	1710767	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021837	ATTCAA	2	12	1726817	1726828	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021837	AAGGAA	2	12	1728388	1728399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021837	TAGGCG	2	12	1730041	1730052	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_021837	GCGGAT	2	12	1735650	1735661	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021837	AATCTA	2	12	1765846	1765857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021837	TTTTTA	2	12	1790138	1790149	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021837	AAAGCG	2	12	1794577	1794588	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021837	TTTTTA	2	12	1816883	1816894	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021837	TATTTT	2	12	1817793	1817804	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021837	CTTATT	2	12	1831883	1831894	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021837	ACAACC	2	12	1833440	1833451	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_021837	ACAACC	2	12	1834910	1834921	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021837	TAATTA	2	12	1849238	1849249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021837	GAAGAG	2	12	1885561	1885572	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021837	GAAATA	2	12	1901395	1901406	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021837	TCAACA	2	12	2063845	2063856	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021837	TAAAAA	2	12	2093982	2093993	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021837	TCAAAA	2	12	2102024	2102035	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021837	ATTAAT	2	12	2181563	2181574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021837	CAAAAT	2	12	2212174	2212185	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021837	CGTCTT	2	12	2233032	2233043	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021837	TAAATA	2	12	2234758	2234769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021837	ACTAAA	2	12	2353758	2353769	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021837	CCATAA	2	12	2357767	2357778	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021837	TTTTGA	2	12	2366136	2366147	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021837	TTCCTG	2	12	2366620	2366631	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021837	TTTAGC	2	12	2366744	2366755	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021837	TATTGA	2	12	2366945	2366956	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021837	TCTTCC	2	12	2466409	2466420	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_021837	AGTCAA	2	12	2476603	2476614	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021837	TTCGTT	2	12	2563576	2563587	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021837	TTTCAT	2	12	2599865	2599876	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021837	GATTAC	2	12	2608478	2608489	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_021837	CTATTT	2	12	2615281	2615292	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021837	TTTTAT	2	12	2622762	2622773	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021837	ATTTCA	2	12	2641884	2641895	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021837	AAAGTA	2	12	2651750	2651761	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021837	CCTTTT	2	12	2704965	2704976	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021837	TGAGAT	2	12	2746252	2746263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021837	TCTAAT	2	12	2748849	2748860	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021837	CCTATA	2	12	2776303	2776314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021837	TAAAAA	2	12	2791360	2791371	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021837	AATGAT	2	12	2820793	2820804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021837	ATCCTT	2	12	2889020	2889031	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021837	ACCTAA	2	12	2948654	2948665	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.