MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 08-1736

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021820	ACAAAA	2	12	42184	42195	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021820	TAACGC	2	12	65428	65439	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021820	AGTAAA	2	12	91845	91856	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021820	TTATAT	2	12	136369	136380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021820	ATTGAT	2	12	148453	148464	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021820	AAAAGA	2	12	293079	293090	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021820	TCATGT	2	12	433316	433327	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021820	TAATGC	2	12	445068	445079	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021820	GAACAC	2	12	447921	447932	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021820	GTTGAT	2	12	507232	507243	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021820	CGATCG	2	12	550653	550664	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021820	CAGCGT	2	12	587757	587768	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021820	ATTAAG	2	12	619673	619684	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021820	GAATGA	2	12	683088	683099	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021820	GTGCTC	2	12	683253	683264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_021820	GCGACA	2	12	801583	801594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_021820	TTTTGA	2	12	833650	833661	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021820	TAACCA	2	12	874234	874245	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021820	GCGCTT	2	12	900863	900874	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021820	GTCTTT	2	12	936636	936647	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021820	TGTAAG	2	12	936739	936750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021820	TGAACT	2	12	945274	945285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021820	CGCGTT	2	12	945410	945421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_021820	TTATGA	2	12	995693	995704	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021820	GAAAAA	2	12	995742	995753	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021820	CCCCAT	2	12	1005695	1005706	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_021820	TTGATT	2	12	1016965	1016976	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021820	ATTCTG	2	12	1027225	1027236	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021820	TTTTTA	2	12	1028213	1028224	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021820	GAGATA	2	12	1045453	1045464	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021820	TGGCGC	2	12	1067285	1067296	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_021820	TCAGAT	2	12	1089403	1089414	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021820	TTTTCC	2	12	1130545	1130556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021820	TGATAT	2	12	1194371	1194382	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021820	AATGAT	2	12	1239965	1239976	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021820	TTTAAT	2	12	1260623	1260634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021820	AGCGCC	2	12	1265245	1265256	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021820	AAGCGC	2	12	1268143	1268154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021820	GTAAAA	2	12	1283082	1283093	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021820	TCTTAA	2	12	1311649	1311660	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021820	TTAACC	2	12	1341260	1341271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021820	TGTGGT	2	12	1363304	1363315	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021820	AAAGAA	2	12	1363799	1363810	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021820	CGGGTG	2	12	1405213	1405224	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021820	AATGCT	2	12	1409839	1409850	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021820	AAGAGG	2	12	1417029	1417040	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021820	GGATAA	2	12	1422670	1422681	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021820	CAATAT	2	12	1518220	1518231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021820	AGATGA	2	12	1639296	1639307	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021820	TTCTCA	2	12	1647345	1647356	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021820	CTCATT	2	12	1666611	1666622	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021820	GTGATA	2	12	1766190	1766201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021820	AAATTT	2	12	1786860	1786871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021820	TGCTAT	2	12	1816449	1816460	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021820	CAGGCG	2	12	1828580	1828591	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021820	AGCGCC	2	12	1834308	1834319	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_021820	TGCAAT	2	12	1879738	1879749	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021820	TGCAAT	2	12	1879753	1879764	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021820	TAACGT	2	12	1912522	1912533	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_021820	TGCAAA	2	12	1932349	1932360	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021820	CAAAAA	2	12	2097340	2097351	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021820	TGAAAA	2	12	2188135	2188146	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021820	ATTTTT	2	12	2194757	2194768	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021820	CATCGT	2	12	2235606	2235617	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021820	GATGAC	2	12	2257226	2257237	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021820	AAAGAT	2	12	2336419	2336430	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021820	AAAGCA	2	12	2354051	2354062	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021820	GTTTTT	2	12	2357799	2357810	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021820	CTTTTT	2	12	2358129	2358140	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_021820	TAAATG	2	12	2388848	2388859	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021820	ATCTCG	2	12	2389314	2389325	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021820	AAAAAT	2	12	2408363	2408374	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021820	AAGAGA	2	12	2414406	2414417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021820	CGTTTA	2	12	2420387	2420398	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021820	TGAGTA	2	12	2422809	