MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes J1-220

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021830	AAGGAA	2	12	215	226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021830	TAGGCG	2	12	1886	1897	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021830	ATTCAA	2	12	4681	4692	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021830	AAGGAA	2	12	6252	6263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021830	TAGGCG	2	12	7923	7934	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021830	AGTCAA	2	12	9737	9748	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021830	TTATAT	2	12	24523	24534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021830	AACTTT	2	12	60238	60249	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021830	TAAAAA	2	12	65607	65618	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021830	AATACA	2	12	70056	70067	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021830	CATAGA	2	12	129014	129025	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021830	CAAAAG	2	12	153756	153767	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021830	TAGTTT	2	12	176746	176757	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021830	TTGTTT	2	12	192254	192265	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021830	TAATTA	2	12	238085	238096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021830	AAGTCA	2	12	246668	246679	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_021830	AAGCGA	2	12	254220	254231	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021830	TTAAAT	2	12	289231	289242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021830	CTATAA	2	12	291001	291012	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021830	AAATGT	2	12	342160	342171	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021830	AGATTT	2	12	350291	350302	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021830	AAATAA	2	12	390593	390604	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021830	ATCATT	2	12	418949	418960	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021830	TGTAAA	2	12	440885	440896	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021830	ATCATT	2	12	460728	460739	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021830	GAATAA	2	12	487794	487805	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021830	GTTTTA	2	12	493487	493498	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021830	TATAGG	2	12	510704	510715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021830	AATTAG	2	12	538151	538162	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021830	TGTTGA	2	12	549208	549219	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021830	TTACTT	2	12	625707	625718	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021830	AAATAG	2	12	662108	662119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021830	GTAATC	2	12	668911	668922	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021830	TTACAA	2	12	668929	668940	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021830	ATGAAA	2	12	677533	677544	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021830	TTGACT	2	12	801469	801480	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021830	AGGAAG	2	12	811658	811669	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021830	AACAAT	2	12	850662	850673	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021830	CTTTTT	2	12	866963	866974	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021830	GCTACG	2	12	904386	904397	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021830	TGAATA	2	12	904457	904468	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021830	AAATAA	2	12	906472	906483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021830	TTTAGT	2	12	910359	910370	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021830	CTTTTT	2	12	948790	948801	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021830	CTTTTT	2	12	981592	981603	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021830	GAAAAA	2	12	1011557	1011568	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021830	GATTTT	2	12	1048705	1048716	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021830	TATTAA	2	12	1082914	1082925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021830	GTACAA	2	12	1196201	1196212	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021830	ATTAAG	2	12	1229455	1229466	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021830	TAATCA	2	12	1229564	1229575	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021830	TACCAA	2	12	1247487	1247498	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021830	CTCTTC	2	12	1376334	1376345	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_021830	TAAAAA	2	12	1391795	1391806	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021830	TCATTA	2	12	1412657	1412668	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021830	GAATAA	2	12	1428537	1428548	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021830	GTAAAC	2	12	1429688	1429699	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021830	ACAAAA	2	12	1438312	1438323	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021830	AAAATA	2	12	1442631	1442642	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021830	TAAAAA	2	12	1443541	1443552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021830	CTTATT	2	12	1529557	1529568	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021830	CGCCTA	2	12	1533062	1533073	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021830	TTTCCT	2	12	1534714	1534725	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021830	TTGAAT	2	12	1536286	1536297	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021830	CGCCTA	2	12	1637740	1637751	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021830	TTTCCT	2	12	1639392	1639403	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_021830	TTGAAT	2	12	1640964	1640975	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021830	AAATGG	2	12	1641948	1641959	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021830	GTTTTG	2	12	1648915	1648926	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021830	AAAAGA	2	12	1731863	1731874	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021830	CTCTAT	2	12	1751187	1751198	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021830	TCATTT	2	12	1752385	1752396	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021830	GTTTTC	2	12	1779554	1779565	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021830	CAAAAA	2	12	1797278	1797289	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021830	GAAAAA	2	12	1801138	1801149	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021830	ACAGTA	2	12	1809665	1809676	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021830	TTATTT	2	12	1811408	1811419	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021830	TGGAAT	2	12	1811547	1811558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021830	TCCAGC	2	12	1812210	1812221	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021830	TAACAT	2	12	1813775	1813786	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021830	TTCACT	2	12	1951446	1951457	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_021830	ATTCAA	2	12	1962176	1962187	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021830	TTTAAT	2	12	1997988	1997999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021830	TATATT	2	12	2025074	2025085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021830	AATTTT	2	12	2083039	2083050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021830	AAATTG	2	12	2089215	2089226	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021830	CTCTGT	2	12	2096059	2096070	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021830	ATAAAT	2	12	2118741	2118752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021830	TTATTT	2	12	2186842	2186853	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021830	TAATAC	2	12	2215586	2215597	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021830	CGCCTA	2	12	2236382	2236393	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_021830	TTTCCT	2	12	2238285	2238296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021830	TTGAAT	2	12	2239857	2239868	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021830	AAAGTA	2	12	2257216	2257227	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021830	AATAAA	2	12	2257418	2257429	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021830	CTTTTT	2	12	2403481	2403492	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021830	ATCCCA	2	12	2423394	2423405	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021830	TTTTTA	2	12	2435222	2435233	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021830	CGCCTA	2	12	2479210	2479221	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_021830	TTTCCT	2	12	2481113	2481124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_021830	TTGAAT	2	12	2482685	2482696	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021830	CCTCTT	2	12	2525156	2525167	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021830	TAAATC	2	12	2548178	2548189	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021830	AAAAAT	2	12	2566081	2566092	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021830	AAACCA	2	12	2682689	2682700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021830	TATCAA	2	12	2690233	2690244	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021830	TAAAAA	2	12	2690317	2690328	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021830	AAGTAT	2	12	2691184	2691195	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021830	CTATTA	2	12	2749017	2749028	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_021830	CAGGTT	2	12	2938769	2938780	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021830	ACACTT	2	12	2966686	2966697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021830	AATAAA	2	12	2993011	2993022	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021830	GAAAAC	2	12	3020035	3020046	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021830	ATTCAA	2	12	3030915	3030926	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.