MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain N1-011A

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021826	AATCCC	2	12	1498	1509	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021826	TTAATT	2	12	2733	2744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021826	AAATAA	2	12	5746	5757	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021826	TTTAGT	2	12	9635	9646	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021826	CTTTTT	2	12	47995	48006	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021826	CTTTTT	2	12	82459	82470	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021826	GAAAAA	2	12	112423	112434	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021826	TATTAA	2	12	144990	145001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021826	GTACAA	2	12	258278	258289	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021826	ATTAAG	2	12	291533	291544	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021826	TAATCA	2	12	291642	291653	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021826	TACCAA	2	12	309574	309585	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021826	TCATCT	2	12	368435	368446	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_021826	AAATAA	2	12	368590	368601	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021826	CTCTTC	2	12	438423	438434	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021826	TAAAAA	2	12	453884	453895	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021826	TCATTA	2	12	474746	474757	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021826	GGTTGT	2	12	489071	489082	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021826	GGTTGT	2	12	490544	490555	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021826	GAATAA	2	12	492098	492109	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021826	GTAAAC	2	12	493249	493260	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021826	ACAAAA	2	12	501873	501884	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021826	AAAATA	2	12	506193	506204	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021826	TAAAAA	2	12	507103	507114	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021826	TCCATT	2	12	586808	586819	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_021826	ATAAAA	2	12	603137	603148	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021826	CTTATT	2	12	641404	641415	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021826	CGCCTA	2	12	644908	644919	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_021826	TTTCCT	2	12	646561	646572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021826	TTGAAT	2	12	648133	648144	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021826	ATTTTG	2	12	719566	719577	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021826	CGCCTA	2	12	802649	802660	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021826	TTTCCT	2	12	804302	804313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021826	TTGAAT	2	12	805874	805885	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021826	AAATGG	2	12	806858	806869	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021826	GTTTTG	2	12	813826	813837	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021826	CTCTAT	2	12	914521	914532	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021826	TCATTT	2	12	915719	915730	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021826	GTTTTC	2	12	942888	942899	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021826	CAAAAA	2	12	960610	960621	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021826	GAAAAA	2	12	964470	964481	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021826	TTCACT	2	12	1117053	1117064	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021826	ATTCAA	2	12	1127783	1127794	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021826	TATATT	2	12	1189279	1189290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021826	AATTTT	2	12	1246965	1246976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021826	AAATTG	2	12	1253141	1253152	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021826	CTCTGT	2	12	1259985	1259996	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021826	TTATTT	2	12	1315005	1315016	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021826	ACTAAA	2	12	1326382	1326393	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021826	TAATAC	2	12	1343744	1343755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021826	TCTACA	2	12	1359690	1359701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021826	CGCCTA	2	12	1364539	1364550	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_021826	TTTCCT	2	12	1366442	1366453	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021826	TTGAAT	2	12	1368014	1368025	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021826	TTGTCT	2	12	1517742	1517753	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021826	AGTCCA	2	12	1539590	1539601	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021826	ATCTAA	2	12	1541073	1541084	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021826	TTATTT	2	12	1555160	1555171	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021826	CTTTTT	2	12	1557225	1557236	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021826	ATCCCA	2	12	1577138	1577149	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_021826	TTTTTA	2	12	1588966	1588977	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021826	CGCCTA	2	12	1634378	1634389	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021826	TTTCCT	2	12	1636281	1636292	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021826	TTGAAT	2	12	1637853	1637864	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021826	CCTCTT	2	12	1689633	1689644	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021826	TAAATC	2	12	1716621	1716632	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021826	ACGAAC	2	12	1740878	1740889	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021826	TATCAA	2	12	1862769	1862780	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021826	TAAAAA	2	12	1862853	1862864	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021826	AAGTAT	2	12	1863720	1863731	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021826	CTATTA	2	12	1921040	1921051	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021826	CAGGTT	2	12	2107989	2108000	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021826	ACACTT	2	12	2133517	2133528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021826	CAATCC	2	12	2139557	2139568	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_021826	AATAAA	2	12	2159837	2159848	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021826	GAAAAC	2	12	2186861	2186872	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021826	ATTCAA	2	12	2197753	2197764	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021826	AAGGAA	2	12	2199324	2199335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021826	TAGGCG	2	12	2200977	2200988	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021826	ATTCAA	2	12	2203772	2203783	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021826	AAGGAA	2	12	2205343	2205354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021826	TAGGCG	2	12	2206995	2207006	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021826	AGTCAA	2	12	2208809	2208820	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021826	TTATAT	2	12	2223594	2223605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021826	AACTTT	2	12	2259304	2259315	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021826	TAAAAA	2	12	2264673	2264684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021826	AATACA	2	12	2269122	2269133	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021826	CATAGA	2	12	2318551	2318562	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021826	TAGTTT	2	12	2360259	2360270	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021826	TTGTTT	2	12	2377795	2377806	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021826	ACAAAA	2	12	2436070	2436081	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021826	AAATGT	2	12	2517594	2517605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021826	AAATGT	2	12	2517723	2517734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021826	AAATGT	2	12	2518239	2518250	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021826	AAATGT	2	12	2527125	2527136	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021826	AGATTT	2	12	2535256	2535267	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021826	TTGCTT	2	12	2544909	2544920	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021826	TTTTTC	2	12	2544952	2544963	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021826	AAATAA	2	12	2575562	2575573	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021826	ATCATT	2	12	2603924	2603935	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021826	TGTAAA	2	12	2625859	2625870	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021826	ATCATT	2	12	2648143	2648154	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021826	GAATAA	2	12	2675227	2675238	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021826	GTTTTA	2	12	2680920	2680931	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021826	TATAGG	2	12	2698137	2698148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021826	AATTAG	2	12	2725583	2725594	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021826	TGTTGA	2	12	2736639	2736650	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021826	TTACTT	2	12	2816194	2816205	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_021826	AAATAG	2	12	2852641	2852652	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021826	GTAATC	2	12	2859444	2859455	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021826	TTACAA	2	12	2859462	2859473	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021826	ATGAAA	2	12	2868066	2868077	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021826	TTGACT	2	12	2991069	2991080	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021826	AGGAAG	2	12	3001261	3001272	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021826	AACAAT	2	12	3040264	3040275	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021826	CTTTTT	2	12	3056563	3056574	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021826	CATGTA	2	12	3090348	3090359	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_021826	GTGCAT	2	12	3090444	3090455	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.