MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain J2-1091

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021825	TTAATA	2	12	50551	50562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021825	ATACTT	2	12	192552	192563	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021825	TTTTTA	2	12	193419	193430	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021825	TCATTT	2	12	193489	193500	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021825	ATTGAT	2	12	193502	193513	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021825	GAAAAA	2	12	283766	283777	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021825	GAAAGG	2	12	315154	315165	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021825	TTAGAT	2	12	341066	341077	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021825	TCTAGC	2	12	353108	353119	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021825	AAGAGG	2	12	368104	368115	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021825	ATTCAA	2	12	410575	410586	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021825	AAGGAA	2	12	412146	412157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021825	TAGGCG	2	12	414050	414061	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021825	TGGGAT	2	12	469865	469876	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021825	AAATAA	2	12	499431	499442	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021825	ATTCAA	2	12	641002	641013	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_021825	AAGGAA	2	12	642573	642584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021825	TAGGCG	2	12	644477	644488	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021825	AGTATT	2	12	665271	665282	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021825	ATTAAA	2	12	749176	749187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021825	ATATTT	2	12	762115	762126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021825	ACAGAG	2	12	784799	784810	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021825	CAATTT	2	12	791644	791655	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021825	AAAATT	2	12	797820	797831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021825	TACTTT	2	12	851099	851110	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021825	AATATA	2	12	855785	855796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021825	ATTAAA	2	12	882872	882883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021825	AAGCAA	2	12	900953	900964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021825	TTGAAT	2	12	918686	918697	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021825	AGTGAA	2	12	929415	929426	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021825	TTAAAT	2	12	985364	985375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021825	CTATAA	2	12	987134	987145	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021825	AGAAAG	2	12	1007758	1007769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021825	TAACGA	2	12	1025068	1025079	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021825	TGCGGC	2	12	1025615	1025626	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021825	AAATGT	2	12	1035958	1035969	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021825	AGATTT	2	12	1044089	1044100	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021825	AAATAA	2	12	1084392	1084403	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021825	ATCATT	2	12	1112747	1112758	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021825	TGTAAA	2	12	1134684	1134695	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021825	ATCATT	2	12	1154505	1154516	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021825	GAATAA	2	12	1184230	1184241	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021825	GTTTTA	2	12	1189923	1189934	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021825	TTATAG	2	12	1207139	1207150	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021825	AATTAG	2	12	1234587	1234598	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021825	TGTTGA	2	12	1245644	1245655	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021825	TTACTT	2	12	1320590	1320601	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021825	AAATAG	2	12	1356993	1357004	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021825	GTAATC	2	12	1363796	1363807	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021825	TTACAA	2	12	1363814	1363825	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021825	ATGAAA	2	12	1372418	1372429	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021825	TTGACT	2	12	1496358	1496369	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021825	AGGAAG	2	12	1506549	1506560	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021825	AACAAT	2	12	1545552	1545563	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021825	CTTTTT	2	12	1561853	1561864	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021825	TGACAC	2	12	1574004	1574015	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021825	CATGTA	2	12	1593451	1593462	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021825	GTGCAT	2	12	1593547	1593558	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021825	TTAATT	2	12	1602331	1602342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021825	AAATAA	2	12	1605341	1605352	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021825	TTTAGT	2	12	1609218	1609229	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021825	CTTTTT	2	12	1647615	1647626	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021825	CTTTTT	2	12	1680418	1680429	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021825	GAAAAA	2	12	1710383	1710394	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021825	TATTAA	2	12	1742952	1742963	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021825	AAAATA	2	12	1786396	1786407	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021825	GTACAA	2	12	1856248	1856259	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021825	TAATCA	2	12	1889613	1889624	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021825	TACCAA	2	12	1907545	1907556	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021825	CTCTTC	2	12	2036391	2036402	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_021825	TCATTA	2	12	2072714	2072725	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021825	GAATAA	2	12	2088591	2088602	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021825	GTAAAC	2	12	2089742	2089753	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021825	ACAAAA	2	12	2098365	2098376	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021825	AAAATA	2	12	2102685	2102696	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021825	TAAAAA	2	12	2103595	2103606	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021825	CTTATT	2	12	2189587	2189598	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021825	CGCCTA	2	12	2193091	2193102	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021825	TTTCCT	2	12	2194743	2194754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_021825	TTGAAT	2	12	2196315	2196326	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021825	CGCCTA	2	12	2297769	2297780	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_021825	TTTCCT	2	12	2299421	2299432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021825	TTGAAT	2	12	2300993	2301004	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021825	AAATGG	2	12	2301977	2301988	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021825	GTTTTG	2	12	2308945	2308956	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021825	AAAAGA	2	12	2391824	2391835	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021825	CTCTAT	2	12	2411148	2411159	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021825	TCATTT	2	12	2412346	2412357	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021825	GTTTTC	2	12	2439515	2439526	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021825	CAAAAA	2	12	2457239	2457250	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021825	GAAAAA	2	12	2461099	2461110	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021825	TCGCTT	2	12	2590641	2590652	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021825	TGACTT	2	12	2598193	2598204	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021825	CTTTTT	2	12	2598945	2598956	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021825	TTGTTT	2	12	2652633	2652644	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021825	AAACTA	2	12	2668113	2668124	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021825	TAAATT	2	12	2688043	2688054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021825	TCTATG	2	12	2711620	2711631	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021825	TGTATT	2	12	2759948	2759959	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021825	TTTTTA	2	12	2764397	2764408	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021825	TAAAGT	2	12	2769765	2769776	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021825	ATATAA	2	12	2805480	2805491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021825	TTGACT	2	12	2820265	2820276	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021825	CGCCTA	2	12	2822079	2822090	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021825	TTTCCT	2	12	2823731	2823742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021825	TTGAAT	2	12	2825303	2825314	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021825	CGCCTA	2	12	2828098	2828109	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021825	TTTCCT	2	12	2829750	2829761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021825	TTGAAT	2	12	2831322	2831333	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021825	GTTTTC	2	12	2842216	2842227	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021825	TTTTTA	2	12	2895471	2895482	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021825	AACCTG	2	12	2923351	2923362	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.