2422820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021820	TGTCAT	2	12	2464755	2464766	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021820	TAATTA	2	12	2487707	2487718	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021820	AAAAAG	2	12	2542913	2542924	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021820	AAAAAC	2	12	2571550	2571561	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021820	GGTTTA	2	12	2584688	2584699	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021820	GATTTT	2	12	2606075	2606086	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021820	AAGCGC	2	12	2607702	2607713	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021820	CGCTCG	2	12	2693054	2693065	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021820	AGTCTT	2	12	2707956	2707967	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021820	AATGGT	2	12	2824738	2824749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021820	ATGGCG	2	12	2824817	2824828	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021820	CGGTAT	2	12	2825193	2825204	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021820	GATATT	2	12	2901281	2901292	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021820	CATTAA	2	12	2915847	2915858	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021820	TTCCCC	2	12	2918761	2918772	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_021820	AGTATA	2	12	2939889	2939900	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021820	TTTATG	2	12	2965754	2965765	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021820	TATTTA	2	12	2969884	2969895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021820	TTATTT	2	12	2973402	2973413	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021820	TTTTAT	2	12	2999081	2999092	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021820	TATAGT	2	12	3047199	3047210	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021820	TCTGCG	2	12	3059804	3059815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_021820	TTGGCT	2	12	3142365	3142376	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021820	TGTTAA	2	12	3147088	3147099	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021820	TCAACG	2	12	3183906	3183917	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_021820	CTTTCA	2	12	3240503	3240514	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021820	CAGGTA	2	12	3252550	3252561	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021820	TAAAGC	2	12	3270851	3270862	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021820	CTCCAG	2	12	3340283	3340294	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021820	TCAGGG	2	12	3353137	3353148	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021820	GATTCG	2	12	3421085	3421096	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021820	AATCAG	2	12	3431126	3431137	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021820	CATATA	2	12	3431308	3431319	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_021820	GTTATT	2	12	3475523	3475534	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021820	ATAACA	2	12	3512350	3512361	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021820	ACATAA	2	12	3512568	3512579	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021820	TGTTTA	2	12	3520554	3520565	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021820	TTTATC	2	12	3550562	3550573	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021820	TCCAGT	2	12	3618546	3618557	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021820	ATTTTC	2	12	3618909	3618920	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021820	CCTTCA	2	12	3654347	3654358	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_021820	CATTAA	2	12	3726785	3726796	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_021820	ATTTTT	2	12	3791799	3791810	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021820	GTAAGT	2	12	3802913	3802924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021820	TTTTCA	2	12	3812222	3812233	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021820	CAAGTG	2	12	3829227	3829238	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_021820	TATCCG	2	12	3921883	3921894	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021820	CAGCGT	2	12	3924019	3924030	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021820	TTCACC	2	12	3925694	3925705	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_021820	CGGTGA	2	12	3927291	3927302	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021820	GCTACA	2	12	3945487	3945498	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021820	GCAAGG	5	30	4017956	4017985	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_021820	TTTGTT	2	12	4069515	4069526	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021820	TATTTT	2	12	4069710	4069721	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021820	ACAAAA	2	12	4085787	4085798	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_021820	CATATC	2	12	4111847	4111858	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_021820	CTTAGG	2	12	4182317	4182328	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021820	ATCTTA	2	12	4185238	4185249	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_021820	CAATAA	2	12	4198774	4198785	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_021820	ATTAAA	2	12	4301888	4301899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021820	GATTAT	2	12	4349982	4349993	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021820	CCTGTT	2	12	4351206	4351217	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_021820	GGCGTC	2	12	4370213	4370224	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_021820	GCGATC	2	12	4396275	4396286	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_021820	CCACCG	2	12	4440526	4440537	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_021820	TTTTAT	2	12	4441960	4441971	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021820	TTCAGT	2	12	4507645	4507656	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_021820	AGTTGT	2	12	4628043	4628054	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021820	AATGAT	2	12	4633711	4633722	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021820	TAACCA	2	12	4672348	4672359	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_021820	ATTCAA	2	12	4674095	4674106	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_021820	TTATTT	2	12	4676294	4676305	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021820	AACCCT	2	12	4700135	4700146	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_021820	TGTTAT	2	12	4764053	4764064	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.