MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 plasmid

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021819	GTTTT	2	10	1074	1083	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021819	ATTAT	2	10	3631	3640	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021819	ATATC	2	10	4752	4761	40 %	40 %	0 %	20 %	525842590
4	NC_021819	GAATT	2	10	6658	6667	40 %	40 %	20 %	0 %	525842566
5	NC_021819	CACAC	2	10	7085	7094	40 %	0 %	0 %	60 %	525842592
6	NC_021819	GTCTG	2	10	7458	7467	0 %	40 %	40 %	20 %	525842592
7	NC_021819	GTTTA	2	10	8806	8815	20 %	60 %	20 %	0 %	525842594
8	NC_021819	TCAGC	2	10	8880	8889	20 %	20 %	20 %	40 %	525842594
9	NC_021819	TTTGA	2	10	10614	10623	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021819	AGACC	2	10	14329	14338	40 %	0 %	20 %	40 %	525842599
11	NC_021819	CATCG	2	10	14636	14645	20 %	20 %	20 %	40 %	525842599
12	NC_021819	GATCA	2	10	14863	14872	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021819	GCAAA	2	10	14905	14914	60 %	0 %	20 %	20 %	525842600
14	NC_021819	TCCGT	2	10	16851	16860	0 %	40 %	20 %	40 %	525842568
15	NC_021819	GCACG	2	10	17399	17408	20 %	0 %	40 %	40 %	525842568
16	NC_021819	GATCA	2	10	19239	19248	40 %	20 %	20 %	20 %	525842602
17	NC_021819	ACGAT	2	10	19392	19401	40 %	20 %	20 %	20 %	525842602
18	NC_021819	ACCAC	2	10	21409	21418	40 %	0 %	0 %	60 %	525842603
19	NC_021819	GGCCT	2	10	22570	22579	0 %	20 %	40 %	40 %	525842605
20	NC_021819	GAGCA	2	10	22759	22768	40 %	0 %	40 %	20 %	525842605
21	NC_021819	TTTCA	2	10	27521	27530	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021819	AATTC	2	10	27550	27559	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021819	GTCAC	2	10	31147	31156	20 %	20 %	20 %	40 %	525842611
24	NC_021819	TGTCC	2	10	31343	31352	0 %	40 %	20 %	40 %	525842612
25	NC_021819	GCCAG	2	10	32058	32067	20 %	0 %	40 %	40 %	525842613
26	NC_021819	ATGAA	2	10	33981	33990	60 %	20 %	20 %	0 %	525842614
27	NC_021819	CGCGG	2	10	34442	34451	0 %	0 %	60 %	40 %	525842614
28	NC_021819	TCGGT	2	10	36433	36442	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021819	TCGAG	2	10	39064	39073	20 %	20 %	40 %	20 %	525842573
30	NC_021819	TGGAG	2	10	41758	41767	20 %	20 %	60 %	0 %	525842620
31	NC_021819	ATCGG	2	10	42464	42473	20 %	20 %	40 %	20 %	525842620
32	NC_021819	GGCGT	2	10	43050	43059	0 %	20 %	60 %	20 %	525842621
33	NC_021819	GATTT	2	10	44424	44433	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021819	GGCCA	2	10	46961	46970	20 %	0 %	40 %	40 %	525842623
35	NC_021819	TGCAT	2	10	48396	48405	20 %	40 %	20 %	20 %	525842625
36	NC_021819	CAGTG	2	10	48973	48982	20 %	20 %	40 %	20 %	525842626
37	NC_021819	AATTT	2	10	52707	52716	40 %	60 %	0 %	0 %	525842629
38	NC_021819	TTAGT	2	10	56953	56962	20 %	60 %	20 %	0 %	525842631
39	NC_021819	GTGCG	2	10	57047	57056	0 %	20 %	60 %	20 %	525842631
40	NC_021819	GATCG	2	10	57330	57339	20 %	20 %	40 %	20 %	525842631
41	NC_021819	ATTTT	2	10	58029	58038	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021819	TAAAT	2	10	58936	58945	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021819	TCGGC	2	10	62065	62074	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021819	TTACT	2	10	62094	62103	20 %	60 %	0 %	20 %	525842578
45	NC_021819	GGCCT	2	10	62818	62827	0 %	20 %	40 %	40 %	525842635
