MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio parahaemolyticus O1:K33 str. CDC_K4557 chromosome II

Total Repeats: 211

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021822	GTAGT	2	10	596	605	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021822	TAAAG	2	10	1733	1742	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021822	TAAAT	2	10	19819	19828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021822	TTAAG	2	10	50498	50507	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021822	TTTTG	2	10	53750	53759	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021822	TTTCA	2	10	57188	57197	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021822	CTTTT	2	10	57808	57817	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021822	GTTCA	2	10	59526	59535	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021822	CGGAC	2	10	60666	60675	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_021822	TCTTT	2	10	60806	60815	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021822	CAATA	2	10	78814	78823	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021822	TTGCT	2	10	78962	78971	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021822	GAGCA	2	10	84619	84628	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021822	CCTTA	2	10	88677	88686	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021822	CTTTT	2	10	102697	102706	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021822	TTTGT	2	10	113479	113488	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021822	CAAAA	2	10	125537	125546	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021822	AAGCG	2	10	130258	130267	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021822	ATTTT	2	10	132108	132117	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021822	AATGC	2	10	148156	148165	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021822	GTTTT	2	10	159037	159046	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021822	TAATT	2	10	169276	169285	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021822	TTTTG	2	10	179632	179641	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021822	TGAAG	2	10	180605	180614	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021822	TTAAA	2	10	184223	184232	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021822	TTTAT	2	10	185034	185043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021822	GAAGG	2	10	185155	185164	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021822	AGAAA	2	10	194942	194951	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021822	TACTT	2	10	200463	200472	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021822	CCTTG	2	10	200510	200519	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021822	CTATA	2	10	205210	205219	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021822	TGTTT	2	10	209551	209560	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021822	GTAAC	2	10	223552	223561	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021822	ATCAA	2	10	240177	240186	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021822	TCTTA	2	10	271035	271044	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_021822	ACGTT	2	10	281788	281797	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021822	ACTCT	2	10	294046	294055	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021822	TAGTG	2	10	296845	296854	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021822	CTCTT	2	10	299118	299127	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021822	TTCTA	2	10	299280	299289	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021822	TTTAT	2	10	324736	324745	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021822	AAACT	2	10	335956	335965	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021822	TTATT	2	10	362145	362154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021822	GATTG	2	10	371417	371426	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021822	ACGTG	2	10	386375	386384	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021822	TTTCC	2	10	387303	387312	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021822	TTTTG	2	10	391460	391469	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021822	AACGT	2	10	393149	393158	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021822	TATCA	2	10	409118	409127	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021822	TGTTC	2	10	427597	427606	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021822	CTCAG	2	10	440748	440757	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_021822	GAAAA	2	10	451620	451629	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021822	TCACT	2	10	473690	473699	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021822	AAATC	2	10	495732	495741	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021822	GTTTG	2	10	498043	498052	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021822	GGTAA	2	10	498218	498227	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021822	AAATT	2	10	500104	500113	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021822	TCTCT	2	10	503195	503204	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_021822	ATGAA	2	10	514160	514169	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021822	TAGTT	2	10	526023	526032	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021822	TTCTT	2	10	526159	526168	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021822	ATTAG	2	10	545548	545557	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021822	ATTTA	2	10	548095	548104	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021822	TTTTA	2	10	560073	560082	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021822	ATTTA	2	10	565195	565204	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021822	ATGAG	2	10	577460	577469	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021822	AGTAG	2	10	579958	579967	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021822	ATCAA	2	10	584250	584259	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021822	TTTTG	2	10	586485	586494	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021822	AATAA	2	10	593729	593738	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021822	ACTAA	2	10	598710	598719	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021822	TAAAT	2	10	598745	598754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021822	ACAAA	2	10	617169	617178	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021822	TTTGA	2	10	624985	624994	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021822	GGGGA	2	10	625580	625589	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021822	ACCAA	2	10	635747	635756	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_021822	ATTCG	2	10	648290	648299	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021822	TTAAC	2	10	672124	672133	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021822	TTGCT	2	10	672502	672511	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021822	GTATT	2	10	675723	675732	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021822	TTTTA	2	10	675923	675932	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021822	AAAAG	2	10	719252	719261	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021822	CTAGG	2	10	722055	722064	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021822	GATTG	2	10	723488	723497	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021822	ATTAA	2	10	725107	725116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021822	CCCAA	2	10	740836	740845	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_021822	TTTCA	2	10	740914	740923	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021822	TTATT	2	10	744159	744168	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021822	GTTTG	2	10	746629	746638	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021822	AGTGG	2	10	750091	750100	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021822	ATTTT	2	10	794818	