MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes strain C1-387

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021823	AGATTT	2	12	5862	5873	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021823	AAATAA	2	12	46143	46154	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021823	ATCATT	2	12	76003	76014	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021823	TAAAAA	2	12	115978	115989	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021823	AAACAA	2	12	146822	146833	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021823	ATCATT	2	12	151559	151570	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021823	TATAGG	2	12	196047	196058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021823	GGAAAA	2	12	308324	308335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021823	TTACTT	2	12	328193	328204	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021823	TGAAAT	2	12	338060	338071	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021823	AAATAG	2	12	364656	364667	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021823	GTAATC	2	12	371459	371470	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021823	TTACAA	2	12	371477	371488	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021823	ATGAAA	2	12	380081	380092	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021823	GTAAAT	2	12	500071	500082	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021823	TTGACT	2	12	503107	503118	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_021823	AGGAAG	2	12	514568	514579	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021823	CTTTTT	2	12	574293	574304	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021823	TTATGG	2	12	612995	613006	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021823	TTTAGT	2	12	617001	617012	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021823	CTTTTT	2	12	689596	689607	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021823	GAAAAA	2	12	719571	719582	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021823	TTCATT	2	12	760766	760777	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021823	TTTCAA	2	12	760810	760821	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021823	TTTTGA	2	12	780678	780689	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021823	TATTAA	2	12	788178	788189	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021823	TATTAA	2	12	938921	938932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021823	ATAAAA	2	12	973102	973113	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021823	AAACAA	2	12	1011241	1011252	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021823	TTTTTC	2	12	1012375	1012386	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021823	CTCTTC	2	12	1084176	1084187	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_021823	TAATTA	2	12	1120498	1120509	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021823	GGTTGT	2	12	1134825	1134836	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021823	GAATAA	2	12	1136379	1136390	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021823	GTAAAC	2	12	1137529	1137540	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021823	ACAAAA	2	12	1146153	1146164	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021823	AAAATA	2	12	1150470	1150481	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021823	TAAAAA	2	12	1151380	1151391	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021823	TAAAAA	2	12	1178125	1178136	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021823	ATGAAA	2	12	1197626	1197637	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021823	CGCCTA	2	12	1239620	1239631	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021823	TTTCCT	2	12	1241272	1241283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021823	TTGAAT	2	12	1242844	1242855	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021823	AAAAAC	2	12	1315108	1315119	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021823	CGCCTA	2	12	1345546	1345557	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_021823	TTTCCT	2	12	1347198	1347209	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_021823	TTGAAT	2	12	1348770	1348781	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021823	GTTTTA	2	12	1356691	1356702	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021823	TTATTT	2	12	1398393	1398404	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021823	AAAAAG	2	12	1441035	1441046	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021823	CTCTAT	2	12	1458753	1458764	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021823	TCATTT	2	12	1459951	1459962	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021823	GTTTTC	2	12	1487163	1487174	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021823	CAAAAA	2	12	1504887	1504898	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021823	GAAAAA	2	12	1508748	1508759	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021823	TTTTAT	2	12	1604443	1604454	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021823	ATTCAA	2	12	1662109	1662120	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021823	TTATAT	2	12	1723557	1723568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021823	AATTTT	2	12	1776351	1776362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021823	AAATTG	2	12	1782525	1782536	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021823	CTCTGT	2	12	1789370	1789381	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021823	AATGAT	2	12	1880458	1880469	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021823	TAATAC	2	12	1912350	1912361	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021823	CGCCTA	2	12	1933095	1933106	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_021823	TTTCCT	2	12	1934998	1935009	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_021823	TTGAAT	2	12	1936570	1936581	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021823	TTCAAA	2	12	2018834	2018845	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021823	CTTTTT	2	12	2085224	2085235	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021823	ATCCCA	2	12	2105139	2105150	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021823	AAAAGA	2	12	2110970	2110981	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021823	TTTTTA	2	12	2116966	2116977	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021823	CGCCTA	2	12	2166979	2166990	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021823	TTTCCT	2	12	2168882	2168893	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021823	TTGAAT	2	12	2170454	2170465	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021823	CCTCTT	2	12	2213940	2213951	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_021823	TAAATC	2	12	2235411	2235422	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021823	GTCACT	2	12	2291634	2291645	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021823	CTTCCA	2	12	2299671	2299682	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021823	TTTTAT	2	12	2306357	2306368	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021823	TTAACT	2	12	2350434	2350445	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021823	TATCAA	2	12	2376657	2376668	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_021823	TAAAAA	2	12	2376741	2376752	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021823	CTATTA	2	12	2430475	2430486	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021823	AGAAAA	2	12	2513315	2513326	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021823	GTGGCT	2	12	2517049	2517060	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021823	TTGAGT	2	12	2558243	2558254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021823	CAGGTT	2	12	2573118	2573129	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021823	AATAAA	2	12	2632356	2632367	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021823	GAAAAC	2	12	2659372	2659383	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021823	GGTTTT	2	12	2665999	2666010	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021823	ATTCAA	2	12	2670259	2670270	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021823	AAGGAA	2	12	2671830	2671841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021823	TAGGCG	2	12	2673483	2673494	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021823	ATTCAA	2	12	2676280	2676291	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021823	AAGGAA	2	12	2677849	2677860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021823	TAGGCG	2	12	2679502	2679513	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021823	AGTCAA	2	12	2681317	2681328	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021823	TTATAT	2	12	2696101	2696112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021823	AACTTT	2	12	2729066	2729077	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_021823	AATACA	2	12	2737658	2737669	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021823	CATAGA	2	12	2787980	2787991	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021823	CTGACT	2	12	2823747	2823758	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_021823	ATGATA	2	12	2827875	2827886	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021823	AGTGCT	2	12	2839511	2839522	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_021823	ACAAAA	2	12	2903235	2903246	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021823	AAATGT	2	12	2955687	2955698	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021823	AAATGT	2	12	2973369	2973380	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021823	AAATGT	2	12	2973499	2973510	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021823	AAATGT	2	12	2974354	2974365	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021823	TAATAT	2	12	2974435	2974446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021823	TTTATC	2	12	2974689	2974700	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021823	AAATGT	2	12	2974870	2974881	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021823	AAATGT	2	12	2975458	2975469	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021823	TTAGGT	2	12	2981036	2981047	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021823	TACGCA	2	12	2988745	2988756	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.