46	NC_021819	GAGCA	2	10	63007	63016	40 %	0 %	40 %	20 %	525842636
47	NC_021819	AGCCA	2	10	64350	64359	40 %	0 %	20 %	40 %	525842637
48	NC_021819	AACGA	2	10	65872	65881	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021819	CCGTC	2	10	66284	66293	0 %	20 %	20 %	60 %	525842640
50	NC_021819	AATCC	2	10	66730	66739	40 %	20 %	0 %	40 %	525842641
51	NC_021819	ATACT	2	10	67019	67028	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021819	GCAGC	2	10	68187	68196	20 %	0 %	40 %	40 %	525842642
53	NC_021819	TAACA	2	10	69369	69378	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021819	TTTCT	2	10	72032	72041	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021819	TTTTC	2	10	72730	72739	0 %	80 %	0 %	20 %	525842645
56	NC_021819	CCAAT	2	10	73096	73105	40 %	20 %	0 %	40 %	525842645
57	NC_021819	AATAT	2	10	76063	76072	60 %	40 %	0 %	0 %	525842646
58	NC_021819	ATTTT	2	10	76119	76128	20 %	80 %	0 %	0 %	525842646
59	NC_021819	GTTTT	2	10	76637	76646	0 %	80 %	20 %	0 %	525842647
60	NC_021819	CAGTC	2	10	78662	78671	20 %	20 %	20 %	40 %	525842649
61	NC_021819	ATTGT	2	10	79214	79223	20 %	60 %	20 %	0 %	525842650
62	NC_021819	AAGTC	2	10	79436	79445	40 %	20 %	20 %	20 %	525842650
63	NC_021819	TGGAC	2	10	80536	80545	20 %	20 %	40 %	20 %	525842579
64	NC_021819	GATGG	2	10	83949	83958	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021819	GCCAC	2	10	85174	85183	20 %	0 %	20 %	60 %	525842657
66	NC_021819	GCTCA	2	10	85998	86007	20 %	20 %	20 %	40 %	525842658
67	NC_021819	CAGGT	2	10	88292	88301	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021819	ACTGA	2	10	90579	90588	40 %	20 %	20 %	20 %	525842664
69	NC_021819	GATAT	2	10	90659	90668	40 %	40 %	20 %	0 %	525842664
70	NC_021819	CACGA	2	10	91683	91692	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021819	TATAA	2	10	94005	94014	60 %	40 %	0 %	0 %	525842669
72	NC_021819	AATTG	2	10	94019	94028	40 %	40 %	20 %	0 %	525842669
73	NC_021819	CCCAG	2	10	96605	96614	20 %	0 %	20 %	60 %	525842672
74	NC_021819	GACGG	2	10	97041	97050	20 %	0 %	60 %	20 %	525842673
75	NC_021819	ATCAT	2	10	100733	100742	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021819	TTTAA	2	10	100828	100837	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021819	GCCAC	2	10	102455	102464	20 %	0 %	20 %	60 %	525842679
78	NC_021819	TCCTG	2	10	107068	107077	0 %	40 %	20 %	40 %	525842683
79	NC_021819	CTGAA	2	10	107499	107508	40 %	20 %	20 %	20 %	525842684
80	NC_021819	ATCAA	2	10	108100	108109	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021819	ATGTC	2	10	108827	108836	20 %	40 %	20 %	20 %	525842687
82	NC_021819	AACCG	2	10	109135	109144	40 %	0 %	20 %	40 %	525842687
83	NC_021819	GAAGA	2	10	111258	111267	60 %	0 %	40 %	0 %	525842690
84	NC_021819	AAACA	2	10	111940	111949	80 %	0 %	0 %	20 %	525842690
85	NC_021819	CCCTA	2	10	112014	112023	20 %	20 %	0 %	60 %	525842690
86	NC_021819	ACATG	2	10	113676	113685	40 %	20 %	20 %	20 %	525842691
87	NC_021819	GGCTT	2	10	115866	115875	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021819	GAGCT	2	10	118298	118307	20 %	20 %	40 %	20 %	525842695
89	NC_021819	CATTG	2	10	118766	118775	20 %	40 %	20 %	20 %	525842695
90	NC_021819	ACTTC	2	10	121921	121930	20 %	40 %	0 %	40 %	525842700

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.