794827	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021822	CAAAA	2	10	804304	804313	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021822	ATGCG	2	10	811772	811781	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021822	TATGT	2	10	811850	811859	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021822	TTTTG	2	10	819238	819247	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021822	TTTTA	2	10	848635	848644	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021822	ATCAC	2	10	852785	852794	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021822	TTTGA	2	10	852916	852925	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021822	TTTGC	2	10	852984	852993	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021822	TGAAA	2	10	856397	856406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021822	TCACA	2	10	858746	858755	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_021822	CTTTT	2	10	869238	869247	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021822	CTTTT	2	10	876496	876505	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021822	TCAAT	2	10	878786	878795	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021822	TGATT	2	10	880021	880030	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021822	TAATT	2	10	880103	880112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021822	CTCTA	2	10	887925	887934	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_021822	TTAAT	2	10	889078	889087	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021822	TGCGA	2	10	889106	889115	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_021822	TAATT	2	10	893164	893173	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021822	TTTGA	2	10	914929	914938	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021822	GTAAA	2	10	942950	942959	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021822	GTCTA	2	10	943017	943026	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021822	CAATA	2	10	944981	944990	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_021822	GCTTT	2	10	951991	952000	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_021822	TACCT	2	10	958217	958226	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_021822	ATGCC	2	10	961201	961210	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_021822	ATAAA	2	10	961725	961734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021822	AATGT	2	10	965222	965231	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021822	GAAGA	2	10	967053	967062	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021822	GTTTT	2	10	969566	969575	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021822	CGTTG	2	10	975709	975718	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_021822	ATTTA	2	10	988061	988070	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021822	GCCTT	2	10	1019984	1019993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_021822	GACCA	2	10	1022697	1022706	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_021822	AAATC	2	10	1041749	1041758	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_021822	AAATC	2	10	1049198	1049207	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021822	CTTTT	2	10	1070720	1070729	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_021822	ATATG	2	10	1077383	1077392	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021822	TTCAG	2	10	1084150	1084159	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_021822	AACCC	2	10	1091540	1091549	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_021822	AACAA	2	10	1091584	1091593	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_021822	AAGCC	2	10	1099349	1099358	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_021822	TTGTT	2	10	1127112	1127121	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021822	CAAAA	2	10	1151654	1151663	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021822	CAACG	2	10	1153718	1153727	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_021822	TTTAT	2	10	1166130	1166139	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021822	TCAGC	2	10	1174980	1174989	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021822	AATTG	2	10	1180241	1180250	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021822	TTTTA	2	10	1194868	1194877	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021822	CATAT	2	10	1195049	1195058	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_021822	AACCA	2	10	1201363	1201372	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_021822	GAACA	2	10	1211329	1211338	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021822	ACTAG	2	10	1218798	1218807	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021822	TTTTC	2	10	1230727	1230736	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021822	CGAAA	2	10	1233592	1233601	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_021822	GGGCG	2	10	1238496	1238505	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
148	NC_021822	CAAAA	2	10	1239481	1239490	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_021822	TCTAT	2	10	1349750	1349759	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
162	NC_021822	AAAAC	2	10	1377336	1377345	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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164	NC_021822	CTTTT	2	10	1397249	1397258	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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179	NC_021822	GTTTT	2	10	1519060	1519069	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_021822	AAAAT	2	10	1534744	1534753	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_021822	ATTTA	2	10	1541203	1541212	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_021822	TACCT	2	10	1542640	1542649	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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188	NC_021822	AGGGA	2	10	1548086	1548095	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
189	NC_021822	TTATT	2	10	1549514	1549523	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_021822	TCAAT	2	10	1549889	1549898	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
191	NC_021822	AATTA	2	10	1561048	1561057	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_021822	TAAAA	2	10	1563164	1563173	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_021822	CTTTT	2	10	1577823	1577832	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
194	NC_021822	AATAA	2	10	1613781	1613790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_021822	CATTC	2	10	1616215	1616224	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
196	NC_021822	GCCGA	2	10	1626434	1626443	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
197	NC_021822	ACTGA	2	10	1632219	1632228	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
198	NC_021822	GTTTT	2	10	1632612	1632621	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_021822	CTTCG	2	10	1646368	1646377	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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201	NC_021822	CGGTT	2	10	1659681	1659690	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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204	NC_021822	AATTA	2	10	1722771	1722780	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
205	NC_021822	ATGTT	2	10	1735029	1735038	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
206	NC_021822	CTGCG	2	10	1737478	1737487	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
207	NC_021822	AAAAT	2	10	1750162	1750171	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_021822	TTTTG	2	10	1755185	1755194	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
209	NC_021822	TTACT	2	10	1757263	1757272	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
210	NC_021822	CGAGC	2	10	1768523	1768532	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
211	NC_021822	GTTTT	2	10	1796332	1796341	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.